• Molеkulyar mеxanika MMP2 dasturi bilan ishlash
  • Molekulyar tuzilish nazariyasi bilan klassik va kvant-kimyoviy yo’nalishlarni taqqoslash
  • Yarim empirik uslublari bilan kimyoviy masala yechimini topish
  • HyperChem va ChemLab dasturlar misolida zamonaviy jamlangan hisob dasturlari bilan ishlash.
  • Tabiiy birikmalarning QSAR taxlili.
  • ArgusLab dasturi oqsil-ligand tuzilishi va ularning bog’la-nishi xaqida axborot olish.
  • Molekulyar orbitallar usuli nima.
  • Kimyoviy kompyuter modellash




    Download 14.25 Mb.
    bet23/23
    Sana23.12.2019
    Hajmi14.25 Mb.
    1   ...   15   16   17   18   19   20   21   22   23

    Amaliy mashg’ulotlar taqsimoti





    Mashg’ulotlar mazmuni

    Soat

    1

    Shaxsiy kompyutеrlar bilan ishlash.

    4

    2

    Standart yordamchi rеdaktor va grafik dasturlari bilan ishlash (ChemWin).

    4

    3

    AlChemy. Kuch maydonlari muhitida kompyutеr modеllashtirish dasturlari bilan ishlash.

    4

    4

    Molеkulyar mеxanika MMP2 dasturi bilan ishlash


    4

    5

    PCM dasturi muxitida molеkulyar mеxanika uslubida namunaviy masalalar bilan ishlash.


    4

    6

    Molekulyar tuzilish nazariyasi bilan klassik va kvant-kimyoviy yo’nalishlarni taqqoslash


    4

    7

    Molеkulyar Orbitallar nazariyasi va uning kimyoviy birikmalar xususiyatlarini bayon qilish uchun ishlatilishi.


    4



    Jami bahorgi semestr


    28

    8

    Yarim empirik uslublari bilan kimyoviy masala yechimini topish


    2

    9

    Ab initio uslubi uchun kompyutеr topshirig’ini tuzish


    4

    10

    HyperChem va ChemLab dasturlar misolida zamonaviy jamlangan hisob dasturlari bilan ishlash.


    4

    11

    Kimyoviy birikmalarning xossalari va elеktron tuzilishi, namunaviy kimyoviy masalani yеchish qonuniyatlari.


    4

    12

    Tabiiy birikmalarning QSAR taxlili.


    4

    13

    DRAGON dasturini ishlatib dеskriptorlar tanlash va struktura-faollikni matеmatik modеlini tuzish.


    4

    14

    ArgusLab dasturi oqsil-ligand tuzilishi va ularning bog’la-nishi xaqida axborot olish.


    4

    Jami bahorgi semester

    26

    Hammasi

    54

    Mustaqil ish mavzulari va shakllari






    Mustaqil ta’lim mavzulari

    Berilgan topshiriqlar

    Soati



    Empirik uslublar bilan ishlashning asosiy qoidalari.

    Referat yozish. Dastur asosida berilgan moddaning ko’rsatkichlarini hisoblash.

    8



    Zamonaviy integrirlangan hisoblash dasturlari paketi.

    Referat yozish. Dastur asosida berilgan moddaning ko’rsatkichlarini hisoblash.

    8



    Z-matritsalarni aniqlash, molekulyar sistemalarning elektron, spektral va boshqa tavsiflarini grafik yordamida

    ifodalash.



    Dastur asosida berilgan moddaning ko’rsatkichlarini xisoblash. Internet ma’lumotlaridan foydalanish

    8



    Kimyoviy birikmalarning elektron tuzilishi va xossalari

    Referat yozish va taqdimot tayyorlash

    8



    ChemOffice dasturlari bilan ishlash, organik moddalar parametrlarini o’rganish

    Dastur bilan ishlashni o’rganish va o’rganilganlar asosida berilgan moddaning ko’rsatkichlarini hisoblash.

    8



    Ab initio uslubi. GAUSSIAN dasturlari bilan ishlash yullari.

    Dastur asosida berilgan moddaning ko’rsatkichlarini hisoblash.

    8



    Hisob uslublarning amaliyotda qo’llanishi. Gеtеrotsiklik birikmalar elеktron tuzilishining o’ziga xosligi.

    Referat yozish va taqdimot tayyorlash

    Test savollarini tayyoylash



    8

    JAMI

    56

    NAZORAT SAVOLNOMALARI



    1. Kimyoviy tadqiqotlarda kompьyuterlarni ishlatishning asosiy yo’nalishlari.

    2. Ma’lumot-axborot tizimlari bilan ishlashning asosiy usullari

    3. Kompьyuter sintezining texnologiyasi va usullari.

    4. Kompьyuter tizimidagi ish joyi: kompyuter tizimlarining apparat va dasturiy ta’minoti.

    5. Kimyoviy matnlar muxarrirlari bilan ishlash usullari.

    6. Kuch maydonlarining potentsial funktsiyalari turlari.

    7. Molekulyar mexnika usullarida parametrlanish qoidalari.

    8. Kimyoviy tuzilish muxarrirlari bilan ishlash qoidalari.

    9. Molekula geometriyasini hisoblash uchun vazifani rasmiylashtirish va uning tuzilishi.

    10. MM2 usullarida molekula geometriyasini tasvirlash qoidalari.

    11. Dastur ishini boshqarish uchun asosiy maьlumotlar .

    12. Molekula geometriyasini optimallashtirish va dastur ishini nazorat qilish.

    13. MMR2 dastur qaydnomalari bilan ishlash qoidalari va strukturasi.

    14. Molekulyar mexanika usullari yordamida hisoblanadigan molekulalarning fizik-kimyoviy parametrlari.

    15. Kvant mexanika postulatlari.

    16. Vodorod simon atomlar uchun kvant sonlarni aniqlash.

    17. Molekula tuzilishini hisoblashning xususiyati, Born-Oppengeymer yaqinlashishi.

    18. Rutaana tenglamalari va ular yechimi – kanonik molekulyar orbitallar - MO.

    19. Yarimempirik usullar va ularning xususiyatlari, kengaytirilgan Xyukkel usuli (RMX), CNDO, MINDO, MNDO, AM1, PM3.

    20. Z-matritsalari yordamida molekula geometriyasini tasvirlash.

    21. Kimyoviy traektoriyalarni hisoblash.

    22. CHeklangan va cheklanmagan Xartri-Fok usullari.

    23. onfiguratsion ta’sirlashishni yaqinlashtirishda hisoblash usullari.

