|
Sanger boʻyicha sekvenirlashda ishlatiladigan ingrediyentlar
|
| bet | 2/4 | | Sana | 13.01.2023 | | Hajmi | 3.46 Mb. | | #38125 |
Bog'liq Abduvali slayd skenirlash MARJONAXON RAYIMOVA, Atom rus, 03-83-сонли буйрук 506-сонли буйрук асосида, Чора тадбир ИТ парк, chek, Акбар Ўрозалиев 1890 йил Андижон шаҳрининг Қорабура маҳалласида туғилган, Реабилитация, ada, 3-4 shakl Kozimov Akbarjon, 4 adabiyotlar taxlili oxirgisi 111, 01.03.2023 й. ПП ЯДАК вариант, Ibrohimova Mohichehra, Abdullayeva Mahliyo, Soxta oyoqlilarSanger boʻyicha sekvenirlashda ishlatiladigan ingrediyentlar
Sanger boʻyicha sekvenirlashda DNK nishon qismining nusxasi koʻp marotaba olinadi. Buning uchun kerakli ingrediyentlar inson organizmidagi DNK replikatsiyasi yoki DNKni in vitro koʻpaytiruvchi polimeraza zanjir reaksiyasi (PZR) uchun kerak boʻladigan ingrediyentlar bilan oʻxshash. Bular quyidagilar:
- DNK polimeraza fermenti
- Praymer. DNKning bir zanjirli kichik qismi boʻlib, andoza DNKga bogʻlanadi va polimeraza uchun “boshlab beruvchi” vazifasini bajaradi.
- Toʻrtta DNK nukleotidlari (dATF, dTTF, dSTF, dGTF)
- Ketma-ketligi aniqlanishi kerak boʻlgan andoza DNK
Lekin Sanger boʻyicha sekvenirlash reaksiyasi uchun oʻziga xos (yagona) ingrediyent ham kerak boʻladi:
- Dideoksi yoki zanjir terminatsiyalovchisi – har biri har xil rangli boʻyoq bilan boʻyalib nishonlangan toʻrtta nukleotid (ddATF, ddTTF, ddSTF, ddGTF)
Dideoksi nukleotidlar doimiy yoki deoksi nukleotidlarga oʻxshash, lekin bitta farqi – uglevod halqasidagi 3’ uglerodda gidroksil guruhning yoʻqligi. Doimiy nukleotidda 3’ gidroksil guruh mavjud zanjirga yangi nukleotidlarni biriktirish uchun “ilgich” vazifasini bajaradi.
Zanjirga dideoksi nukleotidi birikkach, boʻsh gidroksil guruhi qolmaydi va yangi nukleotidlar birikmaydi. Zanjir dideoksi nukleotid bilan tugaydi, asos turiga qarab (A, T, S yoki G) boʻyoqning maʼlum bir rangi bilan boʻyaladi.
«Plyus-minus» metodi. «Plyus-minus» metodi birinchi marta 1975 yilda F.Senger va A.Koulson tomonidan taklif etilgan va fermentativ reaksiyalarga asoslangan. Bu usul genomning o’rganilayotgan qismiga mos keluvchi bir zanjirli DNK fragmentini ajratishni nazarda tutadi. Bu fragment keyinchalik polimeraza-ko’paytirish uchun matrisa sifatida foydalaniladi. Bunda praymer sifatida sintetik oligonukleotidlar yoki ma’lum restrikzalar yordamida gidrolizlangan tabiiy subfragmentdan foydalaniladi. «Plyus-minus» metodining bosqichlari:
1.Birinchi bosqichda DNK polimeraza yordamida 4 xil nukleotidlar ishtirokida polimerizasiya reaksiyasi amalga oshiriladi. Bunda bitta nukleotid radioaktiv nishonlangan bo’ladi. O’rganilayotgan bir zanjirli DNK fragmentining to’liqsiz kopiyalari to’plamlarini olish maqsadida reaksiya cheklangan sharoitda o’tkaziladi.
2. Keyin polimerlar to’plami nukleotidlardan ajratiladi, aralashma 8 qismga ajratiladi va qo’shimcha polimerizasiya reaksiyalari davom ettiriladi. Qo’shimcha polimerizasiya reaksiyalari bitta nukleotid ishtirokisiz, 3 xil nukleotid ishtirokida («minus» sistema) yoki faqat bir xil nukleotid ishtirokida («plyus» sistema) o’tkaziladi. 3 xil nukleotid ishtirokida borayotgan reaksiyada («minus» sistema) matrisaga komplementar sintezlanayotgan barcha yangi zanjirlarda reaksiya aralashmada mavjud bo’lmagan eng yaqin nukleotidga borganda to’xtaydi. «Plyus» sistemada reaksiya aralashmada mavjud nukleotid joylashgan ketma-ketlikdan so’ng to’xtaydi.
3. 8 ta namunadan olingan aralashma bir vaqtning o’zida yuqori aniqlikdagi elektroforezdan o’tkaziladi. Elektroforez geli radioavtografiya qilinadi va radioavtografiyadan nukleotidlar ketma-ketligi o’qiladi. O’qilgan yakuniy ketma-ketlik dastlabki matrisaga komplimentar bo’ladi.
|
| |
