Kimyoviy kompyuter modellash




Download 14.25 Mb.
bet20/23
Sana23.12.2019
Hajmi14.25 Mb.
1   ...   15   16   17   18   19   20   21   22   23

Bugungi kunda, ko’pchilik hisoblash majmualari uchun MM usullari yaratilgan va kiritilgan:

  1. MM2 (ChemOffice);

  2. MMX (PCModel);

  3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem);

  4. Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);

  5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian). UFF-universal force field (Universal kuch maydoni), MMFF-Merk Molecular Force Field.

MM usuli kvant-kimyoviy usullarga nisbatan juda tezkor usul sanaladi. Lekin, aniqligi yarim empirik va noempirik usullarnikiga nisbatan past. MM usullarida N, O kabi atomlaridagi bog’lanmagan elektron juft ta’sirlashuvlari to’liq inobatga olinmagan. Tautomerlar, konformerlar va boshqa birikmalarning umumiy energiyasi hisobida tajriba bilan mos tushadigan ma’lumotlar olingan.

Ayrim MM usullari atom zaryadlari va hosil bo’lish issiqligini hisoblashga parametrlangan.


Keyingi vaqtlarda MM usulining tezkorligi asosida kvant-kimyo va MM usullari birlashtirgan, gibrid usullar (QM/MM) yaratish ustida izlanishlar olib borilmoqda. Bunga misol qilib Morokumaning ONIOM usulini misol qilib keltirish mumkin.

AMALIY MASHG’ULOTLAR UCHUNMASALALAR TO’PLAMI








Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар


G l o s s a r i y


DBF (Data Basc File) fayl- MO yozuvlaridan iborat fayl.

DOS(Disk Operation Systems) - diskli operatsion tizim bo’lib, kompyuter qurilmalarining vazifalarini to’ldiruvchi, ularning ishlashini ta’minlovchi va boshqaruvchi, amaliy programmalarni bajarilishini ta’minlovchi programmalar majmui.

E-Mail - elektron pochta (1971 yili ARPANET tarmog’ida birinchi marta qo’llanilgan axborotlarni uzatish tizimi.

Hardware - kompyuter ning qurilmalar ta’minoti.

HTML (Hypertext MARKYP LANGUAGE) - gipertekstni bel-gilash tili-www hujjatlari tili.

Hypertext (gipertekst) – boshqa hujjatlar(yoki betlararo alo-qa) bilan aloqalarni o’z ichiga olgan hujjat. Biror aloqani aniqlash bilan avtomatik ravishda boshqa hujjat chaqiriladi.

IMP (Information Message Processor) - axboriy xabarlar protsessori.

INTERNET -TCP/IP bayonnomasi asosida ishlovchi va unga mos xizmatlar majmuini birlashtiruvchi kompyuter tarmoqlari.

NC (Norton Commander) - MS DOS OS ning qobiq-programmasi bo’lib, foydalanuvchining MS DOS da ishlash sharo-itini yengillatish, muloqot tashkil qilish uchun yaratilgan pro-grammalar majmui. U disdagi fayl va kataloglarning joylanishini kompyuter ekranida tasvirlab unda harakatlanish, "Sayohat" qilish imkonini yaratadi, DOS bilan sodda va ixcham muloqot qilishni, turli xizmat vazifalarini bajarishni ta’minlaydi.

NCP (Networn Control Protocol) – tarmoqni boshqarish ba-yonnomasi.

Paintbrush - grafik muxarrir bo’lib, u relyatsion ma’lumotlar ombori; ya’ni ikki o’lchovli jadvallar shaklida tashkil qilingan ma’lumotlar ombori.

Software - kompyuter ning programma ta’minoti.

TCP/IP (Transmission Control Protocol/Internet protocol-uzatishni

TIP (Terminal information Processor) - terminalli axboriy protsessor.

UDP (User Datagram Protocol)- foydalanuvchi deyta-grammalarining bayonnomasi.

Windows 3.1 - DOS ni grafik texnologiyaga asoslangan qobig’i bo’lib, u ko’p maslaklikni va programmalar vazifalarini integratsiyalash (yig’ish) ni ta’minlaydi.

Windows 95- 97 - grafik texnologiyaga asoslangan operatsion tizim.

WWW (World Wide Web)- gipertekstga asoslangan axboriy taqsimlangan mulьtimedia tizimi. Bugungi kunda ilmiy-texnik bilimlar, virtual kutubxona, o’qituv jarayonining ilovalari tayyorlanayotgan juda kuchli axborot texnologiyasi(san’at dara-jasidagi) vositasi.