    24. Ab initio usullaridagi asosiy funktsiyalar tuplami.

    25. Dorivor preparatlarni ratsional qidirishning va yaratishning asosiy fazalari. Lider-birikma va uni qidirish strategiyalari.

    26. Klassik QSAR. Deskriptorlar to’g’risida umumiy tushuncha: topologik, kvant-kimyoviy, fizik-kimyoviy

    27. “Tuzilish-faollik” modellari yordamida optimal tuzilishlari tanlash.

    28. Molekulyar doking – retseptor tuzilishi to’g’risida bilimlarga asoslangan usul. Doking hisoblashlarda ishlatiladigan algoritmlar. «ligand», «retseptor», «retseptor»soxa tushunchalari.

    Asosiy darsliklar va o`quv qo`llanmalar ro’yhati.



    1. J.C.Cramer, Essentials ofcomputational chemistry. Theories and Models. Second Edition. John Wiley.2004.

    2. A.G.Eshimbetov, A.X.Xayitboyev, S.A.Maulyanov, H.S.Toshev. Kompyuter kimyosi. O’zMU. 2015. 112 b.

    3. Кларк Т. Компьютерная химия, М., Мир, 1990.

    Qo’shimcha adabiyotlar



    1. Sh.Mirziyoyev. Erkin va farovon demokratik O’zbekiston davlatini birgalikda barpo etamiz. Toshkent. “O’zbekiston” NMIU. 2017.-29b.

    2. Sh.Mirziyoyev. Qonun ustuvorligi va inson manfaatlarini ta’minlash yurt taraqqiyoti va xalq farovonligining garovi. Toshkent. “O’zbekiston” NMIU. 2017.-47b.

    3. “O’zbekiston Respublikasini yanada rivojlantirish bo’yicha xarakatlar strategiyasi to’g’risida”gi PF-4947-sonli Farmoni. O’zbekiston Respublikasi qonun xujjatlari to’plami. 2017y., 6-son. 70-modda.

    4. Sh.Mirziyoyev. Tanqidiy tahlil, qat’iy tartib intizom va shaxsiy javobgarlik har bir rahbar faoliyatining kundalik qoidasi bo’lishi kerak. O’zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 2016 yil yakunlari va 2017 yil istiqbollariga bag’ishlangan majlisidagi O’zbekiston Respublikasi prezidentining nutqi.//Xalq so’zi gazetasi. 2017 yil 16 yanvar №11.

    5. O’zR PQ-2909. Oliy ta’lim tizimini yanada rivojlantirish chora tadbirlari to’g’risida. Toshkent sh. 2017y. 20 aprel.

    6. М.А.Тўрабекова, М.Г.Левкович «Математическое моделирование строения химических соединений и их реакционной способностию Т.,Университет. 2008. 136с.

    7. «Теория и практика компьютерного моделирования нанообъектов» (УДК 541.1:681.332 (07) Т33), Романова Т.А., Краснов П.О., Качин С.В., Аврамов П.В., Красноярский государственный технический университет, 2002 г.

    8. Травень В.Ф. Электронная структура и свойства органических молекул, М., Химия, 1989.

    9. Теддер Дж., Нехватал Э. Орбитальная теория в контурных диаграммах, М.,Мир, 1988.

    10. Минкин В.И., Симкин Б.Я., Миняев Р.М. Теория строения молекул, М., Высшая школа, 1979.

    11. Молекулярная механика ММ2. Инструкция по эксплуатации (1977, 1982 гг.)

    Internet va Ziyonet saytlari

    1. http://www.gov.uz. - O’zbekiston Respublikasi hukumat portali

    2. http://www.lex.uz. - O’zbekiston Respublikasi qonun hujjatlari ma’lumotlari milliy bazasi

    3. http://www.netsci.org/Science/Compchem/; Молекуляр моделлаштириш ва QSAR тахлили назарияси бўйича илмий мақолалар тўплами:

    4. http://www.talete.mi.it/dragon_exp.htm DRAGON дастури ва ундаги дескрипторлар хақидаги маълумотлар:

    5. www.planaria-software.com ArgusLab дастури ва унинг ишлатилиши хақидаги маълумотлар ва мақолалар:

    Talabalarni baholashning reyting ishlanmasi

    Talabalarning o’zlashtirishi 100 ballik tizimda amalgam oshiriladi. Talabaning o’zlashtirishi JN-40 ball, ON-30 ball va YaN-30 ball bilan belgilanadi.Talaba mustaqil ishi (TMI) uchun 10 ball ajratilgan.
    Fan reyting ishlanmasi va baholash mezonlari




    Nazorat turlari

    Soni

    Ball

    Jami ball

    1

    I. Joriy nazorat (JN)

    1.1. Amaliy mashg’ulot

    1.2. TMI (ishchi dasturda keltirilgan mustaqil mavzulari bo`yicha) – referat, konspekt yozish yoki plakat(maket) tayyorlash.

    15
    1


    2
    10


    30
    10



    2

    II. Oraliq nazorat

    2.1. Test (30 ta savol)


    1

    30

    30


    3

    III. Yakuniy nazorat

    3.1. Yozma ish



    1

    30

    30


    Jami

    100

    Baholash mezoni

    JN - Topshiriqlarini to`la mustaqil bajargan va amalda qo`llay oladigan talabaga xar bir amaliy mashg’ulot uchun 1,4 – 2,0 ball, to`la bajarmagan talabaga bajarilgan ish hajmiga va sifatiga qarab 1,1-1,4 ballgacha beriladi.
    TMI- Amaliy mashg’ulot bo`yicha berilgan talabalar mustaqil ishlarining mavzulari bo’yicha referat, konspekt, plakat (maket) tayyorlanadi:


    • mavzu to`liq ochilgan to`g’ri xulosa chiqarilgan va ijodiy fikrlari bo`lsa - 8,6 -10 ball;

    • mavzu mohiyati ochilgan, faqat xulosasi bor – 7,6-8,5 ball;

    • mavzu mohiyati yoritilgan, ammo arzimas kamchiligi bo`lsa – 6,6 – 7,5 ball beriladi;

    • mavzu mohiyati yoritilgan, ammo ayrim kamchiliklari bor bo`lsa- 5,5-6,5 ball beriladi.

