|
Reja: r dasturlash tili nima? Bioinformatikada r dasturlash uchun asboblar
|
| bet | 3/3 | | Sana | 26.01.2024 | | Hajmi | 282,08 Kb. | | #146620 |
Bog'liq Odiljonov Islom1 (2) Dastaki-elektr-yoyli-payvandlash-texnologiyasi., Tishli uzatmalar tishlarining tasnifi, travma, True, nurali karimov 2, AXBOROT ALOQA TEXNOLOGIYALARI 1-TOPSHIRIQ., 1MUSTAQIL IW., 6- nazorat ishi matematika 2-sinf, 1, BTK, Eng kerakli iboralar. Part 1, Фишка (жадваллар), zebra 2 Genomik diapazonlar: GenomicRanges to'plami genomik intervallar va ketma-ketlikni moslashtirish bilan ishlash uchun moslashuvchan asosni ta'minlaydi. Bu genomik koordinatalar, izohlar va genomik diapazonlar kabi genomik ma'lumotlarni samarali boshqarish va manipulyatsiya qilish imkonini beradi. GenomicRanges bir-biriga o'xshash joylarni aniqlash, eng yaqin xususiyatlarni topish va genomik ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish kabi vazifalarda keng qo'llaniladi. DSEq2: DESeq2 RNK-seq ma'lumotlaridan foydalangan holda differensial gen ekspressiyasini tahlil qilish uchun mashhur R paketidir. U o'qish sonlarini normallashtirish, o'rtacha dispersiyaga bog'liqlikni baholash va eksperimental sharoitlarda differentsial tarzda ifodalangan genlarni aniqlash uchun statistik testlarni o'tkazish usullarini taqdim etadi. DESeq2 gen ekspresyonu darajasidagi sezilarli o'zgarishlarni aniqlash uchun gen ekspressiyasini o'rganishda keng qo'llaniladi. DSEq2: DESeq2 RNK-seq ma'lumotlaridan foydalangan holda differensial gen ekspressiyasini tahlil qilish uchun mashhur R paketidir. U o'qish sonlarini normallashtirish, o'rtacha dispersiyaga bog'liqlikni baholash va eksperimental sharoitlarda differentsial tarzda ifodalangan genlarni aniqlash uchun statistik testlarni o'tkazish usullarini taqdim etadi. DESeq2 gen ekspresyonu darajasidagi sezilarli o'zgarishlarni aniqlash uchun gen ekspressiyasini o'rganishda keng qo'llaniladi. limma: Limma (mikroarray ma'lumotlari uchun chiziqli modellar) to'plami mikroarray gen ifodasi ma'lumotlarini tahlil qilish uchun keng qo'llaniladigan vositadir. U chiziqli modellarni o'rnatish, standart xatolarni empirik Bayes moderatsiyasini amalga oshirish va differentsial ifodalangan genlarni aniqlash usullarini taqdim etadi. limma ishonchli statistik tahlilni taklif qiladi va ayniqsa kichik namunali tadqiqotlar uchun foydalidir. Xulosa Biz bu mavzudan r dasturlash nima ekanligi, afzalliklari, xususiyatlari, uni amaliyotda qo’llanilishi haqida to’liq ma’lumotlarga ega bo’ldik. Shu jumladan, R dasturlashda bioinformatika ma'lumotlarini vizualizatsiya qilishning qanday variantlari borligini va ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish uchun qaysi paketlar odatda qo'llanilishi haqida va shu bilan birga NCBI so'rovi yoki ketma-ketlik ma'lumotlarini olish kabi Rdagi bioinformatika ma'lumotlar bazalari va resurslariga qanday kirish va ulardan foydalanish mumkinligi haqida ham qiziqarli ma’lumotlar ham oldik.
|
| |
