|
1-Laboratoriya ishi
|
| Sana | 25.04.2023 | | Hajmi | 27.91 Kb. | | #53586 |
Bog'liq Bioxilma-xillikni saqlash masalalari. Reja, Tat, Makroiqtisodiyot tahlili va pragnozlash, Nizomiy nomidagi toshkent davlat, MENGA JUDA ZARUR, курс иши баённомаси (1), ЮТУҚЛАР РЎЙХАТИ , 4-kurslarga buyruqdan ko\'chirma (5), Andijon davlat universiteti rektori, METHODOLOGY GUIDE, iqtisodda tezis, 11-sinf darslik 2018, sintaktik aloqa, pratsedura, foydalanuvchim prat va funk
1-Laboratoriya ishi
Ushbu ishning maqsadi talabani Internetdagi ikkita eng muhim ma'lumotlar bazasi - GenBank bilan tanishtirishdir
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html), Genlar va Genomlar Ma'lumotlar Bazasi va Protein Ma'lumotlar banki (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) - baza biologik makromolekulalarning ma'lumotlar tuzilmalari.
Ushbu ishni bajarayotganda talaba quyidagilarni o'rganishi va o'zlashtirishi kerak.
1. Nukleotidlar ketma-ketligini nom bo'yicha izlang
ma'lum bir protein;
2. Muayyan protein haqida ilmiy maqolalarni qidirish;
3. Oqsilning 3D tuzilishini tavsiflovchi faylni oling;
4. 3D-brauzer yordamida oqsilning uchinchi darajali tuzilishini o'rganish.
NCBI-da ENTREZ avtomobili
AQSh Milliy Biotexnologik Axborot Markazi (NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) GenBank ma'lumotlar bazasini genlar va genomik ketma-ketliklar uchun saqlaydi. Ushbu veb-server ularni boshqa ma'lumotlar bazalari va manbalariga, shu jumladan Milliy tibbiyot kutubxonasiga http://www.nlm.nih.gov/ ulaydi va GenBank qidiruv dasturiy ta'minot to'plamini taqdim etadi - BLAST
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Ushbu server professional tarzda ishlab chiqarilgan va saqlanib qolgan. Kirish bepul va xodimlar hatto texnik savollarga javob berishadi. Bu bioinformatika ma'lumotlarini qidirishni boshlash uchun Internetdagi eng yaxshi joy.
a) Veb-brauzerda http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez URL manzilini oching. Biz serverda faqat bitta bo'limdan foydalanamiz (va unga to'g'ridan-to'g'ri kirish imkoniyatiga ega bo'lishimizga) qaramay, uning miqyosini baholash uchun bir necha daqiqa vaqtni saytning bosh sahifasini ko'rib chiqishga arziydi.
b) Entrez havolasini bosing. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Sizni yangilangan Entrez sahifasiga olib borasiz (frantsuzcha "enter", "awntray" deb talaffuz qilinadi). Ushbu sahifada bir vaqtning o'zida bir nechta ma'lumotlar bazalarini qidirishingiz mumkin. Ushbu mashq uchun biz energiya ishlab chiqarishda muhim rol o'ynaydigan izotsitrat dehidrogenaza fermenti bilan qiziqamiz. Ushbu oqsilni kodlovchi genni ichak bakteriyasi, ichak tayoqchasida qidiramiz. Biz bakteriyalar oqsilini va tegishli sutemizuvchilar oqsilini taqqoslaymiz.
