Kompyuter kimyo




Download 12.13 Mb.
bet3/6
Sana23.12.2019
Hajmi12.13 Mb.
#4622
1   2   3   4   5   6

Tel: 617 588-9390


Fax: 617 588-9100

SHEMDRAW

1.1. ShemDrawni boshlash

ShemDrawni quyidagi tartibda ishga tushirish mumkin:

Windows 95,98 yoki NT muhitida:

ShemDraw yorlig’ini ikki marotaba bosing.

Start menyusidan ShemDrawni tanlang.



1.2. Tasvirni ifodalash uchun saxifa yaratish.

  1. Fail menyusidan, Open Special ni tanlang.

  2. Paneldan yangi yaratilajak saxifaning shaklini tanlang

Yangi sahifa Stule Sheet parametrlari bilan avtomatik o’rnatiladi.
1.3. Sahifa ochish.

Fail menyusidagi faylar ro’yxatidan kerakli faylni tanlang.

Qo’shimcha ma’lumot uchun MRULIST ga qarang.

ShemDraw sahifani ochish.



  1. Fail menyusidan Open ni tanlang.

D
ialogli panel paydo bo’ladi. Windows versiyasi uchun shunday panel quyida ko’rsatilgan. Fayilingiz joylashgan papkani belgilang.

  1. ShemDraw fayliga tegishli bo’lmagan faylni ochish uchun dialog panelidagi fayllar formati ro’yxatidan tegishli formatni tanlang.

  2. Kerakli faylni belgilang.

  3. Open yoki OK tugmasini bosing.

KO’RSATMALAR

2.1. Kirish

Ushbu ko’rsatma ShemDraw ning tasvirlash imkoniyatlarni amalda bajarish uchun Sizga asosiy ma’lumotlarni beradi. Dastlab Siz mazkur ko’rsatmada uchraydigan umumiy kirishdagi «Kelishuv» va «Atamalar» bilan tanishib oling.

1-ko’rsatma: Reaktsiya tenglamalari.

U
shbu ko’rsatmada siz quyidagi oddiy reaktsiya sxemasini (tenglamasini) chizasiz.


2.2. ShemDraw sahifasini yaratish.

  1. ShemDraw ga kiring.

  2. Fail menyudan Save As ni tanlang.

  3. Maxsus matn paneliga tut 1. sdx ni yozing.

  4. Faylni saqlash uchun tegishli papkani tanlang.

  5. Save ni bosing.

  6. T
    ools menyusini bosing va Fixed lengths (Aniqlangan uzunlik) va Fixed Angles (Aniqlangan burchak) komandalari qo’llanilganiga ishonch hosil qiling. Agar ushbu komandalar qo’llanilmagan bo’lsa, ularni belgilang.

Izoh: Fixed lengths va Fixed Angles komandalarning qo’llanilishi, siz tasvirlagan strukturadagi bog’ uzunliklari va burchaklarini chizilganidan saqlashdan iborat.




    1. Kimyoviy bog’ni yaratish.

  1. T
    o’liq bog’ (Solid Bond) tugmachasini bosing.

Hosil bo’lgan (+) belgisini sichqoncha tugmachasini bosib turgan holda yangi sahifaning istalgan joyiga olib keling.

  1. Sichqoncha tugmachasini bosib turgan holda 300 darajali bo’lgan ostida dioganal chizing



CHizayotgan bog’ burchagi 300 li darajaga yetganda sichqoncha tugmachasini qo’yib yuboring.


2.4. Ikkinchi bog’ni qo’shish:

  1. Bog’ tegishli bo’lgan o’ng tugmani bosiladi.




  1. Q
    ora katakcha markazi bosiladi.

1200 darajali farqi bilan ikkinchi bog’ tasvirlanadi.

Izoh: Bog’ qo’shilganda, ular orasidagi burchak, maxsus dialog ifodalanadi va xatoliklari ko’rsatiladi. Xatoliklarni kuzatishingiz mumkin.

Uchinchi bog’ni qo’shish:


  1. Q
    uyidagi tasvirlangan holatda chizing.

Bog’ni qo’shish uchun:



  1. Kora katakcha markazini bosing.

Bittalik bog’ni qo’sh bog’ga o’zgartirish.


