Reja: r dasturlash tili nima? Bioinformatikada r dasturlash uchun asboblar

Genomik diapazonlar: GenomicRanges to'plami genomik intervallar va ketma-ketlikni moslashtirish bilan ishlash uchun moslashuvchan asosni ta'minlaydi. Bu genomik koordinatalar, izohlar va genomik diapazonlar kabi genomik ma'lumotlarni samarali boshqarish va manipulyatsiya qilish imkonini beradi. GenomicRanges bir-biriga o'xshash joylarni aniqlash, eng yaqin xususiyatlarni topish va genomik ma'lumotlarni vizualizatsiya qilish kabi vazifalarda keng qo'llaniladi.

DSEq2: DESeq2 RNK-seq ma'lumotlaridan foydalangan holda differensial gen ekspressiyasini tahlil qilish uchun mashhur R paketidir. U o'qish sonlarini normallashtirish, o'rtacha dispersiyaga bog'liqlikni baholash va eksperimental sharoitlarda differentsial tarzda ifodalangan genlarni aniqlash uchun statistik testlarni o'tkazish usullarini taqdim etadi. DESeq2 gen ekspresyonu darajasidagi sezilarli o'zgarishlarni aniqlash uchun gen ekspressiyasini o'rganishda keng qo'llaniladi.

DSEq2: DESeq2 RNK-seq ma'lumotlaridan foydalangan holda differensial gen ekspressiyasini tahlil qilish uchun mashhur R paketidir. U o'qish sonlarini normallashtirish, o'rtacha dispersiyaga bog'liqlikni baholash va eksperimental sharoitlarda differentsial tarzda ifodalangan genlarni aniqlash uchun statistik testlarni o'tkazish usullarini taqdim etadi. DESeq2 gen ekspresyonu darajasidagi sezilarli o'zgarishlarni aniqlash uchun gen ekspressiyasini o'rganishda keng qo'llaniladi.

limma: Limma (mikroarray ma'lumotlari uchun chiziqli modellar) to'plami mikroarray gen ifodasi ma'lumotlarini tahlil qilish uchun keng qo'llaniladigan vositadir. U chiziqli modellarni o'rnatish, standart xatolarni empirik Bayes moderatsiyasini amalga oshirish va differentsial ifodalangan genlarni aniqlash usullarini taqdim etadi. limma ishonchli statistik tahlilni taklif qiladi va ayniqsa kichik namunali tadqiqotlar uchun foydalidir.