Kimyoviy kompyuter modellash




Download 14.25 Mb.
bet8/23
Sana23.12.2019
Hajmi14.25 Mb.
1   ...   4   5   6   7   8   9   10   11   ...   23

koordinatalari.

Suv molekulasini Mopac va Firefly programmalarida muqobillash uchun input fayllar tayyorlandi:





Ikkala programmada ham muqobillash jarayonida atom koordinatalari z-o’qiga nisbatan o’zgartirildi.



Muqobillashning asosiy maqsadi potensial energetik sathda (PES) geometriyaning eng minimal (global minimum) holatini topishdan iborat. Hisoblash a nuqtadan boshlansa muqobillash lokal minimum holatida to’xtaydi. Undan tashqari yashirin minimum -b nuqtalarda ham to’xtashi mumkin. Suning uchun hisoblashlarda muqobillash algoritmini va muqobillash uchun RMS gradient normasi (GNorm) kattaligini tanlash muhim ahamiyat kasb qiladi.

. Potensial energetik sath.

Kompyuter kimyosida “kvazi-Nyuton”, “GDIIS”, “conjugate gradient” va boshqa usullarga asoslangan muqobillash algoritmlari mavjud. Har bir hisoblash majmuasida maqbul topilgan, qo’llash tavsiya qilinadigan algoritmlar mavjud.

Hisoblash programmalaridagi mavjud bo’lgan muqobillash algoritmlari va jarayonlariga to’xtalamiz.



WinMopac 7.21 programmasida A deb belgilangan qismidan hisoblashlar uchun algoritmlar tanlash mumkin. Undan tashqari DFP ham algoritm hisoblanadi.

Mopac qo’llanmasidan yoki sichqonchani A qismga olib borish orqali quyidagilarni olish mumkin: SIGMA-Minimize gradients using SIGMA (SIGMA yordamida gradientni qisqartirish); EF- use EF routine for minimum seach (minimum holatni topish uchun EF algoritmini qo’llash); NLLSQ - Minimize gradients using NLLSQ (NLLSQ yordamida gradientni qisqartirish); BFGS - use BFGS routine for minimum seach (minimum holatni toppish uchun BFGS algoritmini qo’llash). SIGMA - A. Komornicki va J.W. McIver tomonidan (1971 yilda) taklif qilingan muqobillash algoritmi. EF 1986 yilda J. Baker tomonidan o’tish holatini izlash algoritmi sifatida taklif qilingan. NLLSQ (Non-Linear Least Squares-Chiziqli bo’lmagan eng kichik kvadrat) 1972 yilda R. H. Bartels tomonidan taklif qilingan algoritm. BFGS algoritmi uni yaratgan olimlar (Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno) nomiga qo’yilgan. Bu algoritm 1970 yilda yaratilgan. DFP (Davidon–Fletcher–Powell) – 1959-1963 yillarda W. C. Davidon, R. Fletcher va M.J.D. Powell tomonidan taklif qilingan kvazinyuton usuliga asoslangan muqobillash algoritmi. Qolgan algoritmlar ham kvazinyuton usuliga asoslangan. WinMopac 7.21 usulida kalit so’zlar qatorida algoritm ko’rsatilmagan holatlarda, yani avtomatik muqobillash usuli sifatida BFGS tanlangan. Mopac 2012 dasturida esa EF algoritmi tanlangan.



Hyperchem programmasida MM, yarim empirik va noempirik usullarda muqobillash uchun 6-ta algoritm kiritilgan. Quyidagi rasmda MM usulida muqobillash mumkin bo’lgan algoritmlar faol holatda ko’rsatilgan.


Yarim empirik va noempirik muqobillash uchun ko’zda tutilgan algoritmlar quyidagi rasmda keltirilgan:

Hyperchem yaratuvchilari tomonidan Polak-Ribiere algoritmi ushbu programmalar majmuasidagi eng maqbul algoritm sifatida e’tirof etilgan. HyperChem programmasida muqobillash aniqligi RMS (Root Mean Square – o’rtacha kvadratik farq) gradientiga bog’liq. RMS qanchalik kichik bo’lsa hisoblash aniqligi shuncha yuqori bo’ladi. Odatda, RMS=0.01 olinadi. Sikllar soni muvofiqlash siklining sonini ifodalaydi. Muqobillashning oxiriga yetmasdan to’xtab qolmasligi uchun sikl sonini ko’proq (masalan, 1000) k’orsatgan maqsadga muvofiqdir.



Download 14.25 Mb.
1   ...   4   5   6   7   8   9   10   11   ...   23




Download 14.25 Mb.

Bosh sahifa
Aloqalar

    Bosh sahifa



Kimyoviy kompyuter modellash

Download 14.25 Mb.