|
Sekans identifikatori foizini aniqlash (PID)
|
| bet | 7/18 | | Sana | 17.02.2024 | | Hajmi | 1,73 Mb. | | #158021 |
Bog'liq Biologik ketma-ketlikni taqqoslash. Gomologik ketma-ketliklar Sekans identifikatori foizini aniqlash (PID)
Ikki tekislangan oqsil ketma-ketligi uchun ketma-ketlik identifikatorining (PID) ulushi mos belgilar (aminokislotalar) bir xil bo‘lgan hizalangan pozitsiyalar soniga (agar mavjud bo‘lsa, bo‘shliqlar ham) bo‘lingan holda aniqlanadi. Bu ta’rif ortiqcha emas, chunki ketma-ketlik identifikatorining operativ ta’rifida ko‘pincha noaniqliklar mavjud.
Turli xil usullarning umumiy ko‘rinishi
Ushbu ishda foydalaniladigan kompyuter dasturlarining asosiy xarakteristikalari 3-jadvalda keltirilgan (qo‘shimcha materialga qarang). Ko‘pgina dasturlar 0 dan 100 foizgacha bo‘lgan diapazonda PID chegarasini tanlashga imkon beradi, ammo ularning ba’zilari, masalan, Baliq va CD-hit, ma’lum darajada cheklangan diapazonlarga ega. Proteinning maksimal qabul qilingan uzunligi ko‘p hollarda e’lon qilinmaydi, cd-hit bundan mustasno, maksimal uzunlik maksimal butun son bilan cheklangan. Dasturlar qayta ishlashga qodir bo‘lgan ketma- ketliklarning maksimal soni ham ushbu dasturlarning hech biri tomonidan e’lon qilinmagan.
Barcha dasturlar kirish fayllarini FASTA formatida qabul qiladi, lekin faqat Decrease Redundancy, cd-hit va SkipRedundant bir xil formatdagi natijalarni beradi. Baliq va BlastClust kabi boshqalar faqat chiqish faylida oqsil identifikatsiya kodlari ro‘yxatini taqdim etadi. Shuningdek, biz chiqish kiritish tartibiga bog‘liq yoki yo‘qligini tekshirdik, ya’ni ortiqcha bo‘lmagan chiqish ma’lumotlar to‘plami kirish ma’lumotlar to‘plamidagi ketma-ketliklarning biz chiqish kiritish tartibiga bog‘liq yoki yo‘qligini tekshirdik, ya’ni ortiqcha bo‘lmagan chiqish ma’lumotlar to‘plami kirish ma’lumotlar to‘plamidagi ketma-ketliklarning almashtirishlaridan qat'i nazar, har doim bir xil bo‘ladimi yoki yo‘qmi. Baliqlar va BlastClust holatlarida chiqish kirish tartibiga bog‘liq emas. Biroq, chiqish kirish ketma-ketligi tartibiga bog‘liq bo‘lgan boshqa dasturlarda bunday emas. Bundan tashqari, barcha kompyuter dasturlari tomonidan chiqarilgan ortiqcha bo‘lmagan ketma-ketliklar soni kirish ma’lumotlar to‘plamining almashtirishlariga bog‘liq emas.
|
| |