  1. Quyida ko’rsatilgani kabi atomni aniqlang va sichqoncha tugmasini bosing.



  1. Quyida ko’rsatilganidek bitta bog’ni chizing. Sichqoncha tugmasini qo’yib yuboring.


2.5. Kimyoviy strukturalarga belgilar qo’shish:

  1. Ko’rsatilganidek kerakli atomni aniqlang.



  1. Atomga ikki marta ketma-ket bosing.



  1. Matn uyasiga O yozing.



  1. Matn uyasini quyida usullar yordamida yoping. Oynani bo’sh qismiga kursorni olib kelib bosing yoki boshqa vositaga o’ting.

2.6. Strukturani nusxalash:



  1. Losso Tool belgisini bosing.

Oxirgi chizilgan struktura avtomatik ravishda belgilanadi.



  1. Strukturani ko’chirish uchun boshqa o’rin tanlang.



  1. Alt tugmasini bosing


(+) plyus belgili qo’l ko’rsatkich sizning tanlash vosita (tool) ning dublikat qilish holatida ekanligingizni bildiradi.

  1. Tanlash to’rt burchakni (Selection Rectongle) o’nga suring.

Surishni boshlashingiz bilan strukturaning nusxasi paydo bo’ladi. Dastlabki struktura o’z o’rnida qoladi. Nusxa dastlabkisidan to’la ajralgandan so’ng sichqoncha tugmasini qo’yib yuboring.

Eslatma: Agar siz nusxani yuqorida ko’rsatilganidek hosil qilsangiz siz uni saxifa oynasida hohlagan joyga surishingiz mumkin. Agar nusxani dastlabkisi bilan birga bo’lsin desangiz, surayotganda Slift ni bosib turing.

Dublikat qilingan strukturaga o’zgartirishlar kiritish.



  1. Solid Bond ni bosing



  1. Nusxa strukturada quyida ko’rsatilgan kora belgiga to’g’rilang va bosing.

2.7. Bitta atomga bir nechta bog’larni qo’shish:



  1. Quyida ko’rsatilgan atomga qarating.



  1. Atomga uch marta bosing, har bir bosish orasida bir oz pauzaga yo’l bering.

Agar sichkonchani ketma-ket tez bossangiz 3 martalik bosish deb olinib, oxirgi atomingizni duplikat qilishi mumkin.

Hot Keys (faol tugmalar)an foydalanib, atom (label) ini yaratish.

Hot Keys (faol tugmalar) maxsus atom (label) lariga biriktirilgan, klaviaturangizdagi tugmalardir.



  1. Quyidagi atomga qarating.



  1. «O» ni yozing (tering).


Yakka elementli nomoyon qiladigan «Hot Keys» lardan foydalanganingizda vodorod atomi to’g’ri mikdori boshka belgigaga qo’shiladi.

Saxifaingizda quyidagi ikkita struktura bo’lishi kerak.

Quyidagi qadamlarda, siz struktura tanlashda boshqacha metoddan foydalanasiz, so’ngra strelkaga joy qoldirish uchun strukturalarni ajratasiz.

1. Marquee tool ni bosing.

ESLATMA: Boshqa usulda, Marquee tool ni ishlatish uchun siz «Lasso tool» ni tanlab, Alt tugmasini bosib turishingiz mumkin. Oxirgi chizilgan ob’ekt tanlanadi. Tanlamani strelkaga joy qoldirish uchun suring. Struktura yaxlitligini hosil qilish uchun Shift ni bosib turib, tanlama to’rtburchakni o’nga suring.



Reaktsiya sxemasiga strelkalar qo’shish..



  1. Strelka nomoyon bo’lishi uchun sichqoncha tugmasini Arrow tool ustida bosib ushlab turing.

ESLATMA: «Arrow icon» ning past-o’ng burchagida uchburchak unda panelь mavjudligini bildiradi.



  1. Kursorni quyida ko’rsatilgan» strelka kabi yurgizing.



  1. Strelkani xoxlagan uzunligingizda chizing.

  1. Birinchi strukturaga qarating va sichqoncha tugmasini bosib turing.



  1. Strelkanini o’zingiz hohlagan uzunlikda suring. Sichqoncha tugmasini qo’yib yuboring.

ESLATMA: Agar strelkani uzunligini (yoki X-o’qiga bog’liq burchakni) o’zgartirmoqchi bo’lsangiz:



  1. Shift ni bosib turib strelkani boshiga qarating. (to’g’ri qaratayotgan bo’lsangiz o’zi bilnadi)

  2. Strelkani boshini hohlagan uzunlikda (va burchakda) suring. Reagentlar va reaktsiyalarni nomoyon qilish uchun formula va boshqalarni kiritish uchun Text tool dan foydalaning.