Yost- klientga biron- bir xizmat ko’rsatuvchi kompyuter .
Abonent tizimi - foydalanuvchilarga axborot tarmoqlarining xizmatlarini ta’minlovchi axborot tizim.

Avtomatlashtirilgan loyihalash tizimi -loyihalash jarayonini avtomatlashtirishga mo’ljallangan programmalar va qurilmalar majmui.

Alifbo-raqamli axborot-bitta tugmachani bosish bilan kompyuter ga kiritiladigan belgilar majmui (harflar, raqamlar, munosabat belgilari va b.).

Almashuv buferi(Clipboard) - Windows operatsion tizimi ishlash jarayonida ajratiladigan xotira sohasi. Ilova va huj-jatlar o’rtasida grafik va matnli axborotlarni almashishga mo’ljallangan xotira.

Aloqa tuguni - tizimlar o’rtasida uzatiladigan axborotlar aloqasini ta’minlovchi apparat va programma ta’minoti.

Amaliy jarayon-foydalanuvchi topshirig’i bo’yicha baja-riladigan axborotni qayta ishlash jarayoni.

Amaliy programma - foydalanuvchi topshirig’ini bajaruvchi programma.

Arifmetik ifoda-qo’shish, ayirish, ko’paytirish, bo’lish, darajaga ko’tarish(^), ochuvchi ( va yopuvchi ) qavslar yordamida yozilgan son, funktsiya, indeksli va indekssiz o’zgauvchilar ketma-ketligidan iborat yozuv. Arifmetik ifoda natijasi son bo’ladi.

Axboriy bank-axborotlarni saqlash va qayta ishlashga imkon beruvchi axboriy, texnik, programmaviy, til va tashkiliy vositalar majmui.

Axboriy madaniyat - insonni barcha axborot texnolo-giyalaridan kerakli tarzda foydalana olishi.

Axboriy resuslar- ilmiy nazariya,jarayon va hodisalarni o’rganish borasidagi tadqiqotlar, kashfiyot, bino va mashinalar loyihalari, jamiyat va tabiat haqidagi xabarlarga asoslangan davlatning ma’naviy potentsiali.

Axboriy tizim-qandaydir usulda tuzilgan ma’lumotlar, ularni saqlash va qayta ishlashga mo’ljallangan qurilma(programmalar majmui).

Axborot tarmoqlari arxitekturasi - axboriy tizimlar birikmasini hosil qilish san’ati.

Axborotlar tuzilmasi - ma’lumotlarni tasvirlash va tashkil qilish to’g’risidagi kelishuv.

Axborotni boshqarish tili - xabarlarni izlash, ularni qayta ishlash va axboriy bazaga kirish bilan bog’lik amallarni aniqlashga mo’ljallangan axborot izlash tili.

Axborotni siqish - ma’lum hajmdagi axborotni saqlash uchun undagi bitlar sonini kamaytirish jarayoni.

Bayonnoma (protokol)- axboriy tizimlarni o’zaro faoliyatini ta’minlovchi masalalardan biri bajarilishini ifodalovchi qoida berilgan hujjat.

Bayt - kompyuter tomonidan yaxlit birlik sifatida qabul qilinadigan 8 bitdan iborat axborot. U turli belgilarni kompyuter da tasvirlash, ularni bir-biridan farqlash imko-niyatini beradi.

Bit - axborotning eng kichik biriligi bo’lib, u ikkilik sanoq sistemasidagi raqam. Bitning qiymati 0 yoki 1 ga teng.

Bog’langan fayllar -birinning bosh kaliti-ikkinchisi bosh kalitining katta qismini tashkil qiluvchi ikki ma’lumotlar fayli(DBF).

Bosish qurilmasi (printer)- axborotni qog’ozda akslantiruvchi qurilma.

Bosh kalit - qiymati ma’lumotlar faylidagi yozuvni bir qiymatli aniqlashga imkon beradigan DBF fayl yozuvlaridan iborat maydonlar majmui.

Boshqarish bayonnomasi (tarmoqlararo bayonnoma)- halqaro kompyuter tarmoqlarida ma’lumotlarni almashishni ta’minlovchi kelishuv haqidagi hujjat.

Boshqaruvchi belgi-kodlar jadvalidagi 32 dan kichik o’nli kodga mos keluvchi belgilar. Ulardan kompyuter qurilmalarini boshqarish va axborotlarni uzatish uchun foydalaniladi.

Boshlang’ich yuklash - kompyuter ni tokka ulaganda ishga tayyorlash.

Buyruq - axboriy tizim tomonidan axborotni qayta ishlash jarayoniga bog’lik aniq amal bajarilishini talab qiluvchi son, so’z yoki jumla.

