6
I BOB. XALQARO NUKLEOTIDLAR KETMA-KETLIGI
MA’LUMOTLAR BAZASI
1.1. Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi
Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi hamkorligi (INSDC;
http://www.insdc.org) doirasida global miqyosda keng qamrovli ommaviy
nukleotidlar ketma-ketligi olinadi, saqlanadi va taqdim etiladi. Ushbu uzoq muddatli
hamkorlikning hamkorlari o‘zlarining ma’lumotlar bazalariga izchil ma’lumotlarni
taqdim etishni ta’minlaydigan va butun dunyo bo‘ylab muntazam ma’lumotlar
almashinuvini qo‘llab-quvvatlaydigan ma’lumotlar formatlari va konventsiyalarini
ta’minlash uchun yaqindan hamkorlik qiladilar. Ma’lumotlarga erkin kirish va jurnal
noshirlari bilan aloqalar bo‘yicha aniq belgilangan
siyosat va boshqaruv INSDC
ma’lumotlar bazalarini ilmiy yozuvlarning asosiy yetkazib beruvchisi va global
bioinformatika ma’lumotlar infratuzilmasi uchun asosiy poydevor sifatida
joylashtirdi. Ketma-ket ma’lumotlar hajmining o‘sishi INSDC hamkorlari uchun
endi ajablantirmasa-da, biz so‘nggi-yillarda guvoh bo‘lgan
asosiy fan tomonidan
keyingi avlod sekvensiya texnologiyasini qo‘llash o‘sishning bosqichma-bosqich
o‘zgarishiga olib keladi va INSDC strategiyasida aniq belgi qo‘yadi. . Ushbu
maqolada biz INSDC ni tanishtiramiz, ma’lumotlarning o‘sishi naqshlarini
tasvirlaymiz va o‘sishning kuchayishi muammolarini sharhlaymiz [3].
Nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasining xalqaro hamkorligi
(INSDC; http://www.insdc.org) jamoat mulki maʼlumotlarini almashish boʻyicha
eng mashhur global tashabbuslardan biridir. 1980-yillarning boshlarida ketma-ketlik
texnikasini qo‘llash natijasida paydo bo‘lgan ketma-ketlik
va izohlarning ortib
borayotgan hajmlarini qo‘lga kiritish va taqdim etishga bo‘lgan sa’y-harakatlardan
kelib chiqqan holda, 1987-yilga kelib, INSDC bugungi kungacha saqlanib qolgan
uch partiyaning barqaror a’zoligi bilan shakllandi. Hamkorlik taraflari
Yaponiyaning Mishima shahridagi Milliy genetika institutida DNK ma’lumotlar
banki (DDBJ) hisoblanadi; Yevropa molekulyar
biologiya laboratoriyasining
Yevropa bioinformatika instituti (EMBL-EBI) Hinxton, Buyuk Britaniya; va
7
AQShning Merilend shtati, Bethesda shahridagi Milliy Biotexnologiya Axborot
Markazi (NCBI). INSDC hamkorlari birgalikda ommaviy nukleotidlar ketma-ketligi
va tegishli metama’lumotlarning global to‘plamini taqdim etishga kirishdilar.
Qamrov ma’lumotlar spektrini o‘z ichiga oladi, ular xom o‘qishdan tortib yig‘ish va
moslashtirish ma’lumotlari, yig‘ilgan ketma-ketliklarning
taqdim etilgan
funktsional izohlarigacha. Hamkorlik ostidagi xom ma’lumotlar arxivlari kapillyar
elektroforez platformalaridan olingan xom ma’lumotlar uchun Trace Archive va
keyingi avlod platformalaridan xom va o‘qilgan moslashtirish ma’lumotlari uchun
Sequence Read Archive [SRA, (1)] sifatida tanilgan. Yigʻilgan ketma-ketliklar va
izohlar DDBJ (2), Yevropa Nukleotidlar arxivining EMBL-Bank komponenti (3) va
NCBI dan GenBank (4) da mavjud. Muntazam ma’lumotlar almashinuvi, standart
formatlar va tobora ko‘proq texnologiya almashish hamkorlikda global sinxronlikni
ta’minlaydi [7].