    ON - Oraliq nazorat test usulida 1 marta o`tkaziladi.

    Oraliq nazorat bo`yicha berilgan talabalar mustaqil ishlarining bajarilishi (ma`ruzada o`tilmagan mavzulardan mustaqil o`zlashtirish uchun alohida mavzular beriladi va talabalar ushbu mavzular bo’yicha alohida daftarga 36 ta test-masala echib keladi. Testlarni to`la echgan va amalda qo`llay oladigan talabaga 4,5 – 5,0 ball, to`la echmagan talabaga echgan soniga, hajmiga va sifatiga qarab 2,8-4,5 ballgacha beriladi.


    YaN - Yakuniy nazorat yozma ish usulida o’tkaziladi va 30 ballgacha baxolanadi.

    Yakuniy nazoratda talaba 3 ta savolga yozma (Tayanch iboralarga asoslangan) javob berishi lozim. Har bir yozma savolga 10 ball ajratiladi.



    • agar savol mohiyati to`la ochilgan bo`lib, mavzu bo`yicha talabaning tanqidiy nuqtai nazari

    bayon qilingan bo`lsa – 9,0 – 10 ball;

    • savol mohiyati to`la ochilgan, asosiy faktlar to`g’ri bayon qilgan bo`lsa – 8,2 –8,8 ball;

    • savolga to`g’ri javob berilgan, lekin ayrim kamchiliklari bor bo`lsa – 7,0 – 8,0 ball;

    • berilgan savolda javoblar umumiy va kamchiliklar ko`proq bo`lsa – 5,6 - 6,0 ball beriladi.

    • UMUMIY NAZORAT SAVOLLARI



    1. Kompyuterning dasutriy ta`minoti asosiy qismi nima?.

    2. SHaxsiy kompyuterlarning dasturiy ta`minoti tug’risida ma`lumot bering.

    3. Tashqi qurilmalarni o`rnatish qanday amalga oshiriladi.

    4. Modem vazifasi qanday.

    5. Moddiy ishlab chikarish texnologiyasi nimalardan iborat?

    6. Axborot nima?

    7. Axborot texnologiyasi nima?

    8. Axboriy revolyutsiyaning k iymati nimalardan iborat?

    9. Jamiyat informatsiyalashtiriluvi deb nimaga aytiladi?

    10. Informatizatsiyalashgan jamiyat nima?

    11. Insonning axboriy madaniyatixakida gapirib uting?

    12. Jamiyatda informatika kanday urin tutadi?

    13. Informatikaning xozirgi boskichlaridagi vazifalari?

    14. Axborot nima?,

    15. Axboriy jarayonlar nima?,

    16. Axborot texnologiyasini belgilovchi ichki omillar nima?,

    17. Komputerlarni rivojlanish bosqichlari nima?

    18. Kimyoda komputerlarni qo`lanilish jihatlari nima?.

    19. Kompyuter tizimlarini asosiy ko`rsatkichlari va ish joyni tashkil qilish nima?.

    20. Kuch maydonlari yordamida molekulyar modellashtirish nima?.

    21. Molekulyar mexanika uslublari nima?.

    22. Zo`riqqan tizimlar nima?.

    23. Molekulyar Mexanika (MMP2) nima?.

    24. Elinjer Mexanikasi nima?.

    25. Empirik uslublar bilan ishlashning asosiy qoidalari nima?.

    26. Molekulyar tuzilishni hisoblash uchun topshiriqning va xisob qaydnomasining tuzilishlari nima?.

    27. Yarim empirik uslub nima?

    28. Kvant kimyosi – molekulyar sistemalar taxlilida asosiy postulatlar va printsiplari nima?.

    29. Kvant-kimyo uslublari yordamida molekulyar strukturalarni ifodalash nima?,

    30. Z-matritsani aniqlash nima?,

    31. Molekulalar sistemalarini elektron, spektral va boshqa ko`rsatkichlarini grafik yordamida ifodalash nima?.
    32. Molekulyar orbitallar usuli nima?.

    33. Kimyoviy masallalarning yarim-empirik uslublari yordamida yechilishi nima?. Kompyuter uchun topshiriklarni tuzish va ularning qaydnomalari bilan ishlash nima?.


