|
Mavzu : blast dasturi
|
| bet | 1/2 | | Sana | 01.06.2023 | | Hajmi | 2.48 Mb. | | #68633 |
Bog'liq No\'monjonov Bahodir Genomika Транспорт ва атроф муҳит, NEFT VA GAZ GEOLOGIYASI kurs loyihasi 1, 1. Tarmoq protokoli tushunchasi, PED KONFLIKT, Бизнесни бахолаш ва бошқариш 15.09.19. ў.қ., uyni baxolash, Issledovanie-atak-v-socialnoj-inzhenerii (2), 1-reja. Mehnat muhofazasining huquqiy-tashkiliy asoslari-fayllar.org, 1-Tarbiya A, 1701499558, Mening mahallam-mening faxrim-fayllar.org, ZDTF2401 (1), 7- mavzu. Biologik membranalar tuzilishi va funksiyasi, 1 Yangi O‘zbekistonning taraqqiyot strategiyasi va jamiyatning ma’naviy Farg'ona davlat unversiteti Tabiiy fanlar fakulteti Biologiya yo'nalishi 20.68 guruh talabasi No'monjonov B ning Genetika va genomika fanidan tayyorlagan mustaqil ta'lim taqdimoti.
Mavzu : BLAST dasturi
Reja:
1. BLAST òzi nima ?
2.BLAST qanday ishlaydi?
3.BLAST ga qanday kiriladi ?
4.BLAST natijalar qanday ?
BLAST dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan hisoblanadi. Ya’ni bu dasturni ishlatish uchun avvalo internetga ulangan bo’lishingiz kerak.
BLAST o’zi nima?
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi.
Sodda qilib tushuntirilganda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lumbir ketma-ketligi bor. Lekin bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bbilmaydi. BLAST mana shu nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albatta u bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar.
BLAST dasturini ishlashtish uchun ,albatta bizga òrganayatgan organizimimizning ma'lum bir hujayralaridagi DNK fragmenti COI genini ajratib olish zarur .Endilikda bu organizimni qaysi tur ekanligini hamda nukleotid ketma ketligini aniqlash kerak .Buning uchun bizga BLAST dasturi yordamga keladi.
BLAST ga qanday kiriladi?
Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma’lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi.
Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo’lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi.
Nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. Biz Others – boshqalar degan bo’limini tanladik. Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz.
BLAST natijalari
Oynaning yuqori qismida BLAST amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo’lgan kiritilgan dastlabki 100 ta eng o’xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko’rsatiladi. Agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o’zaro o’xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. Yuqoridagi rasmda 1 dan 700 tagacha bo’lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko’rinishi.
Oynaning pastrog’iga tushsak, natijalarning barcha ko’rsargichlarini ko’rishimiz mumkin bo’ladi.
Grain RainUshbu tasvirdagi birinchi raqamda (1) bizning nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelgan bazadagi organizmlarning nomi yozilgan. E’tibor bersangiz deyarli barcha natijalarda Pseudorasbora parva organizmiga tegishli ko’rsatkichlar keltirilgan. Ikkinchi raqamda (2) bizning nukleotidlarimiz bazadagi nukleotidlarning qancha foizi bilan o’zaro mos tushganligini ko’rsatadi. Uchinchi raqam (3) esa biz tekshirayotgan turning aniqlanish foizini ko’rsatadi. To’rtinchi raqam (4) esa bazadagi organizm ma’lumotlarining raqami, bu xuddi bizning passport raqamimizga o’xshaydi. Bazadagi har bir organizm ma’lumotlari xuddi mana shunday raqam bilan belgilanadi. E’tibor bersangiz deyarli barcha ko’rsatkichlar (3-raqamdagisi) 98-99 foizni ko’rsatmoqda. Biz tekshirayotgan baliq juda ham yuqori ehtimollik bilan Pseudorasbora parva ekanligi ma’lum bo’ladi.
Ushbu tasvirdagi birinchi raqamda (1) bizning nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelgan bazadagi organizmlarning nomi yozilgan. E’tibor bersangiz deyarli barcha natijalarda Pseudorasbora parva organizmiga tegishli ko’rsatkichlar keltirilgan. Ikkinchi raqamda (2) bizning nukleotidlarimiz bazadagi nukleotidlarning qancha foizi bilan o’zaro mos tushganligini ko’rsatadi. Uchinchi raqam (3) esa biz tekshirayotgan turning aniqlanish foizini ko’rsatadi. To’rtinchi raqam (4) esa bazadagi organizm ma’lumotlarining raqami, bu xuddi bizning passport raqamimizga o’xshaydi. Bazadagi har bir organizm ma’lumotlari xuddi mana shunday raqam bilan belgilanadi. E’tibor bersangiz deyarli barcha ko’rsatkichlar (3-raqamdagisi) 98-99 foizni ko’rsatmoqda. Biz tekshirayotgan baliq juda ham yuqori ehtimollik bilan Pseudorasbora parva ekanligi ma’lum bo’ladi.
|
| |
