II BOB. PROTEINLAR KETMA-KETLIGI DASTURLARI

Download 1,9 Mb. Pdf ko'rish
bet	6/20
Sana	07.02.2024
Hajmi	1,9 Mb.
	#152551

1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 20

Bog'liq
Biologik ketma –ketliklarni ma’lumot bazalari bo’yicha ko’plik

II BOB. PROTEINLAR KETMA-KETLIGI DASTURLARI
2.1. Dasturlar turlari va mazmuni
Ortiqcha bo‘lmagan oqsil ma’lumotlar to‘plami bioinformatikada katta
ahamiyatga ega. Bunday ma’lumotlar to‘plamini yaratish ma’lum o‘xshashlik
chegaralaridan oshib ketadigan oqsil ketma-ketligini olib tashlashni anglatadi.
"Oddiylikni kamaytirish", "cd-hit", "Baliqlar", "BlastClust" va "SkipRedundant"
kabi bir nechta dasturlar mavjud. Bu erda biz e’tibor qaratadigan masala, turli
dasturlar tomonidan ishlab chiqarilgan ortiqcha bo‘lmagan ma’lumotlar
to‘plamining bir-biriga qanchalik o‘xshashligi. UniProt ma’lumotlar bazasining
kichik to‘plamlari yordamida ushbu dasturlarning xususiyatlari va natijalarini tizimli
taqqoslash amalga oshirildi va bu erda tasvirlangan. Natijalar bir xil boshlangʻich
maʼlumotlar toʻplami bilan taʼminlangan bir xil dastur bilan olingan, lekin
identifikatsiya chegarasining har xil foizi bilan olingan ortiqcha boʻlmagan
maʼlumotlar toʻplamlari oʻrtasidagi oʻxshashlikning yuqori darajasini va bir xil
boshlangʻich maʼlumotlar toʻplami bilan oziqlangan turli dasturlar bilan olingan
natijalar oʻrtasidagi oʻrtacha oʻxshashlikni koʻrsatadi. identifikatsiya chegarasining
foizi. Shuni yodda tutishimiz kerakki, ba’zi farqlar paydo bo‘lishi mumkin va bir
nechta kompyuter ilovalaridan foydalanish tavsiya etiladi.
Proteinlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazalari juda ortiqcha va ularning
ortiqchaligi turli xil tadqiqotlarda olib tashlanishi kerak. Ma’lumotlar to‘plamidagi
ortiqchalik bir vaqtning o‘zida bir nechta o‘xshash ma’lumotlar mavjud bo‘lganda
yuzaga keladi. Bioinformatikada ketma-ketliklar to‘plamidagi ortiqchalik bir xil
ma’lumotlar to‘plamida bir yoki bir nechta o‘xshash/homolog ketma-ketliklar
mavjud bo‘lganda yuzaga keladi. Muayyan tahlillarga o‘xshash ketma-ketliklarni
kiritish istalmagan noto‘g‘ri qarashlarni keltirib chiqaradi. Bu, ayniqsa,
ma’lumotlardan o‘rtacha qiymatlar yoki tendentsiyalarni olish kerak bo‘lganda sodir
bo‘ladi, masalan, o‘rtacha aminokislota tarkibi. Yana bir muhim masala shundaki,
UniProt kabi biologik ma’lumotlar bazalari astronomik tezlikda o‘sib bormoqda va
ularning ko‘pligi. Natijada, apparatga bo‘lgan talablar (CPU va xotira) tobora

18
qimmatlashib boradi va ortiqcha miqdorni kamaytirish hisoblash xarajatlarini ham
kamaytiradi.
Ortiqchalikni olib tashlash uchun turli xil kompyuter dasturlari mavjud. Ular
turli xil tekislash usullaridan (global yoki mahalliy moslashtirish) va klasterlash
algoritmlaridan foydalanadilar. Ushbu ishda bir nechta kompyuter dasturlari tizimli
ravishda taqqoslanadi. Ularning natijalarini umumiy baholashdan tashqari, asosiy
tashvish turli usullarning natijalari qanchalik o‘xshash yoki farq qiladi. Turli
metodologiyalardan foydalanadigan dasturlardan foydalanishda ma’lum farqlar
kuzatildi. Bu ortiqcha bo‘lmagan ketma-ketlik ma’lumotlar to‘plamini talab
qiladigan har qanday tadqiqot ongli ravishda olib borilishi kerakligini ko‘rsatadi.
Iloji bo‘lsa, tadqiqot turli dasturlardan foydalangan holda olingan bir nechta ortiqcha
bo‘lmagan ma’lumotlar to‘plamidan foydalangan holda o‘tkazilishi afzalroqdir.

Download 1,9 Mb.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 20

Download 1,9 Mb.

Pdf ko'rish