    34. Ab initio uslubi nima?.

    35. Bazis funktsiyalarning tanlash qoidalari nima?.

    36. Masalani yechish uchun kerak bulgan uslubni tanlab olish nima?.

    37. QSAR va QSPR taxlil nima?.

    38. Doking nima?.

    39. Virtual skrining tushunchasi nima?.

    40. Zamonaviy integrallangan paketlar nima?.

    41. ChemWin dasturi; moddalar tuzish, tavsifini aniqlash. nima?

    42. Kimyodan electron o`quv materiallar, ma`lumotlar bazasi nima?.

    43. Interaktivlik nima?.

    Mustakil ta’lim uchun savollar

    1. Kuch maydonlari ishlatiladigan uslubni ko’rsating

    2. Berilgan formula orqali ifodalanadigan energiya turini kursating

    3. Berilgan formula orqali ifodalanadigan energiya turini kursating.

    5. Berilgan formula orkali ifodalanadigan energiya turini kursating

    6. Berilgan formula orkali ifodalanadigan energiya turini kursating.

    7. Berilgan formula orqali ifodalanadigan energiya turini kursating:

    8. MM uslubi orqali xisoblanmaydigan parametrlar turini ko’rsating

    9. MM uslubida xisoblanmaydigan parametrlarni ko’rsating

    10. MM uslubi orqali xisoblanmaydigan parametrlar turini ko’rsating ?

    11. Eng tezkor uslubni ko’rsating:

    12. Molekulyar mexanikadagi vodorod atomi turini ko’rsating

    13. Berilgan u+slublardan molekulyar mexanikaga tegishligini ko’rsating

    14. Berilgan uslublardan ab initio uslubiga tegishligini ko’rsating

    15. Berilgan uslublardan yarim-imperik uslubiga tegishligini ko’rsating

    16. Molekulyar mexanikadagi parametrlanish bu:

    17. Z-matritsada ishlatiladigan parametrlarni ko’rsating:

    18. N atomlardan iborat bo’lgan sistemani Z-matritsasiga kiritiladigan geometrik parametrlar sonini ko’rsating:

    19. N atomlardan iborat bulgan sistemani Dekart koordinatalari ichra kiritiladigan geometrik parametrlar sonini ko’rsating:

    20. Yarim-empirik uslublarni empirik uslublariga nisbatan afzalligini ko’rsating:

    21. MORAS dasturida pi-sistemani xisobining kalit so’zi:

    22. MORAS dasturida lokalizatsion orbitallarni xisobining kalit so’zi:

    23. MORAS dasturida kuchaytirilgan anikligi xisobining kalit so’zi:

    24. MORAS dasturida molekula geometriyasi optimizatsiyalashsiz xisobining kalit so’zi:

    25. MORAS dasturida molekular orbitallar xisobining kalit so’zi:

    26. MORAS dasturida simmetriya xisobining kalit so’zi:

    27. Yarim-empirik uslublarni ab initio uslublariga nisbatan afzalligini ko’rsating:

    28. Yarim-empirik uslublarni ab initio uslublariga nisbatan kamchiligini ko’rsating:

    29. Molekulyar mexanika uslubini yarim-empirik uslubi oldidagi afzalligi:

    30. Molekulyar mexanika uslubini yarim-empirik uslubi oldidagi afzalligi:

    31. Yarim-empirik uslubini molekulyar mexanika uslubi oldidagi afzalligi:

    32. Ab initio uslubini boshqa uslublardan asosiy farqi:

    33. To’lik bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    34. Eng oddiy bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    35. d-orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    36. Vodorod atomdagi r-orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalarni ko’rsating

    37. Li dan boshlab qutblangan orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    38. Barcha atomlardagi qutblangan orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    39. Li-dan boshlab barcha atomlardagi diffuzion orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    40. Barcha atomlardagi diffuz orbitallarni inobatga oladigan bazis funktsiyalar to’plamini ko’rsating:

    41. Bir xil bulgan bazis funktsiyalar to’plamlarini aniklang: 1) 6-31G, 2) 6-31G**, 3) 6-31G(d,p), 4) 6-31+G*, 5) 6-31++G

    42. Molekulyar Dinamika bu:

    43. Kimyoviy traektoriya bu:

    44. Geometriya optimizatsiyasi bu:

    45. Optimizatsiyasiz xisob bu:

    46. Molekulaning o’tish ko’rinishi bu:

    47. Stereokimyoviy deb xisoblanmaydigan parametrni ko’rsating:

    48. Stereokimyoviy deb xisoblanadigan parametrni ko’rsating:

    49. SCF uslubi bu:

    50. CSF uslubini kashf etgan olimlar:

    51. Iteratsion jarayon SCF bu:

    52. Xartri-Fok uslubida inobatga olinmaydigan ta’sirlashuvlarni ko’rsating:

    53. Qanday ta’sirlashuvlarni inobatga olinishi uchun MR2 uslub kashf etilgan?

    54. O’zaro kelishilgan maydon uslubiga tegishli bo’lmagan uslubni ko’rsating:

    55. CI (configuration interaction) konfiguratsion ta’sirlashuv uslubi inobatga oladigan omillar:

    56. DFT (Density Functional Theory) kvant-kimyoviy uslub qo’yidagi modelga assoslangan:

    57. RHF Xartri-Fok uslubi (restricted Hartree-Fock) – molekular sistemalarni qo’yidagi printsip orqali xisoblaydigan kvant-kimyo uslubi:

    58. UHF Xartri-Foka uslubi (unrestricted Hartree-Fock) – molekular sistemalarni xisoblaydigan kvant-kimyo uslubi bo’lib u qo’yidagi qoidaga assoslangan:

    59. Ionizatsiyalanish potentsial energiyasi bu:

    60. Elektronga moyillik bu:

    61. Molekulyar orbital bu:

    62. Lokalizatsiyalangan molekular orbital bu:

    63. MO AOCHK uslubi – bu molekulyar orbitallarni kuyidagi kurinishi:

    64. YuTMO bu:

    65. QBMO bu:

    66. Molekulani reaktsion qobiliyati belgilaydigan omillar:

    67. Molekulani muxit bilan ta’sirlashuvi quyidagilar bilan belgilanadi:

    68. Kvant-kimyo uslublariga kirmaydigan uslubni belgilang:

    69. Bazis funktsiyalarning to’plami bu:

    70. Almashuv energiya bu:

    71. Ichki novalent elektronlar ishtroki:

    72. Korrelyatsion energiyasi bu:

    73. Elektrostatik ta’sirlashuv bu:

    74. Kvant-kimyo xisoblashlarda input (yani kiruvchi) fayl qanday koordinatalar yordamida beriladi:

    75. Kimyoda qo’llaniladigan programmalarni ko’rsating:

    76. YaMR va strukturaviy taxlil uslublari yordamida olingan oqsillarning 3D strukturasini qaysi ma’lumotlar bazasidan olish mumkin?

    77. YaMR va strukturaviy taxlil uslublari yordamida olingan nuklein kislotalarning 3D strukturasini qaysi ma’lumotlpr bazasidan olish mumkin?

    78. Maqolalar, patentlar va kitoblar ma’lumotlar bazasini ko’rsating:

    79. Rentgenstrukturaviy taxlil uslublari yordamida olingan kichik molekulyar massali organik moddalarning va ularning ayrim metallar bilan komplekslarining 3D strukturasini qaysi ma’lumotlpr bazasidan olish mumkin?

