| Oqsilning ikkilamchi strukturasi.
Oqsillarning ikkilamchi struktukturasi peptit asosining xossalariga bo’g’liq. Karbonil gruppa bilan N-gruppa o’zaro vodorod bog’i hosil qilib birikishi mumkin:
C=O…..HN
Erkin energiya minimumi peptidlarning undagi hamma shu gruppalar vodorod bog’i bilan birikib turgan holatiga to’g’ri keladi. Boshqacha aytganda, peptid vodorod bog’lari hammadan ko’p, ya’ni maksimum bo’ladigan konformasiyani olishga intiladi. Ikkinchi tomondan, peptid zanjirining fazoga joylanish imkoniyatlari shu bilan cheklanadi-ki, peptid bog’i qisman tabiatan qo’shqavat bo’ladi va shu sababdan uning atrofida aylanish hodisasi bo’lishi mumkin emas. Peptid gruppasining kislorod va vodorod atomlari trans-holatini egallaydi. –CH- gruppasining ikkala bog’i atrofida, aksincha aylanish hodisasi bemalol bo’lishi mumkin.
Ana shunday cheklanishlar borligidan vodorod bog’lari hosil bo’lishida peptid zanjiri ixtiyoriy emas, balki mutlaqo tayinli bir konformasiyani oladi.
Peptid zanjirlari ikkilamchi strukturasining uchta asosiy xili ma’lum:
L-spiral, -struktura (burmali qavat, burmali varaq) va betartib koptokcha. L-spiralda mazkur aminokislota qoldig’ining NH-gruppasi undan hisoblaganda to’rtinchi qoldiqning CO-gruppasi bilan o’zaro ta’sir qiladi. Natijada, peptid asosi har bir o’ramiga 3,6 aminokislota qoldig’i to’g’ri keladigan spiral hosiol qiladi. Vodorod bog’lari spiral o’qi bo’ylab yo’nalib uning o’ramlarini birlashtirib turadi. Burmali qavat (β-struktura) da peptid bog’lari bir-biriga, parallel holda bir qavat bo’lib joylashadi va qat-qat qilib taxlangan varaqqa o’xshash shaklni hosil qiladi. Bu qavat ikkita yoki bundan ko’p peptid zanjiridan hosil bo’lishi mumkin, qavatdagi qo’sh hujayralar N-uchlari bilan qarama-qarshi tomonga (antiparallel) yoki bir tomonga (parallel) qarab turadi.
Aminokislotalar L-spirallar yoki β-strukturalar hosil bo’lishiga qatnasha olish xususiyati jihatidan bir-biridan farq qiladi: prolin, asparagin, tirozin, glisin L spirallar tarkibida; glutamat kislota, prolin, asparagin, gitidin, lizin, serin β-struktura tarkibida; kamdan-kam uchraydi.
L-spirallar bilan β strukturalarining turli oqsillardagi misdori vir xil emas.
Peptid zanjirining hammasi ham spiral yoki β struktura tarziga kirmaydi. Ba’zi joylari qanday bo’lmasin biror muntazam, fazoga davriy tuzilishga ega bo’llmaydi, bularni betartib koptokcha deb aytiladi. Biroq har bir oqsilda bunday joylar o’zining muhim bir konformasiyasiga ega bo’ladi. o’sh joy aminokislotalarning tarkibi, shuningdek “betartib koptorcha” o’rab turgan qo’ni sohalarning ikkilamchi va uchlamchi strukturasi shu konformasiyani belgilab beradi. Shunday bo’lsa-da, betartib koptokcha sohalarida peptid zanjiri nisbatan oson bukilishi, konformasiyasini o’zgartirishi mumkin, vaholangki, spirallar va burmali qatlam yetarlicha pishiq strukturadir.
|
