İçerik
Tanım 2
Agaroz jel elektroforezi için gerekli malzemeler 3
Agaroz jel elektroforez metodu 4
Jel hazırlama 4
Hazırlanan jelin yürütülmesi 7
Jel görüntüleme 8
TANIM
Ayırıcı bir matriks olan agaroz jel içerisinde elektriksel alana maruz bırakılan, DNA veya RNA parçalarının büyüklüklerine göre ayrıştırılmasına denir. Nükleik asit fragmentlerinin tanımlanması, saflaştırılması ve ayrılması için kullanılan en yaygın yöntem agaroz jel elektroforezidir. Ayırıcı matriks olan agaroz jeli agaroz ve tampondan oluşmaktadır. Bu yöntem kullanılarak PCR ürünlerinin, izole edilen DNA’ların, restriksiyon enzim kesimi sonucu oluşan ürünlerin, sekans işlemi için hazırlanan ürünlerin boyutlarının kontrolü ve yoğunluğu belirlenebilmektedir.
DENEY İÇİN GEREKLİ OLAN MALZEMELER
a. Agaroz
Ticari olarak bulunur. Kırmızı alglerden izole edilir.
b. 10X TBE (Tris-Borate electrophoresis buffer) YADA
108 g Tris baz [tris(hydroxymethyl)aminomethane] + 55 g borik asit + 7.5 g
EDTA, disodium tuz
c. 10X TAE (Tris-Acetate-EDTA)
48.4 g Trizma baz + 20 ml 0.5 M EDTA pH 8.0 + 11.44 ml glasial asetik asit
d. Jel yükleme boyası
50 mM EDTA + 0.2% SDS + 50% gliserol + 0.05% w/v bromfenol mavisi
e. DNA standardı
Boyutları ve yoğunlukları bilinen DNA fragmanlarıdır. Moleküler belirteç
olarak kullanılır.
f. Etidyum bromür (EtBr) (5 mg/ml)
DNA sarmal yapısına bağlanarak jelde yürüyen DNA’nın görüntülenmesini
sağlar.
g. Elektroforez ekipmanları
Jel dökme standı
Taraklar
Agaroz jel kuyusu oluşturmak için
Yürütme tankı
Güç kaynağı
DENEYİN YAPILIŞI
1. Agaroz jel hazırlanması
a. %0.8’lik agaroz jel hazırlamak için 0.4 gram agaroz tartılarak 50 ml 1X TAE
veya 1X TBE içerisine konulur.
 
b. Mikrodalga fırında agaroz tamamen eriyene kadar kaynatılır.
c. Elle dokunulabilir sıcaklığa gelinceye kadar sogutulur ve içerisine son
konsantrasyonu 0.5 μg/ml olacak şekilde etidyum bromür eklenir.
d. Kabarcıkların oluşmamasına dikkat ederek karıştırılır.
2. Jel dökme standının hazırlanması.
a. Jel tarakları elektroforez tankında uygun yerlere yerleştirilir.
b. 3-5 mm kalınlığında bir jel dökülür.
c. Jelde hava kabarcığı olmamasına dikkat edilir. Eğer hava kabarcığı varsa
mikropipet ucu ile uzaklaştırılır
d. Tamamen donduktan sonra taraklar kuyucukların bozulmamasına özen
gösterilerek çıkartılır ve jel içerisinde 1X TAE veya 1X TBE bulunan tanka
aktarılır.
e. Tampon çözeltisinin agaroz jeli 1mm geçmesi yeterlidir.
3. Örneklerin agaroz jel kuyularına yüklenmesi
 
-
İlk kuyuya DNA standartı yüklenir.
b. Diğer kuyulara örnekler yükleme boyası ile karıştırılarak yüklenir.
4. Elektrotların uçları doğru şekilde yerleştirilir. Voltaj 1-5 V/cm olacak şekilde
hesaplanır.
5. Yükleme boyası jelin 2/3’ükadar yürüdüğünde yürütme durdurulur.
6. Jel transiluminatör cihazı açılarak UV ışığında yürütülen DNA gözlemlenir.
 
| 