    80. Dori-darmonlarni kompyuter da modellashtirishda ishlatiladigan “retseptor qism” termini nimani anglatadi?

    81. Dori-darmon kompyuter modellashtirishda ishlatiladigan “ligand” termini nimagi anglatadi?

    82. Dori-darmonlarni kompyuter yordamida modellashtirishda ishlatiladigan uslublarni ko’rsating:

    83. Erituvchidagi eritilgan moddaning molekula xarakatini o’rganish uchun ishlatiladigan uslubni ko’rsatin:

    84. Yuzdan ortiq Aconitum va Delphinium alkaloidlari berilgan va ularning antiaritimik faolligi aniqlangan. Yangi xosilalarni faolligini nazariy aniqlab beruvchi uslubni tanlang.

    85. Minglab moddalarning biomakromolekula bilan nazariy bog’lanishiga asoslanib tezkor virtual skrining o’tqazadigan uslubni aniqlang.

    86. Metal kompleks birikmalarining o’rganilishi uchun ishlatiladigan yarimempirik uslubini ko’rsating:

    87. HyperChem dasturida mavjud bo’lgan polipeptidlarni chizishda yordam beradigan ma’lumotlar bazasi ko’rsating:

    88. HyperChem dasturida kerakli bo’lgan uslubni tanlashda ishlatiladigan ro’yxat nomini ko’rsating:

    89. HyperChem dasturida moddalar strukturasini chizish uchun ishlatiladigan menyu nomini ko’rsating:

    90. HyperChem dasturida ro’yxatdagi Select vazifasi:

    91. HyperChem dasturida ro’yxatdagi Edit vazifasi:

    92. HyperChem dasturida ro’yxatdagi Compute vazifasi:

    93. Labels ro’yxatdagi atom zaryadlarini chiqazib beradigan maьlumotnomani ko’rsating:

    94. Labels ro’yxatdagi atom nomerlarini chiqazib beradigan maьlumotnomani ko’rsating:

    95. Labels ro’yxatdagi atom zmassalarini chiqazib beradigan maьlumotnomani ko’rsating:

    96. Build ro’yxatdagi Default element vazifasi:

    97. Build ro’yxatdagi Add Hydrogens vazifasi:

    98. HyperChem dasturida chiqish faylini yozib beradigan File ro’yxatdan kerakli maьlumotnomani tanlang:

    99. Molekulani grafik ko’rinishini o’zgartiradigan Display ro’yxatdan kerakli maьlumotni tanlang:

    100. Display ro’yxatdagi Show Multiple Bonds vazifasini ko’rsating:

    JORIY NAZORAT SAVOLLARI.


    Kimyoviy tadqiqotlarda kompyuterlarni ishlatish

    1.Kimyoviy tadqiqotlarda kompyuterlarni ishlatishning asosiy yo’nalishlari.

    2.Ma'lumot-axborot tizimlari bilan ishlashning asosiy usullari.

    3.Kompyuter sintezining texnologiyasi va usullari.

    4. Kompyuter tizimidagi ish joyi: kompyuter tizimlarining apparat va dasturiy ta'minoti.

    5. Kimyoviy matnlar muxarrirlari bilan ishlash usullari.


    Kuch maydonlari yordamida molekulyar modellash qoidalari mexanika metodlari – MM ).

    1. Kuch maydonlarining potentsial funktsiyalari turlari.

    2. Molekulyar mexnika usullarida parametrlanish qoidalari.

    3. Kimyoviy tuzilish muxarrirlari bilan ishlash qoidalari.


    Molekulyar mexanika usullarida ishlash qoidalari

    1. Molekula geometriyasini ?isoblash uchun vazifani rasmiylashtirish va uning tuzilishi.

    2. MM2 usullarida molekula geometriyasini tasvirlash qoidalari.

    3. Dastur ishini boshqarish uchun asosiy malumotlar .


    Molekulyar mexanika dasturi qaytnomalari bilan ishlash

    1. Molekula geometriyasini optimallashtirish va dastur ishini nazorat qilish.

    2. MMR2 dastur qaydnomalari bilan ishlash qoidalari va strukturasi.

    3. Molekulyar mexanika usullari yordamida ?isoblanadigan molekulalarning fizik-kimyoviy parametrlari.


    Kvant kimyosining empirik bo’lmagan va yarimempirik usullarda ishlash uchun asosiy qoidalari

    1. Kvant mexanika postulatlari.

    2. Statsionar masala uchun Shredinger tenglamasining yechimi:

    - Ritts variatsion usuli.

    - ozish nazariyasi usullari.

    3. Vodorod simon atomlar uchun kvant sonlarni aniqlash.

    4. Molekula tuzilishini xisoblashning xususiyati, Born-Oppengeymer yaqinlashishi.

    5. Rutaan tenglamalari va ular yechimi – kanonik molekulyar orbitallar - MO.


    Rutaan tenglamalarini yaxlitli yechishning yarimempirik usullari

    1. Yarimempirik usullar va ularning xususiyatlari, kengaytirilgan Xyukkel usuli (RMX), CNDO, MINDO, MNDO, AM1, PM3.

    2. Z-matritsalari yordamida molekula geometriyasini tasvirlash.

    2. Kimyoviy traektoriyalarni xisoblash.


    Xartri-Foka yaqinlashtirishidagi empirik bo’lmagan hisoblash usullari.

    1. Cheklangan va cheklanmagan Xartri-Fok usullari.

    2. Konfiguratsion ta'sirlashishni yaqinlashtirishda ?isoblash usullari.

    3. ab initio usullaridagi asosiy funktsiyalar tuplami.


