|
AutoDock dasturida ishlash Reja
|
| Sana | 26.02.2024 | | Hajmi | 24.22 Kb. | | #162516 |
Bog'liq AutoDock dasturida ishlash 7-maruza, Asal, 2021 Itimoiy ish 16 aIshchi Dastur — копия 10 — копия, 17-Amaliy mashgulot, 6-ma\'ruza. Furyе qatоrining yaqinlashishi, Antarktda, Magnitomexanik hodisalar, 1.8, Abdulahad Muhammadjonov. Qadimgi Buxoro (2001), yillik hisobot rasmsiz, Oqsillar, Stajirovka rejasi 2-илова, file (2), Ekinlarni sug\'orish asoslari (Z.Artukmetov), Sanoq sistemalar Reja:
1 AutoDock dasturi haqida umumiy ma’lumot
2.Autlock dasturining ishlash mexanizmi
AutoDock - avtomatlashtirilgan molekulyar docking uchun mo'ljallangan dasturiy ta'minot to'plami. Asosan oqsil-ligand o'rnatish uchun ishlatilad qoldiqlarini hisobga olgan holda. Autodock shuningdek oqsilning faol joyi noma'lum bo'lsa, "ko'r o'rnatish" uchun ham ishlatiladi.
AutoDock- bu kichik molekulalarning ma'lum tuzilishdagi oqsillar bilan bog'lanishini taxmin qilish imkonini beruvchi dasturiy paketlardan biri. Hozirgi AutoDock distributivlari ikki avlod dasturiy ta'minotini o'z ichiga oladi.Birinchi versiyadan boshlab, Autodock 2 ta dasturning birikmasidir: Autodock - bu o'rnatishni amalga oshiradigan haqiqiy dastur va Autogri - bu potentsial tarmoqlarni hisoblash imkonini beruvchi dastur .Har bir retseptor uchun (dockingdagi retseptor bu gridlar hisoblangan makromolekula), har bir turdagi atom uchun potentsial to'rlarni bir marta hisoblash kifoya qiladi, bu sizga ushbu atomlardan (ligand) tashkil topgan har qanday ligand uchun hisob-kitoblarni amalga oshirish imkonini beradi. docking - bu kichik molekula bo'lib, uning o'zgarishi mumkin bo'lgan pozitsiya va konformasyon). 2006 yilda AutoDock eng ko'p iqtibos keltiriladigan docking dasturi edi.Docking retseptor (docking box) ichidagi kubik maydonda amalga oshiriladi. AutoGrid yordamida retseptor uchun ikkilik fayllar to'plami - potentsial tarmoqlar yaratiladi. Docking qutisiga kiritilgan har bir atom uchun ular ma'lum bir kimyoviy elementning sinov atomi bilan o'zaro ta'sir qilish potentsialini tavsiflaydi. Ushbu elementlarning to'plami docking talab qilinadigan ligandlarning kimyoviy tarkibi bilan belgilanadi. Har bir kimyoviy element uchun 1-2 fayl yaratiladi. Potensialni hisoblash uchun fizik qonunlarga asoslangan yoki empirik yoki aralash ball funksiyasidan foydalaniladi. Dasturning turli versiyalarida baholash funktsiyalari farq qilishi mumkin. Erkin energiyani hisoblash uchun potentsial tarmoqlar ishlatiladi.Ligand, atomlar, aloqalar va zaryadlar to'plamiga qo'shimcha ravishda, dastur doirasida raqamlar to'plami bilan tavsiflanadi - uning o'rnatish qutisidagi holati, barcha faol burilish burchaklarining aylanishi. Autodock bu raqamlarning barcha mumkin bo'lgan kombinatsiyalaridan o'tadi, natijada bo'sh energiya nuqtai nazaridan docking qutisidagi ligandning optimal holatini topadi. Shuning uchun, odatda 10-30 angstromli tomoni bo'lgan kub retseptorning faol markazini o'z ichiga olishi uchun o'rnatish qutisi sifatida tanlanadi. Faol markazdagi barcha mumkin bo'lgan pozitsiyalarni va ligandning barcha konformatsiyalarini to'liq izlash juda ko'p vaqt va resurslarni talab qiladigan ishdir. Jarayonni optimallashtirish uchun Autodock global minimal qidiruv algoritmlaridan foydalanadi: Monte-Karlo , simulyatsiya qilingan tavlanish , genetik algoritmlar : LGA (Lamark genetik algoritmi) .
Ligandlar populyatsiyasi hosil bo'ladi (populyatsiya hajmi foydalanuvchi tomonidan belgilanadi). Har bir ligand o'rnatish qutisida tasodifiy joylashgan, tasodifiy konformatsiyaga ega va tarjima , orientatsion va konformatsion raqamlar to'plami bilan tavsiflanadi .
Aholining har bir elementi uchun erkin energiya hisoblanadi. U retseptorning ligand bilan molekulalararo o'zaro ta'siri energiyasini va ligandning molekula ichidagi energiyasini o'z ichiga oladi.
Reproduksiya bosqichi. Har bir element uchun avlodlar soni quyidagi formula bo'yicha hisoblanadi:�=(��−��)/(��−�����) Qayerda� avlodlar soni,��elementning erkin energiyasi,�� eng yomon elementning energiyasi (maksimal),����� o'rtacha energiya.so'ng, har bir element o'rtachadan yaxshiroq proportsional oladi� populyatsiyaga qo'shilgan avlodlar soni.
O'zaro o'tish bosqichi populyatsiyaning ikkita elementi tasodifiy tanlanadi va ularning xarakterli raqamlari qayta birlashtiriladi, ya'ni elementlar ba'zi raqamlarni almashtiradi. Rekombinatsiyalangan juftliklar foizi foydalanuvchi tomonidan belgilanadi.
Mutatsiya bosqichi: elementning xarakterli raqamlariga Koshi taqsimotiga mos keladigan tasodifiy son qo'shiladi .Tarqatish parametrlari va mutatsiyalar foizi foydalanuvchi tomonidan belgilanadi.
Yo'q bo'lib ketish bosqichi: Populyatsiyaning eng yomon elementlari olib tashlanadi. Omon qolganlar soni ham foydalanuvchi tomonidan belgilanadi.
Optimallashtirish bosqichi. Populyatsiyaning har bir elementi mahalliy qidiruv algoritmlari yordamida optimallashtiriladi , masalan, past haroratli tavlanish simulyatsiyasi, bu erkin energiyani kichik chegaralarda minimallashtirishga imkon beradi. Bu bosqich LGA ni klassik genetik algoritmlardan ajratib turadi.
2-7 bosqichlar ma'lum bir ko'p marta takrorlanadi (eng yaxshi bo'sh energiya o'zgarishni to'xtatmaguncha yoki takrorlash vaqti yoki soni chegarasiga yetguncha).
Barcha oldingi bosqichlar ketma-ketligi bir necha marta amalga oshiriladi (mustaqil yugurish).
Bir nechta yugurish natijalari 1 angstrom bo'lgan RMSD kesishmasi bilan o'rnatish qutisidagi joylashuvi bo'yicha klasterlangan .
Klasterdagi barcha topilmalar uchun retseptor bilan o'zaro ta'sir qilish energiyasi hisoblanadi. Klasterning energiyasi bu klasterda eng yaxshisi hisoblanadi.
Yakuniy energiya eng yaxshi klasterlar uchun retseptorning ligand bilan bog'lanmagan holatdan bog'langan holatga o'tish energiyalaridagi farqlar o'rtasidagi farq sifatida hisoblanadi.
|
| |
