|
Kimyoda kompyuter modellashtirish
|
| Sana | 26.05.2023 | | Hajmi | 266.12 Kb. | | #65086 |
Bog'liq Molekulyar mexanika MM2 dasturi bilan ishlash Amaliyot hisoboti, Matematik va mantiq elementlari. Predikat va kvantorlar. Reja, 11-prezentaciya, paygambaromiri, portal.guldu.uz-YОG’LAR VA MOYLI XOM ASHYOLAR KIMYOSI , O’simliklarning kelib chiqishi ikkilamchi bo’lgan moddalar, Chinlik to‘plami tushunchasining qo‘llanilishi, Bir generatomli birikmalning elektron tuzulishini hisoblash, Gaussian dasturlari, Guldona Psixologiya, 10 amaliy, Baxtiyorov Javohir, 15 Web ilova. MVC texnologiyasi, Noorganik ionlar va ularning funksiyasi BERDAQ NOMIDAGI QORAQALPOQ DAVLAT UNIVERSITETI KIMYO-TEXNOLOGIYA FAKULTETI 3A-KIMYO GURUHI TALABASI DJARLIKAPOVA HAFIZANING “KIMYODA KOMPYUTER MODELLASHTIRISH” FANIDAN TAYYORLAGAN TAQDIMOT ISHI Molekulyar mexanika MM2 dasturi bilan ishlash Reja: - MM2 dasturining maqsadi va vazifalari.
- Molekulyar mexanika (MM) dasturlari
- MM2 dasturilari bilan ishlash.
MM2 (Merck Molecular Mechanics) dasturi, organik molekullar va boshqa kimyoviy tuzilmalar haqida ma'lumotlarni olish uchun foydalaniladigan dasturdir. Bu dastur molekulyar mexanikasi prinsiplari asosida, molekullarning geometriyasini va energiyasini hisoblashga yordam beradi. MM2 (Merck Molecular Mechanics) dasturi, organik molekullar va boshqa kimyoviy tuzilmalar haqida ma'lumotlarni olish uchun foydalaniladigan dasturdir. Bu dastur molekulyar mexanikasi prinsiplari asosida, molekullarning geometriyasini va energiyasini hisoblashga yordam beradi. MM2 dasturi organik molekullar va boshqa kimyoviy tuzilmalar haqida ma'lumotlarni olish uchun foydalaniladigan dasturdir. Molekulyar mexanika (MM) dasturlari molekulyar modellash va simulatsiyasi uchun xizmat qiladi. MM dasturlari atomlar, molekulalar va ularning o'zaro ta'sirini hisoblash uchun matematik modellarni qo'llab-quvvatlaydi. MM2 dasturi organik molekullar va boshqa kimyoviy tuzilmalar haqida ma'lumotlarni olish uchun foydalaniladigan dasturdir. Molekulyar mexanika (MM) dasturlari molekulyar modellash va simulatsiyasi uchun xizmat qiladi. MM dasturlari atomlar, molekulalar va ularning o'zaro ta'sirini hisoblash uchun matematik modellarni qo'llab-quvvatlaydi. Bugungi kunda, ko‘pchilik hisoblash majmualari uchun MM usullari yaratilgan va kiritilgan: Bugungi kunda, ko‘pchilik hisoblash majmualari uchun MM usullari yaratilgan va kiritilgan: - 1. MM2 (ChemOffice);
- 2. MMX (PCModel);
- 3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem);
- 4. Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);
- 5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian). UFF-universal force field (Universal kuch maydoni), MMFF-Merk Molecular Force Field.
1
2
3
- MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem)
4
- Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);
5
- UFF, Dreiding, Amber (Gaussian).