    Molekulyar modellash masalalarini yechish usullari

    1. Tasvirlangan geometriya ?olatida masalalarni yechish (single point).

    2. Geometriya optimallashtirish bo’yicha masalalar.

    3. Kimyoviy traektoriyalar va oraliq ?olatlarni qidirish.

    4. Molekulalarning spektral va boshqa fizik-kimyoviy parametrlarini modellash.

    5. Molekulalar parametrlarini ?isoblashning dinamik usullari.

    6. Molekulalarning mumkin bo’lgan kimyoviy faolligini analiz qilish.

    7. Kimyoviy reaktsiyalarni modellash.

    8. Masalalarni yarimempirik usullar yordamida amaliy yechilishi
    Vazifa tuzish va dastur malumotini tanlash

    Dastur ishini nazorat qilish.

    Hisoblash qaydnomalarni analiz qilish:


    1. molekulalarning geometrik parametrlari.

    2. molekulalarning energetik parametrlari.

    3. molekulalarning zaryad tavsiflari

    4. kimyoviy bo?larning strukturasi.

    5. molekulyar orbitallar tuzilishi.

    6. kimyoviy bo?larning energetik tavsiflarini

    7. molekulalarning (-elektron sistemasini analiz qilish.

    8. lokallashgan molekulyar orbitallarni o’rganish.

    Molekulyar modellash usullarini solishtirish va amaliy kimyoviy masalalarni hisoblash strategiyasi.

    1. Molekulyar modellash usullarinig nisbiy tavsiflari

    2. Amaliy kimyoviy masalani yechish usulini tanlash qoidalari .


    Yangi dorivor preparatlarni ratsional kompyuterli konstruktsiyalash usullari

    1. Dorivor preparatlarni ratsional qidirishning va yaratishning asosiy fazalari. Lider-birikma va uni qidirish strategiyalari.

    2. Klassik QSAR. Deskriptorlar to’?risida umumiy tushuncha: topologik, kvant-kimyoviy, fizik-kimyoviy.

    3. “Tuzilish-faollik” modellari yordamida optimal tuzilishlari tanlash.

    4. Molekulyar doking – retseptor tuzilishi to’?risida bilimlarga asoslangan usul. Doking xisoblashlarda ishlatiladigan algoritmlar. «ligand», «retseptor», «retseptor»soxa tushunchalari.
    «Kimyoviy kompyuter modellash» fanidan yakuniy nazorat savollari
    1-VARIANT



    Tayanch iboralar



    Axamiyat beriladigan tomonlari



    1

    kompyuter dasturlari haqida tushuncha.

    Kimyoviy jarayonlarni modellashtirishda matematikaning roli



    kompyuter dasturlari, modelь, matematik modellashtirish, kimyoviy jarayonlarni modellashtirish, matematik modelь.


    2

    Molekulyar mexanika (MM). Atom-atom potentsial funtsiyasi metodi. Molekula to’liq energiyasining matematik ifodasi.

    Matematik modellashtirishda molekulyar mexanika metodi, atom-atom potentsial funtsiyasi metodi, molekula taxlili,

    molekulyar mexanika metodining afzalliklari va kamchiliklari



    3

    Chem Offise elektron sistemasi

    Chem Offise elektron dasturining yaratilish tarixi, mohiyati, Yarim empirik molekulyar orbitallar metodlari.

    2-VARIANT




    Tayanch iboralar



    Axamiyat beriladigan tomonlari



    1

    Personal kompyuter lar, hisoblash texnikasining kimyoviy tadqiqotlarda qo’llanilishi.

    kompyuter , protsessor, monitor, disklar, displey, modem, printer, servis va informatsion sistemalar, modelashtirishda kompyuter ning roli, tadqiqotlarni avtomatlashtirish.

    2

    Molekulyar dinamika usulida moddellashtirish.



    Molekulyar dinamika (MD) metodi, MD usulida moddellashtirish, Sonli eksperimentlar, Molekulyar-dinamik eksperimentlar, MD metodi tenglamasi, Ergodik ginoteza, Broun dinamikasi metodi.

    3

    MORAS dasturi

    MORAS dasturi moxiyati, vazifasi, S2 simmetriyali metilen guruxini MORAS programmasi bo’yicha xisblash uchun kompyuter da ma’lumotlarni kiritish varianti, olingan natijalarni taqqoslash

    3-VARIANT




    Tayanch iboralar



    Axamiyat beriladigan tomonlari



    1

    Kimyoviy jarayonlarni modellashtirish usullari. Stoxastik, stastik va determinantlangan modellar

    Fizik modellashtirish, matematik modellashtirish, stoxastik model, stastik model, determinantlangan model


    2

    Kimyoviy bog’lanish modellari

    Ion bog’lanish va kovalent bog’lanish nazariyalari, Ionlar uzaro ta’sir energiyasi matematik ifodasi, Ionli kristall panjaralarining turlari, Modelung konstantasi, Born-Lande tenglamasi, Born-Gaber tsikli

    3

    Kimyoviy kompyuter dasturlari

    ShimWin dasturi, Chimix dasturi, animatsion mulьtimediyali elektron sistemalar, ISIS dasturi, HyperChem dasturi, Gaussian dasturi, virtual kimyoviy laboratoriyalar

    Tuzuvchi: M.Muradov


    TEST TOPSHIRIQLARI

    №1


    Birinchi marotaba kompyuter qachon ishlab chiqilgan?

    1942

    1952

    1972

    1962

    №2


    Ilk kompyuterlarning ma’lumot tashuvchi vositasi qanday atalgan?

    Perfokarta

    Magnit lenta

    Kompakt disk

    Magnit disk

    №3


    Kompyuterda xisob-kitob ishlarini olib borish uchun yetarli bo’lgan va asosiy qismlari keltirilgan qatorni ko’rsating.

    Klaviatura, protsessor, monitor

    Klaviatura, printer, monitor

    Klaviatura, vinchester, monitor

    Vinchester, disk, klaviatura

    №4


    Kuch maydonlari ishlatiladigan uslubni ko’rsating

    Molekulyar Mexanika

    Ab initio

    yarim empirik uslublari

    Kimyoviy traektoriyalar xisobi

    №5


    Telefon tarmog’i orqali kompyuterlar orasida informatsiya almashinish vositasi…..