с) Entrez havolasini bosing. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Sizni yangilagan Entrez sahifasiga olib borasiz (frantsuzcha "enter", "awntray" deb talaffuz qilinishi mumkin). Ushbu sahifada ishlashni boshqarish bo'yicha bir qator ma'lumotlar bazalarini qidirish mumkin. Birinchi mashq uchun biz energiya ishlab chiqarishda muhim rol o'ynaydigan izotsitrat dehidrogenaza fermenti bilan qiziqamiz. Ichki oqsilni kodlovchi genni ichak bakteriyasi, ichak tayoqchasida qidiramiz. Biz bakteriyalar oqsilini va xizmat ko'rsatuvchi sutemizuvchilarni oqsilini taqqoslaymiz.
d) Entrez havolasini bosing. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Sizni yangilagan Entrez sahifasiga olib borasiz (frantsuzcha "enter", "awntray" deb talaffuz qilish mumkin). Ushbu sahifada ishlashni boshqarish bo'yicha bir qator ma'lumotlar bazalarini qidirish mumkin. Birinchi mashq uchun biz energiya ishlab chiqarishda muhim rol o'ynaydigan izotsitrat dehidrogenaza fermenti bilan qiziqamiz. Ichki oqsilni kodlovchi genni ichak bakteriyasi, ichak tayoqchasida qidiramiz. Biz bakteriyalar oqsilini va xizmat ko'rsatuvchi sutemizuvchilarni oqsilini taqqoslaymiz.
e) qidiruv maydoniga "izotsitrat dehidrogenaza" dan keyin "va E coli" ni qo'shing.
f) Izlashni bosing. Siz ikkita natijalar bilan qidiruv sahifasiga qaytasiz, ikkinchisi bizga kerak bo'lgan narsadir.
g) Kirish raqamini bosing - J02799. Siz GenBank-ning standart sahifasiga hujjatlar va havolalar bilan DNK ketma-ketligini olib borasiz. Ushbu havolalarga keyinroq qaytamiz, lekin avval faylni dasturlarda ishlatilishini tekshirish uchun uning tarkibida to'g'ri matn borligiga ishonch hosil qilishimiz kerak.
h) Yuborish bilan boshlanadigan ochiladigan menyudan Matn parametrini tanlang. Bu havolasiz oddiy matnli sahifani yaratadi.
i) Brauzerning Fayl menyusidan Saqlash-ni tanlang va sahifani J02799.gbk sifatida saqlang. Nozikligi shundaki, ushbu faylda faqat ASCII matni bo'lsa ham, Unix formatida. Chiziqning oxirini bildiruvchi ASCII belgisi Unix, PC va Mac platformalarida farq qiladi.
j) Birinchi qator bizga ketma-ketlikning uzunligi 1568 bp (tayanch juftliklari) va ketma-ketligi DNK ekanligini ko'rsatadi. Ketma-ketlikning o'zi ORIGIN chizig'i bilan boshlanadi. Ushbu qator GenBank fayllarini ochishda ko'rsatkich sifatida ishlatilishi mumkin.
k) XUSUSIYYATLARNI quyidagi chiziqli chiziqlarga qarasangiz, CD disklarni ko'rasiz. Bu kodlash ketma-ketligining joylashishi va genning oqsilga aylangan qismini o'z ichiga oladi - 291-1541 nukleotidlari. Nega barcha genetik ma'lumotlar oqsilli aminokislotalarga tarjima qilinmaydi, ma'ruzalarda tushuntiriladi. Bu DNK ketma-ketligini tahlil qilish uchun amaliy ahamiyatga ega. Ilmiy maqolalar olish Amaliy olimlar ko'pincha ma'lumotlar bazalaridan yuklab olgan ketma-ketliklar bilan bog'liq ishlarga muhtoj. NCBI-server Milliy tibbiyot kutubxonasidagi (MLM) mavhum maqolalarga va ko'pincha asl nusxalarining pdf versiyalariga havolalar beradi. NLM, albatta, DNK va oqsillar ketma-ketligidan ko'proq narsani tavsiflovchi maqolalarning tezislarini o'z ichiga oladi. Ularning barchasiga PubMed mashinasi orqali NCBI-dan foydalanish mumkin.
HTML havolalari bilan ketma-ketlik sahifasiga qaytish (brauzerning Orqaga qaytish tugmasi).
PUBMED raqamini bosing (3112144). Bu sizni asl maqolaga havolasi bo'lgan sahifaga olib boradi, u erdan jurnal veb-saytiga kirishingiz, maqolani Pdf fayli sifatida yuklab olishingiz mumkin.
|
| |