2.8. Tasvirga matn kiritish.

  1. Text tool ni bosing.



  1. CHizma ustiga qarating. Matn kiritish belgisi paydo bo’ladi.



  1. Matn yozish urni hosil buladi



  1. OH ni tering

ESLATMA: Agar siz tasvirni qayta joylashtirmoqchi bo’lsangiz, selection tool (tanlash vositasi) ni tanlang va tasvirni suring.



Chemical Symbols tool panelii mavjud bo’lgandan sung maxsus simvollardan foydalanib, zaryad simvolni qo’shing.

  1. Sichqoncha tugmasini Shemical Symbol ustida bosib tutib turing. Pastda ko’rsatilgan negative charge sumbol ga suring va sichqoncha tugmasini qo’yib yuboring.



  1. OH yozuvi markaziga qarating.



  1. Charge symbol (zaryad simvoli)ni qo’shish uchun bosing.

ESLATMA: Agar simvol kiritgandan so’ng sichqoncha tugmasini bosilgan holda ushlab tursangiz, statik holatda simvolni belgi atrofida aylantirishingiz mumkin.

Shemical Symbol palette dan olib qo’shilgan ob’ektlar avtomatik ravishda o’zlari eng yaqin bo’lgan struktura bilan birlashadi. (bog’lanadi).

Arrow singari ba’zi ob’ektlar avtomatik ravishda bog’lanmaydi. Siz o’zingiz Group command dan foydalanib ob’ektlarni gruppalashtirishingiz mumkin. SHundan so’ng siz guruxlangan ob’ektlarni birgalikda o’zgartirish (manipulate) yoki siljitish uchun tanlashingiz mumkin.



2.9. Ob’ektlarni gruxlash uchun:

  1. Tanlash vositasi (Selection tool) ga bosing.



  1. Shift ni bosib turgan holda arrow , OH va zaryad simvoli (zaryad simvoliga)ga bosing.

«Shift» tugmasi ob’ektlarni tanlashga boshqa ob’ektlarni tanlashdan chiqarmagan holda qo’shish imkonini beradi.



  1. Obiect menyusidan Group ni tanlang.

ESLATMA: Individual ob’ektlarni gruppa ichida ularning ustiga bosish orqali tanlashingiz ham mumkin.

  1. Tanlash uchun Text tool ga bosing.



  1. Birinchi struktura pastiga qarating.



  1. Text box (matn katakchasi) yaratish uchun bosing.



  1. Text menyusidan Centered ni tanlang (markazlashtirish uchun).

Kursor matn katakchasi markaziga siljiydi.



Yozing:

  1. “propanol-2” deb yozing.



  1. Yangi qator qo’shish uchun Enter yoki Return ni bosing.



  1. “2 molь” deb yozing.

Boshqa strukturalar uchun matn yaratish



  1. Birinchisiga tutash bo’lgan boshqa matn katakchasi yaratish uchun Tab ni bosing.

ESLATMA: Oldingi matn bilan bir xil o’lchami, uslubiga ega bo’lgan ko’p yozuvlarni yaratish uchun text tool ning caption holatida Tab tugmasidan foydalanishingiz mumkin.



  1. 4-gidroksi-4-metil-2-pentanon deb yozing, Enter yoki Return ni bosing, so’ng 1 molь deb yozing.

Agar sizning yozuvlaringiz strukturalar ostida to’g’ri joylashtirilmagan bo’lsa, ularni selection tool (tanlash vositasi) yordamida siljitishingiz mumkin.

1. Selection tool ni bosing.

Avtomatik ravishda matn atakchasi tanlanadi. CHunki u oxiri chizilgan ob’ektdir.

O’z strukturasi ostida yozuvni markazga olib kelishi uchun Left (chap) yoki Right Arrow (o’ng) ni bosing. Bu usul Tab tugmasi yordamida yaratilgan sozlashьarni muvofiqlashtiradi.



CHizgini yakuniga yetkazish uchun sxema atrofiga soyali katakachani qo’shing.