    Modem

    Skaner

    Intranet

    Internet

    №6


    Kompyuterlarni kimyoviy tadqiqotlarda jadal qo’llanilishi qaysi yillardan boshlangan

    1975

    1985

    1980

    1990

    №7


    Kompyuterlarni kimyoviy tadqiqotlarda (modellashda) qo’llash uchun kimyo tadqiqot­chisiga qo’yiladigan talablar qaysi qatorda to’g’ri ifodalangan

    Matematikani yaxshi bilishi

    Kimyoviy xisob-kitoblarni avtomatlashtirishni bilishi.

    Kimyo qoidalarini matematik rejalashni bilishi

    1. Matematik qoidalarni kimyoviy rejalashni bilishi

    №8


    Quyida keltirilgan omillarning qaysi biri kompyuterlarni kimyoviy tadqiqotlarda qo’llanlish jihati deb keltirilgan?

    Modellash, Avtomatlashtirish, axborot, dasturlash

    Modellash, Avtomatlashtirish, axborot, servis.

    Modemlash, Avtomatlashtirish, axborot, servis

    Modellash, kimyolashtirish, axborot, servis

    №9


    Qaysi qatorda kimyo uchun kompyuter matn redaktorlari to’g’ri ko’rsatilgan

    Alchemy, Windows, Chemlab, Chemoffice

    Chemwin, Isis, Chemlab, MSDOS.

    Chemlexicon, Isis, ChemCab, Chemoffice.

    Chemwin, Isis, Chemlab, Chemoffice

    №10


    Molekulyar sistemaning sterik zo’riqishi tushunchasi qaysi modellash usuliga tegishli

    Molekulyar orbitallar usuli.

    Molekulyar mexanika

    Kuch maydonlari usuli

    Kvant kimyosi usuli

    №11


    Atomlar zaryadining o’zaro ta’sirini va qutblangan bog’larning o’zaro dipol-dipol ta’sirini hisobga oluvchi matematik modellash usulini ko’rsating

    Molekulyar orbitallar usuli

    Molekulyar mexanika

    Yarim esperik usuli

    Kuch maydonlari usuli

    №12


    Molekulyar mexanika usuli bo’yicha Elendjer dasturi birinchi marta qachon e’lon qilingan

    1977 y

    1982 y

    1987 y

    1985 y

    №13


    ChemDRAW dasturida molekulaning fizik xossalari xaqidagi ma’lumot qaysi menyu tarkibida joylashgan

    View

    Structure

    Edit

    File

    №14


    ChemDRAW dasturida umumiy qo’shimcha panellari xaqidagi ma’lumot qaysi menьyu tarkibida joylashgan?

    View

    Structure

    Edit

    File

    №15


    ChemDRAW dasturida asosiy qo’shimcha panellari xaqidagi ma’lumot qaysi menyu tarkibida joylashgan

    View

    Structure

    Edit

    File

    №16


    ChemDRAW dasturida molekulaning 13 S bo’yicha parametrlari xaqidagi ma’lumot qaysi menyu tarkibida joylashgan?

    Structure

    View

    Edit

    File

    №17


    ChemDRAW dasturida molekulaning 3D modelini yaratish qaysi menьyu tarkibida joylashgan

    Edit

    Structure

    View

    File

    №18


    ChemDRAW dasturida molekulaning nomlash xaqidagi ma’lumot qaysi menyu tarkibida joylashgan

    Structure

    View

    Edit

    File

    №19


    Molekulyar mexanika yoki boshqa modellash usullari uchun kimyo matnini yozishda qo’llaniladigan dasturlar paketi keltirilgan qatorni ko’rsating?

    Alchemy, Desktopmodeling, Hyperchem

    Hyperchem, Chemoffice, Lexicon

    PCM, Hyperchem, MSDOS

    Desktopmodeling, PCM, WD

    №20


    MOPAC dasturida lokalizatsion orbitallarni xisobi kalit so’zi

    LOKALISE

    RESTART

    PRICISE

    BONES

    №21


    Kimyoviy moddalarni matematik modellashning molekulyar mexanika usulini kamchiligini aniqlang

    Molekulaning elektron tuzilishi haqida ma’lumotni sekin berishi

    Faqat 100 gacha bo’lgan atomli molekulani modellashi

    Molekulaning elektron tuzilishi haqida ma’lumot bera olmaydi

    Faqat 1000 gacha bo’lgan atomli molekulani modellashi

    №22


    SHredinger tenglamasi matematik modellashning qaysi usulida markaziy o’rin tutadi?

    Kvant kimyosi usuli

    Yarim esperik usuli

    Molekulyar mexanika

    Kuch maydonlari usuli

    №23


    Yarim emperik usullarni ab initio uslublariga nisbatan afzalligini ko’rsating

    Tezkorligi

    Aniqligi

    Energetik parametrlar xisobi

    Molekulaning elektrostatik parametrlari

    №24


    Kovalent bog’larning kvant mexanik nazariyasini rivojlantirgan olimlarni aniqlang

    SHredinger va Laplas

    Geytler va London

    Boyl va Mariot

    Geytler va Bor

    №25


    Klassik molekulyar orbitallar usuli bo’yicha hisoblash quyida keltirilgan qaysi usulga mansub

    Emperik usuli

    Yarimemperik usul

    Noemperik (ab inito)

    Kvantkimyoviy usul

    №26


    Molekulyar orbitallar usuli yordamida modellashda qanday kamchilik belgilangan.

    Hisoblashlar uchun ko’p vaqt ketishi.

    Hisoblashlar uchun ko’p parametrlar talab etilishi

    MO usuli emperik bo’lgani uchun

    Faqat molekulalarga tegishli orbitallar bilan ishlagani uchun

    №27


    Z-matritsada ishlatiladigan parametrlarni ko’rsating?

