Microsoft Windows 3.1 byl představen v březnu 1992 a uvedl mimo jiné inovace zejména TrueType systém fontů. Windows 3.1 byly vytvořeny s důrazem na širokou míru zpětné kompatibility. Od Windows 3.1 nahoru je také podporován 32-bitový přístup k disku. Jako přímo dodávaná hra se poprvé objevuje Minesweeper. Pro východní trhy bylo třeba speciálních fontů s podporou cyrilice a dalších písmen charakteristických pro tento sektor. Tehdy také vznikla Microsoftu vlastní kódovací stránka Windows-1250, které firma dala přednost před dosavadními ISO standardy.
Update pro Windows 3.1 nese prosté jméno Microsoft Windows 3.11a bylo to cosi na způsob dnešních service packů. Někteří si jej pletou se samostatnou verzí, avšak není tomu tak.
Microsoft Windows 3.2
Méně známá verze, která se však vydání dočkala pouze na čínském trhu.