Kimyoviy kompyuter modellash




Download 14.25 Mb.
bet15/23
Sana23.12.2019
Hajmi14.25 Mb.
1   ...   11   12   13   14   15   16   17   18   ...   23
Molekulyar dinamika hisoblashlarini ham amalga oshirish mumkin. Reaksiyalarni modellash va o’tish holatlarini topish mumkin. Undan tashqari, HyperChem programmasida bajariladigan ishlar uchun script fayl yordamida algoritm tuzish mumkin.

Yuqorida keltirilganlar *txt fayl ko’rinishida yoziladi. Undan keyin *.txt fayl kengaytirgichi *.scr qilib o’zgartiriladi va quyida ko’rsatilgan “Open Script”-dan ochiladi:



Yarim empirik hisoblashlar uchun mo’ljallangan, keng tarqalgan majmualardan biri МОРАС sanaladi. J. Styuart (J. Stewart) 1981 yildan boshlab uni yaratishni boshlagan, lekin birinchi varianti 1989 yilda yaratildi. 1989-2000 yillar mobaynida kimyoning barcha muammolarini yechishga bag’ishlangan ilmiy maqolalar turli xil nashrlarda chop etildi. Ilk variantlarida (Mopac6 va Mopac7) MINDO/3, MNDO, AM1 va PM3 usullari kiritilgan edi. Bugungi kudagi oxirgi versiyasi МОРАС2012 programmasida MINDO/3, MNDO, AM1, PM3, RM1, PM6 va РМ7 yarim empirik usullari mujassam.

Kimyoda qo’llanilishi mumkin bo’lgan hisoblash majmualari, imkoniyatlari va boshqa qo’shimcha ma’lumotlarni maxsus internet saytlaridan olish mumkin. (Masalan, http://www.freechemical.info/freeSoftware/kinds.php

Yuqorida Avogadro, GaussView, MaSK, ChemCraft va WinMostar interfeyslarida Mopac, Gamess yoki Gaussian input fayllarini tuzish mumkinligi aytildi. Bu interfeyslarning ichida Yaponiyalik olimlar tomonidan yaratilgan WinMostar (www.winmostar.com) programmasi keng imkoniyatlarga ega. Unda birikmalarning geometriyasini chizgan holda, Mopac, Gamess va Gaussian programmalari uchun input fayllarni hosil qilish mumkin. Bu programmada birikma structurasini chizish, tog’rirog’i hosil qilish belgilangan atomga ma’lum atomni qo’shish (Add atom) hamda bog’ni qo’yish (Add bond) orqali amalga oshiriladi.



Bu programmada mavjud bo’lgan CNDO/S hisoblash usuli bilan xromofor tutgan birikmalarning ultrabinafsha va ko’rinuvch spektrlarini hisoblash mumkin. MOP6W70 va MOP7W70 Mopac programmalari yordamida ham yarim-empirik kvant-kimyoviy hisoblash amallarini bajarish mumkin.



Avtorlar Gromacs, LAMMPS va Amber kabi molekulyar dinamika programmalari uchun ham dastlabki hisob (input) fayllarini tuzishni yo’lga qo’yishgan.



Programmaning uch oylik demo (trial), bir yillik student va ilmiy xodimlarga mo’ljallangan kommersial litsenziyalari mavjud.



Download 14.25 Mb.
1   ...   11   12   13   14   15   16   17   18   ...   23




Download 14.25 Mb.

Bosh sahifa
Aloqalar

    Bosh sahifa



Kimyoviy kompyuter modellash

Download 14.25 Mb.