Burash mintaqasi - hujjat yoki ro’yhat oynasining pastki yoki o’ng qismida joylashadi. Oynaga sig’magan hujjat bo’ylab ko’chib yurishga (skroling) xizmat qiladi (ko’rsatkich va bosqich bilan ta’minlangan).

Videoaxborot- turli tasvirlar(fotogarfiya, rasm va boshqalar) yordamida uzatiladigan axborotlar.

Videodisk- metall yoki plastmassadan ishlangan tekis disk.Uning satxiga lazer nuri yordamida o’qiladigan axborot yoziladi.

Vinchester – qattiq diskni programma tuzuvchilar tomonidan nomlanishi.

Virtual voqelik - axborot vositalarining eng dolzarb yo’nalishlaridan biri. Turli voqeliklarga taqlidni tasvirlovchi programmalar.

Grafik muxarrir - grafikli tasvirlarni yaratish va o’zgartirish uchun foydalaniladigan programma vositalari.

Deytagramma - qabul qiluvchi kompyuter ga oldindan xabar qilmasdan uzatilgan axborotlar paketi. Bu usul uncha katta bo’lmagan axborotlarni uzatishda foydalaniladi.

Disk yuritgich (diskovod) - egiluvchan magnitli diskka xizmat qiluvchi elektron-mexanik qurilma.

Drayver(driver) - amaliy programma va tashqi qurilma yoki xotira o’rtasida joylashgan tizim programmasi. U aniq bir vazifani bajaradi (Masalan, klaviatura, "sichqoncha", printer, monitor drayverlari).

Ilova oynasi - amaliy programma bajarilayotgan oyna.

Interfeys (interface)- o’zaro ta’sir, aloqa, birlashish, kelishish vositalari. Programma tuzuvchi, foydalanuvchi, kompyuter operatori interfeyslari bir-biridan farqlanadi. Interfeysning asosiy tushunchalari: menyu va muloqot oynasi.

Ifoda - ma’lum mulohazani yozish shakli. Ifoda operand (tashkil qiluvchilar)dan iborat bo’ladi. Ular bir-biri bilan ifodaning ma’nosini bildiruvchi maxsus belgilar yordamida birlashtiriladi. Amaliy informatikada arifmetik, shartli va mantiqiy ifodalar farqlanadi.

Kengaytma - fayl nomining bir qismi bo’lib, faylda ifodalangan axborot turini aniqlaydi.

Klient (Client) – tarmoqning qaeridadir joylashgan servisdan foydalanuvchi nomidan xizmat oladigan amaliy programma.

Mantiqiy disk - qattiq magnitli disk xotirasining bo’lagi bo’lib, bu bo’laklar S: ,D:, E: va boshqa lotin alifbosi harflari bilan belgilanadi.

Mantiqiy ma’lumot - "Haqiqat" yoki "Yolg’on"(1 yoki 0) qiymatlaridan birini qabul qiluvchi ma’lumot.

Matn muxarriri - matnli fayl va matnli hujjatlarni kiritish va o’zgartirishga mo’ljallangan programma vositalari.

Matnli fayl - o’zgaruvchan uzunlikdagi qatorlardan iborat fayl bo’lib, har bir satri kodlar jadvalidagi ixtiyoriy belgilar majmui. Ma’lum amalni bajarishga, vazifani bajarish yo’nalishini o’zgartiruvchi, tanlash maydoni turidagi bandlardan iborat. Asosiy, gorzontal, vertikal menyular bir-biridan farqlanadi.

Ma’lumot -ob’ektning muayyan xususiyatini belgilovchi ko’rsatkich bo’lib, u ko’rilayotgan ob’ektni aniq bir nusxasi uchun ma’lum sonli, matnli yoki boshqa qiymat qabul qiladi.

Ma’lumotlar ombori (MO)-qaralayotgan sohadagi ob’ektlar holatini va ular o’rtasidagi munosabatlarni aniqlovchi nomlan-gan ma’lumotlar majmuidir. Relyatsion, shajarasimon va to’rsi-mon tuzilishdagi MO farqlanadi.

Ma’lumotlar ombori tizimi (MOT)- MO bilan to’ldirilgan MOBT ma’lumotlar banki (MB). Markaz-lashtirilgan yig’ish va jamoa bo’lib foydalanishga mo’ljallangan ma’lumotlarning MO texnologiyasiga asoslangan programma, til, tashkiliy va texnik vositalari. Ma’lumotlar tuzilishini normallashtirish - shajarasimon daraxt shoxlari orqali bargni mos shoxga va tugunga joylashtirish jarayoni. Bosh kalit - MO dagi ixtiyoriy yozuvni tanlab olish imkonini beruvchi yozuv bo’lib, u ob’ektni bir nusxasidan boshqasini farqlay oladi.