  1. Sichqoncha tugmasini Drawing Elements tool ustiga bosib tutib turing.



  1. CHizuvchi elementlar panelidan Shadowed box ni tanlang.




  1. Reaktsiya sxemasining yuqori chap burchagiga qarating. Katakcha chizish uchun sichqoncha tugmasini bosib turib dioganal bo’yicha past o’ngga suring.

Saxifani saqlang va yoping.



  1. File menyusidan Save ni tanlang.

Saxifaingiz saqlandi.

  1. File menyusidan Close ni tanlang.

3.AlChemy. Kuch maydonlari muhitida kompyuter modellashtirish dasturlari bilan ishlash.

КИМЁВИЙ СТРУКТУРАЛАРНИ ЧИЗИШ.

Кимёвий структураларни чизиш учун qуйидаги восита (tool) лар керак бўлади.

Боғлар воситаси

Халqалар воситаси

Цикллик занжир.

Хатони автоматик текшириш.

СhemDraw Ultra да автоматик равишда Кимёвий номлардан структуралар чизиш учун меню.

3.1. Боғлар воситаси (Bond tools) .

Бу восита панелдаги турли хил боғ турлари намуналари ва белгиларидан иборат. Ҳар бир воситани ифодаловчи белгилар келтирилади.

Ўзгармас бурчаклар билан чизиш.

Х-ўqига нисбатан 15 градус бурчакли боғларни чизиш учун:


  1. Tools менюсидан Fixed Angles ни танланг. Fixed Angles командаси ёнида активлигини билдирувчи белги пайдо бўлади.

  2. Bond tool га босинг.

  3. Сахифа ойнасида боғнинг бир учидан бошqа учига суринг.

  4. Боғ учини бошqа бурчакларга силжитинг.

Маълумот майдони 15-градусли бурчакда эканлигини кўрсатади. Кўпроq маълумот учун Message area (хабар майдони) га qаранг.

Click qилиш (босиш) орqали боғ qўшиш.

Тезда ўзгармас узунликда боғ qўшиш учун


  1. Bond (боғ) tool (воситаси) га босинг.

  2. Кора катакча маркази га босинг.

Янги боғ чизилади ва сиз танлаган атомга qўшилади.



Бу усул билан чизилган боғлар доимо чизиш курсаткичлари (Drawing Settings) диалог qутисида кўрсатилган ўзгармас узунлик (Fixed length) да фойдаланган ҳолда чизилади.

    1. Халqа чизиш

Tтурли хил шакл ва улчп\амдаги Халqаларни чизиш учуш куйидаги чизмалардан фойдаланиш мумкин.



Циклопропан



Циклобутан



Циклопентан



Циклогексан



Циклогептан



Циклооктан



Занжирлик циклогексан (1)



Занжирлик циклогексан (2)



Циклопентадиен



Бензол

Агар халqа чизаётганингизда Fixed Length (ўзгармас узунлик) актив бўлса, халqадаги ҳар бир боғнинг узунлиги автоматик равишда ўзгармас узунликка келтирилади. Агар Fixed Angles (ўзгармас бурчаклар) актив бўлса, у ҳолда халqадаги биринчи боғнинг Х-ўqи билан ташкил qиладиган бурчаги 15-градус бўлади.

  1. Ring tool ни босинг.

  2. Кўрсаткични сахифа ойнасига жойлаштиринг. Циклогексан воситаси (tool) qуйида кўрсатилади.



  1. Биринчи боғнинг бошидан охирига суринг.



Сахифа ойнасига келтирилганда, кўрсаткич халqа воситаси (ring tool) кўрсаткичига айланади. Халqа ускунаси (ring tool) кўрсаткичи устидаги квадрат биринчи чизилган атомни кўрсатади. Шу квадрат остидаги боғ биринчи чизилган боғ бўлади.


4.Molekulyar mexanika MMP2 dasturi bilan ishlash

Molekulyar mexanika (MM) usullarida atomlar kuch maydonlarida joylashgan N’yuton zarrachalari deb qaraladi. Ularning o’zaro ta’siri potensial energiya bilan ifodalanadi. Potensial energiya bog’ uzunliklari (r), bog’lar orasidagi butchak (vb), ikki yonli (torsion) burchak va bog’lanmagan fragmendar orasidagi elektrostatik (k) hamda Van-der-vaals ta’siriashuvlariga bog’liq. MM yoki kuch maydonlari usullarida umumiy potensial energiya yuqorida keltirilgan ta’sirlashuvlar energiyalarining yig’indisi sifatida topiladi:



