19
90 %. Kichikroq va qattiqroq qiymatlar ishlatilmadi,
chunki ularni barcha
kompyuter dasturlari ishlatib bo‘lmaydi.
Sinov muhiti
Barcha mustaqil ilovalar, shu jumladan mustaqil dastur paketlarining bir qismi
bo‘lganlar bir xil sinov platformasida sinovdan o‘tkazildi: Intel Xenon 3,4 GHz (4
protsessor), 2 Gb tezkor xotira, Red Hat 4.1.2-13 (Linux versiyasi 2.6.22.2-42.fc6)
). Barcha sinovdan o‘tgan mustaqil ilovalar kompyuterda protsessor yoki xotira
talablarini qo‘ymaydi. Biroq, ilovalar Needleman-Wunsch
yoki Smit-Waterman
ketma-ketligini moslashtirish algoritmlaridan foydalanganligi sababli,
ularning
ikkalasi ham vaqt va makon murakkabligi O(MxN) (M - ketma-ketliklar soni va N
- ketma-ketliklarning uzunligi), hisoblash talablari soni va soniga bog‘liq. ketma-
ketliklarning o‘lchami va dasturning o‘zi emas.
Decrease redundancy dasturi
o‘zining veb-serveri yordamida sinovdan o‘tkazildi, chunki mustaqil dasturiy
ta’minot tarqatilmagan.
Ma’lumotlar to‘plami
Turli xil kompyuter dasturlarini sinab ko‘rish uchun zarur bo‘lgan oqsil ketma-
ketliklari to‘plamlari tasodifiy sonlar generatori yordamida UniProt ma’lumotlar
bazasidan olingan. Chiqarilgan ketma-ketliklar 100, 1000 va 10 000
ta protein
ketma-ketliklarining tasodifiy to‘plamlarini yaratish uchun ishlatilgan. Ushbu
protsedura faqat 100 dan kam qoldiqli kichik oqsillarni o‘z ichiga olgan ma’lumotlar
to‘plamini, kattaroq oqsilli ma’lumotlar to‘plamini (100-200 qoldiq, 200-300 qoldiq
va boshqalar) va faqat 1000 dan ortiq qoldiqli katta oqsillarni o‘z
ichiga olgan
ma’lumotlar to‘plamini yaratish uchun takrorlandi. Shunday qilib, 2-jadvalda
(qo‘shimcha materialga qarang) jamlangan 33 ta ma’lumotlar to‘plami tuzildi.
Ularning barchasi 1-jadvaldagi kompyuter dasturlari uchun kirish sifatida ishlatilgan
(qo‘shimcha materialga qarang), veb-server protsessorining cheklovlari tufayli faqat
100 yoki undan kam ketma-ketlikdagi ma’lumotlar to‘plamini qayta ishlash mumkin
bo‘lgan Ortiqchalikni kamaytirish bundan mustasno.