    Atomlararo masofa, valent va torsion burchaklar

    dekart koordinatalar

    sfera koordinatalari

    kordinatalar markazidagi masofa

    №28


    Molekulalar tuzilishini modellashtirishing qaysi usullari bor

    Molekulyar mexanika, yarim emperik, emperikmas

    Molekulyar mexanika, yarim emperik, statistik

    Molekulyar mexanika, emperikmas, statistik

    Yarim emperik, emperikmas, statistik

    №29


    Ushbu bog’langan atomlar ro’yxati qaysi modda tuzilishini ifodalaydi: 1 – 2 – 3 – 4 – 5 – 6 - 1

    TSiklogeksan

    Metiltsiklopentan

    Dimetiltsi-klobutan

    Geksan

    №30


    To’lqin funktsiyasi () qaysi ma’noni bildiradi

    Elektronning atomdagi taqsimotini

    Molekulada elektronning o’yg’ongan holatini

    Kimyoviy bog’ning kovalenligini

    Elektronning yadroga tadbiqini

    №31


    To’liq gibridlanish nazariyasiga ko’ra NH3 molekulasi qanday gibridlaishga ega

    sp3

    sp2

    sp

    dsp

    №32


    Molekula konfiguratsiyasini qaysi omillarga asosan aniqlash mumkin

    Atomlar elektron bulutlarining tuzilishi va shakli

    Moddaning tuzilishi va zichligi

    Bog’ning takrorliligi va bog’ energiyasi

    Gibridlanish va elektr o’tkazuvchanlik

    №33


    1,2-dixloretanning qaysi shakli – tsis yoki trans izomeri qutbsiz?

    Trans shakli

    TSis shakli

    Trans shakli tsis shakliga qaraganda qutbli

    TSis va trans shakli

    №34


    Qaysi zarrachaning barqarorligi yuqori ?



    He2

    Har ikkala zarrachaning barqarorigi bir xil

    Zarrachalarning barqarorligi ishonchli farq qilmaydi

    №35


    NO molekulasidagi bog’lar tartibini aniqlang

    3

    2.5

    2

    3.5

    №36


    ChemOffice dasturlar majmuasining CS ChemDraw dastri nima uchun mo’ljallangan ?

    Kimyoviy formulalar redaktori

    Kimyoviy birikmalar ma’lumotlari bankini tuzish, muxarirlash va boshqarish uchun

    Kimyoviy birikmalarni vizuallashtirish, kompyuterda modellesh va hisoblashlar uchun

    Jadval ma’lumotlarini ko’rish va muxarirlash uchun

    №37


    ChemOffice dasturlar majmuasining CS Chem3D dastri nima uchun mo’ljallangan ?

    Kimyoviy birikmalarni vizuallashtirish, kompyuterda modellesh va hisoblashlar uchun

    Kimyoviy formulalar redaktori

    Kimyoviy birikmalar ma’lumotlari bankini tuzish, muxarirlash va boshqarish uchun

    Jadval ma’lumotlarini ko’rish va muxarirlash uchun

    №38


    Berilgan uslublardan molekulyar mexanikaga tegishligini ko’rsating

    MP2

    MNDO

    B3LYP

    AMBER

    №39


    MOPAC dasturlar majmuasida qaysi usuldagi hisoblashlar amalga oshiriladi ?

    Emperikmas

    Yarim emperik

    Molekulyar mexanik

    Statistik

    №40


    MM dasturlar majmuasida qaysi usuldagi hisoblashlar amalga oshiriladi ?

    Molekulyar mexanik

    Emperikmas

    Yarim emperik

    Statistik

    №41


    molekulasi qaysi bog’lardan iborat va markaziy atomning gibridlanishi qanday ?

    Ion, qutbli kovalent, donor-aktseptor, sp2

    Ion, kutbsiz

    Ion, donor-aktseptor, sp2

    Metall, ion, qutbli kovalent, donor-aktseptor, sp2

    №42


    GAUSSIAN dasturlar majmuasida qaysi usuldagi hisoblashlar amalga oshiriladi ?

    Emperikmas

    Yarim emperik

    Molekulyar mexanik

    Statistik

    №43

    molekulasi qaysi bog’lardan iborat va markaziy atomning gibridlanishi qanday ?

    Ion, qutbli kovalent, sp3

    Qutbli kovalent, donor-aktseptor, sp3

    Ion, vodorod, sp3

    Ion, qutbli kovalent, donor-aktseptor, sp3

    №44


    molekulasi markaziy atomining gibridlanish tipi qanday ?

    sp3

    sp2

    sp

    sp3d

    №45


    Yarim emperik usullarni ab initio uslublariga nisbatan afzalligini ko’rsating

    Tezkorligi

    Aniqligi

    Energetik parametrlar xisobi

    Molekulaning elektrostatik parametrlari

    №46


    Cterokimyoviy deb xisoblanmaydigan parametrlarni ko’rsating

    Zaryad

    Bog’ uzunligi

    Valent burchak

    Torsion burchak

    №47


    Qanday ta’sirlashuvlarni inobatga olish uchun MR2 uslubi kashf etilgan

    Korrelyatsion ta’sirlashuv

    Kinetik energiya

    Elektronlararo Kulon ta’sirlashuv

    O’zaro almashinuv ta’sirlashuv

    №48


    Ushbu molekulada uglerod atomlarining gibridlanish turini belgilang

    1-sp2; 2-sp2; 3-sp3; 4-sp2; 5-sp2; 6-sp3

    1-sp; 2-sp; 3-sp2; 4-sp2; 5-sp2; 6-sp3

    1-sp; 2-sp; 3-sp2; 4-sp2; 5-sp2; 6-sp3

    1-sp2; 2-sp; 3-sp; 4-sp3; 5-sp3; 6-sp3

    №49


    CH3-CH3 molekulasining turini aniqlang

    sp3

    dsp3

    sp2

    dsp2

    №50


    Matematik usuldan foydalanib moddalarning kanday xossalarini oldindan aytish mumkin?

    reaktsion kobiliyatini, kimeviy tuzilishini, olinishini

    kimeviy tuzilishini va fizik xossalarini

    Olinishini va ishlatilishi

    reaktsion kobiliyatini



    Download 14.25 Mb.
    1   ...   15   16   17   18   19   20   21   22   23




    Download 14.25 Mb.

    Bosh sahifa
    Aloqalar

        Bosh sahifa



    Kimyoviy kompyuter modellash

    Download 14.25 Mb.