E=Ebog’+Evb+Etb+Evdv+EKulon (19)

Bog’ energiyasini ifodalash

MM usuli empirik usul –tajribada olingan geometrik va boshqa kattaliklar asosida parametrlanadi. Ma’lum bo’lgan, alohida olingan har bitta kimyoviy bog’ uzunligi ideal bog’ uzunligi (r0) sifatida kiritilgan. Masalan, sp3 gibridlangan C atomlari orasidagi C-C bog’ uzunligi 1.508 Å, sp2 gibridlangan C atomlari orasidagi C=C bog’ uzunligi 1.333 Å va sp gibridlangan C atomlari orasidagi C≡C bog’ uzunligi 1.200 Å deb kiritilgan. Bog’ energiyasini topishda quyidagi ifoda yordamida minimal energetik holat energiyasi olinadi:

()


bu yerda, k-parametrlashda aniqlanadiga o’zgarmas kattalik, r0 –parametrlashda kiritilgan ideal bog’ uzunligi va r –qaralayotgan birikmadagi ideal bog’ uzunligidan farq qiluvchi (real) bog’ uzunligi. Ma’lumki, kimyoviy bog’lar uzunligi belgilangan masofagach uzayishi va qisqarishi mumkin. Yadrolar orasidagi masofa oshishi bilan potensial energiya ham keskin oshadi (-rasm). MM usulida kimyoviy bo’glar prujinadek tasaffur qilinadi.


C=0 va C-C bog’ uzunligining energiyaga bog’liqlik diagrammasi.



Valent va torsion burchak energiyasini ifodalash

MM usulida valent burchak energiyasini ifodalashda quyidagi ifodadan foydalaniladi:

Ayrim MM programmalarida vb kattaliklarini tajribadagi vb kattaliklariga yaqinlashtirish maqsadida yuqoridagi ifoda mukammallashtirilgan:


Evb=ki/2(ϕi- ϕ0)2(1-k’(ϕi- ϕ0)-k”(ϕi- ϕ0)2-k’”(ϕi- ϕ0)3-k””(ϕi- ϕ0)4…) (22)
Torsion bog’ energiyasi qquyidagi ko’rinishdagi ifodalar yordamida aniqlanadi

Van-der-Vaals va Kulon ta’sirlashuvlari energiyalarini ifodalash VdV ta’sirni to’liq ifodalovchi formulalardan biri Leonard-Jons potensiali hisoblanadi:



bu yerda, €ijva σij potensial o’ra chuqurligini ifodalovchi kattaliklar.



Kulon ta’sirni to’liq ifodalovchi formulalar quyidagicha:
bu yerda, q1 va q2 o’zaro ta’sirlahsyotgan ikkita zarrachaning zaryadi, r- qx va q2 orasidagi masofa, £0 - elektr doimiysi: £0 =8.85-10"12 Farada/metr , £ - zaryad atrofidagi muhitning dielektrik singdiruvchanligi.

MM usuli programmalari С atomlarini va boshqa atomlarni gibridlanish holati va strukturasining o’ziga xos xususiyadarini to’liq namoyon etishi uchun parametrlash jarayonida qaytadan nomerlangan (-jadval). Masalan, har bir sinf birikmalaridagi С atomining electron tuzilishlarini inobatga olgan holda С atomi uchun 15 ta raqamlash kiritilgan. Alkenlardagi sp2-gibridlangan С atomi karbonildagi sp2-gibridlangan С atomidan farq qilishi maktab kimyosidan ma’lum. Kislorod atomi uchun 7 xil, N atomi uchun 10 xil raqamlash kiritilgan.



-Jadval. MM usulida atomlarning turlari va raqamlanishi


Raqam

Simvol

Tavsifi

Raqam

Simvol

Tavsifi

1

С

sp3-uglerod

28

H

enol yoki amid

2

С

sp2-uglerod, alken

48

H

ammoniy

3

С

sp3-uglerod, C=0(N)