Bugungi kunda, ko‘pchilik hisoblash majmualari uchun MM usullari yaratilgan va kiritilgan:
MM usuli empirik usul –tajribada olingan geometrik va boshqa kattaliklar asosida parametrlanadi. Ma‘lum bo‘lgan, alohida olingan har bitta kimyoviy bog‘ 12 uzunligi ideal bog‘ uzunligi (r0) sifatida kiritilgan. Masalan, sp3 gibridlangan C atomlari orasidagi C-C bog‘ uzunligi 1.508 Å, sp2 gibridlangan C atomlari orasidagi C=C bog‘ uzunligi 1.333 Å va sp gibridlangan C atomlari orasidagi C≡C bog‘ uzunligi 1.200 Å deb kiritilgan. MM usuli empirik usul –tajribada olingan geometrik va boshqa kattaliklar asosida parametrlanadi. Ma‘lum bo‘lgan, alohida olingan har bitta kimyoviy bog‘ 12 uzunligi ideal bog‘ uzunligi (r0) sifatida kiritilgan. Masalan, sp3 gibridlangan C atomlari orasidagi C-C bog‘ uzunligi 1.508 Å, sp2 gibridlangan C atomlari orasidagi C=C bog‘ uzunligi 1.333 Å va sp gibridlangan C atomlari orasidagi C≡C bog‘ uzunligi 1.200 Å deb kiritilgan. Ma‘lumki, kimyoviy bog‘lar uzunligi belgilangan masofagacha uzayishi va qisqarishi mumkin. Yadrolar orasidagi masofa oshishi bilan potensial energiya ham keskin oshadi. Ma‘lumki, kimyoviy bog‘lar uzunligi belgilangan masofagacha uzayishi va qisqarishi mumkin. Yadrolar orasidagi masofa oshishi bilan potensial energiya ham keskin oshadi. Ayrim MM programmalarida vb kattaliklarini tajribadagi vb kattaliklariga yaqinlashtirish maqsadida yuqoridagi ifoda mukammallashtirilgan: Ayrim MM programmalarida vb kattaliklarini tajribadagi vb kattaliklariga yaqinlashtirish maqsadida yuqoridagi ifoda mukammallashtirilgan: Evb=ki /2(ϕi- ϕo)2 (1-k’(ϕi- ϕo)-k’’(ϕi- ϕo)2 –k’’’(ϕi- ϕo)3 –k’’’’(ϕi- ϕo)4…) MM usullarida N, O kabi atomlaridagi bog‘lanmagan elektron juft ta‘sirlashuvlari to‘liq inobatga olinmagan. Tautomerlar, konformerlar va boshqa birikmalarning umumiy energiyasi hisobida tajriba bilan mos tushadigan ma‘lumotlar olingan. Ayrim MM usullari atom zaryadlari va hosil bo‘lish issiqligini hisoblashga parametrlangan. MM2 dasturi o'zining 70 dan ortiq qonuniy formulalar bilan keltirilgan. Shu formulalar asosida molekullar o'zaro ta'sirini hisoblash yordamida molekullarning energiyasini aniqlaydi. MM2 dasturi molekullar o'zaro ta'sirini qayta ishlash orqali hamkorlik qiladi. Shu dasturda kovalent ulanishlar, bend va tarqoq kuchlanishlari, steryl kuchlari va bir qancha boshqa xususiyatlar hisoblanadi. MM2 dasturi o'zining 70 dan ortiq qonuniy formulalar bilan keltirilgan. Shu formulalar asosida molekullar o'zaro ta'sirini hisoblash yordamida molekullarning energiyasini aniqlaydi. MM2 dasturi molekullar o'zaro ta'sirini qayta ishlash orqali hamkorlik qiladi. Shu dasturda kovalent ulanishlar, bend va tarqoq kuchlanishlari, steryl kuchlari va bir qancha boshqa xususiyatlar hisoblanadi. Keyingi vaqtlarda MM usulining tezkorligi asosida kvant-kimyo va MM usullari birlashtirgan, gibrid usullar (QM/MM) yaratish ustida izlanishlar olib borilmoqda. Bunga misol qilib Morokumaning ONIOM usulini misol qilib keltirish mumkin.
E`TIBORINGIZ UCHUN RAHMAT!
|
| |