Ma’lumotlar omborini boshqarish tizimi (MOBT) MO ni yaratish, yuritish va ko’p foydalanuvchilar tomonidan birgalikda qo’llanishga mo’ljallangan til va programma vositalarining majmui.

Menyu - tanlash mumkin bo’lgan ob’ekt (narsa) lar ro’yhati.

Mikroprotsessor - kompyuter ning "miya" si. Unga tushadigan buyruqlarni bajaradi va boshqa qurilmalar ishini boshqaradi.

Modem (Modulyator, Demodulyator)- kompyuter ni axborot uzatish tizimi bilan o’lchovchi qurilma.

Monitor (displey) - elektron nurli truba asosida ishlaydigan televizor ekrani bo’lib axborotlarni o’zida akslantiradi.

Muloqot oynasi – aniq ma’lumotni kiritishga so’rov beriladigan joy.

Mulьtimedia (mulьti-ko’p, media-vosita) -axborotlarni akslantirish ko’p axboriy vositalar (ovoz, rasm, fotografiya, musiqa va boshqalar)dan foydalanish.

Oyna - ekranni to’rtburchak hoshiya bilan chegaralangan bo’lagi.

Operativ xotira - har biri bir baytni saqlashga mo’ljallangan elektron uyachalar majmui. Bu uyachalar 0,1,2,... 35000, 35001,..sonlar bilan tartiblanadi. Uyachaning tartib soni unga shu paytda yozilgan baytning adresi deyiladi.

Pereklyuchatelь - menyu bandi, uskunalar panelidagi piktogramma, muloqot oynasidagi maydon.

Piksel - videoadapter tomonidan (monitor ekranida) yaratilgan tasvirning minimal elementi (Picture Element - pel).

Piktogramma (ikonka)- programma yoki programmalar gu-ruxini ifodalovchi belgi.

Programma guruxi - hujjat oynasiga ochiladigan u yoki bu ma’noda bir xil turdagi programma bilan beriladi.

Punkt - shrift o’lchami (balandligi) ning birligi bo’lib, uning qiymati 1 72 dyuymga teng(1 dyuymq 2,54 sm).

Relyatsion yondoshuv - ixtiyoriy tuzilishdagi ma’lumotlarni sodda ikki o’lchovli jadval ko’rinishda tasvirlash.

Sichqoncha-ekran koordinatorlarini ko’rsatish va sodda buyruqlarni bajarishga mo’ljallangan qurilma (manipulyator).

Takrorlanuvchi gurux - ob’ektning har bir nusxasiga mos holda turli hajmda mos keladigan axborot.

Tanlash maydonlari guruxi - menyuning bitta va faqat bittasi tanlanadigan bandlari (Masalan, piktogramma, muloqot oynasi maydonlari). Tanlangan maydon bajariladigan vazifani mumkin bo’lgan hollaridan birini amalga oshirishni ta’minlaydi.

Tarmoq grafigi - tarmoqning aloqa kanallari orqali vaqt birligi ichida o’tuvchi axborot hajmi. U muhim ko’rsatkich bo’lib tarmoqning qanchalik bandligini va holatini ko’rsatadi.

Telekommunikatsiya - axbortni uzatishga telealoqa vositalarini qo’llash.

Uskunalar paneli - foydalanuvchi grafik interfeysi elementlari. Uning yordamida uskunaviy vazifalar va programma boshqaruvi bajariladi.

Fayl adresi - faylning to’la nomi bo’lib, u fayl joylashgan diskning mantiqiy nomi, unga yo’l va nomi hamda kengaytmasini ko’rsatadi. Masalan: S: -kafedra-kitob-bob1.txt.

Fayllarni arxivliash - diskdagi joyni tejash maqsadida fayllar guruxini bitta arxiv faylga joylashtirish amali.

Faylni chetlatish - diskda shu fayl joylashgan qismni boshqa fayllar joylashishi uchun ochiq deb e’lon qilish.

Hujjat - amaliy programma yordamida qayta ishlanadigan ob’ekt.

Egiluvchan disk - axborotlarni doimiy saqlash uchun ishlatiladigan magnitli axborot to’plagich.

Elektron jadvallar - jadval ma’lumotlarini qayta ishlash uchun mo’ljallangan programma vositalari.



Elektron nashr – maqola va kitoblarni kompyuter da tashkil qilish va undan foydalanish tizimi.









Download 14.25 Mb.
1   ...   15   16   17   18   19   20   21   22   23




Download 14.25 Mb.

Bosh sahifa
Aloqalar

    Bosh sahifa



Kimyoviy kompyuter modellash

Download 14.25 Mb.