36

D

deyteriy

4

С

sp-uglerod

20

EJ

electron juft

22

С

Siklopropan

15

S

sulfide, R2S

29

С-

radikal

16

S+

R3S+

30

С+

karbokation

17

s

Sulfoksid, R2SO

38

С

sp2-uglerod,siklopropen

18

s

R2SO2

50

С

sp2-uglerod, aromatik

42

s

sp2-S, tiofen

56

С

sp3-C, siklobutan

11

F

ftorid

57

С

sp2-C, siklobuten

12

Cl

xlorid

58

С

Karbonil, siklobutanon

13

Br

bromid

67

С

C=0, siklopropanon

14

I

yodid

68

С

Karbonil, keten

26

В

Boron, trigonal

71

С

Keton uglerodi

27

В

Boron, tetroganal

8

N

sp3-azot

19

Si

silan

9

N

sp3-azot, amid

25

P

Fosfin, R3P

10

N

sp-azot

60

P

5 valentli P

37

N

Azo yoki piridin, -N=

51

He

geliy

39

N+

sp3-N, R4N+

52

Ne

neon

40

N

sp2-azot, pirrol

53

Ar

argon

43

N

Azoksi, -N=N-0

54

Kr

kripton

45

N

Azid

55

Xe

ksenon

46

N

Nitro, -N02

31

Ge

germaniy

72

N

Imin, oksim, =N-

32

Sn

qalay

6

0

sp3-kislorod

33

Pb

Qo’rg’oshin, R4Pb

7

0

sp2-kislorod, karbonil

34

Se

selen

41

0

sp2-kislorod, furan

35

Те

tellur

47

0"

karboksilat

59

Mg

magniy

49

0

epoksi

61

Fe

Temir (II)

69

0

Amin oksid

62

Fe

Temir (III)

70

0

keton

63

Ni

Nikel (II)

5

H

Vodorod

64

Ni

Nikel (III)

21

H

Spirtlardagi, OH

65

Co

Kobalt (II)

23

H

Amin, NH

66

Co

Kobalt (III)

24

H

Karboksil, COOH










Bugungi kunda, ko’pchilik hisoblash majmualari uchun MM usullari yaratilgan va kiritilgan:

  1. MM2 (ChemOffice);

  2. MMX (PCModel);

  3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem);

  4. Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);

  5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian). UFF-universal force field (Universal kuch maydoni), MMFF-Merk Molecular Force Field.

MM usuli kvant-kimyoviy usullarga nisbatan juda tezkor usul sanaladi. Lekin, aniqligi yarim empirik va noempirik usullarnikiga nisbatan past. MM usullarida N, O kabi atomlaridagi bog’lanmagan elektron juft ta’sirlashuvlari to’liq inobatga olinmagan. Tautomerlar, konformerlar va boshqa birikmalarning umumiy energiyasi hisobida tajriba bilan mos tushadigan ma’lumotlar olingan.

Ayrim MM usullari atom zaryadlari va hosil bo’lish issiqligini hisoblashga parametrlangan.


Keyingi vaqtlarda MM usulining tezkorligi asosida kvant-kimyo va MM usullari birlashtirgan, gibrid usullar (QM/MM) yaratish ustida izlanishlar olib borilmoqda. Bunga misol qilib Morokumaning ONIOM usulini misol qilib keltirish mumkin.

AMALIY MASHG’ULOTLAR UCHUNMASALALAR TO’PLAMI








Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Модданинг ИЮПАК буйича номи

Элементларнинг фоиз таркиби

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар







Структура формуласи

3 D структураси

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар



Структура формуласи

3 D структураси

Турли физик-кимёвий константалар

ПМР – спектр

С13 – спектр

Олинган натижалар юзасидан хулосалар


G l o s s a r i y


DBF (Data Basc File) fayl- MO yozuvlaridan iborat fayl.

DOS(Disk Operation Systems) - diskli operatsion tizim bo’lib, kompyuter qurilmalarining vazifalarini to’ldiruvchi, ularning ishlashini ta’minlovchi va boshqaruvchi, amaliy programmalarni bajarilishini ta’minlovchi programmalar majmui.

E-Mail - elektron pochta (1971 yili ARPANET tarmog’ida birinchi marta qo’llanilgan axborotlarni uzatish tizimi.

Hardware - kompyuter ning qurilmalar ta’minoti.

HTML (Hypertext MARKYP LANGUAGE) - gipertekstni bel-gilash tili-www hujjatlari tili.

Hypertext (gipertekst) – boshqa hujjatlar(yoki betlararo alo-qa) bilan aloqalarni o’z ichiga olgan hujjat. Biror aloqani aniqlash bilan avtomatik ravishda boshqa hujjat chaqiriladi.

IMP (Information Message Processor) - axboriy xabarlar protsessori.

INTERNET -TCP/IP bayonnomasi asosida ishlovchi va unga mos xizmatlar majmuini birlashtiruvchi kompyuter tarmoqlari.

NC (Norton Commander) - MS DOS OS ning qobiq-programmasi bo’lib, foydalanuvchining MS DOS da ishlash sharo-itini yengillatish, muloqot tashkil qilish uchun yaratilgan pro-grammalar majmui. U disdagi fayl va kataloglarning joylanishini kompyuter ekranida tasvirlab unda harakatlanish, "Sayohat" qilish imkonini yaratadi, DOS bilan sodda va ixcham muloqot qilishni, turli xizmat vazifalarini bajarishni ta’minlaydi.

NCP (Networn Control Protocol) – tarmoqni boshqarish ba-yonnomasi.

Paintbrush - grafik muxarrir bo’lib, u relyatsion ma’lumotlar ombori; ya’ni ikki o’lchovli jadvallar shaklida tashkil qilingan ma’lumotlar ombori.

Software - kompyuter ning programma ta’minoti.

TCP/IP (Transmission Control Protocol/Internet protocol-uzatishni

TIP (Terminal information Processor) - terminalli axboriy protsessor.

UDP (User Datagram Protocol)- foydalanuvchi deyta-grammalarining bayonnomasi.

Windows 3.1 - DOS ni grafik texnologiyaga asoslangan qobig’i bo’lib, u ko’p maslaklikni va programmalar vazifalarini integratsiyalash (yig’ish) ni ta’minlaydi.

Windows 95- 97 - grafik texnologiyaga asoslangan operatsion tizim.

WWW (World Wide Web)- gipertekstga asoslangan axboriy taqsimlangan mulьtimedia tizimi. Bugungi kunda ilmiy-texnik bilimlar, virtual kutubxona, o’qituv jarayonining ilovalari tayyorlanayotgan juda kuchli axborot texnologiyasi(san’at dara-jasidagi) vositasi.

Yost- klientga biron- bir xizmat ko’rsatuvchi kompyuter .
Abonent tizimi - foydalanuvchilarga axborot tarmoqlarining xizmatlarini ta’minlovchi axborot tizim.

Avtomatlashtirilgan loyihalash tizimi -loyihalash jarayonini avtomatlashtirishga mo’ljallangan programmalar va qurilmalar majmui.

Alifbo-raqamli axborot-bitta tugmachani bosish bilan kompyuter ga kiritiladigan belgilar majmui (harflar, raqamlar, munosabat belgilari va b.).

Almashuv buferi(Clipboard) - Windows operatsion tizimi ishlash jarayonida ajratiladigan xotira sohasi. Ilova va huj-jatlar o’rtasida grafik va matnli axborotlarni almashishga mo’ljallangan xotira.

Aloqa tuguni - tizimlar o’rtasida uzatiladigan axborotlar aloqasini ta’minlovchi apparat va programma ta’minoti.

Amaliy jarayon-foydalanuvchi topshirig’i bo’yicha baja-riladigan axborotni qayta ishlash jarayoni.

Amaliy programma - foydalanuvchi topshirig’ini bajaruvchi programma.

Arifmetik ifoda-qo’shish, ayirish, ko’paytirish, bo’lish, darajaga ko’tarish(^), ochuvchi ( va yopuvchi ) qavslar yordamida yozilgan son, funktsiya, indeksli va indekssiz o’zgauvchilar ketma-ketligidan iborat yozuv. Arifmetik ifoda natijasi son bo’ladi.

Axboriy bank-axborotlarni saqlash va qayta ishlashga imkon beruvchi axboriy, texnik, programmaviy, til va tashkiliy vositalar majmui.

Axboriy madaniyat - insonni barcha axborot texnolo-giyalaridan kerakli tarzda foydalana olishi.

Axboriy resuslar- ilmiy nazariya,jarayon va hodisalarni o’rganish borasidagi tadqiqotlar, kashfiyot, bino va mashinalar loyihalari, jamiyat va tabiat haqidagi xabarlarga asoslangan davlatning ma’naviy potentsiali.

Axboriy tizim-qandaydir usulda tuzilgan ma’lumotlar, ularni saqlash va qayta ishlashga mo’ljallangan qurilma(programmalar majmui).

Axborot tarmoqlari arxitekturasi - axboriy tizimlar birikmasini hosil qilish san’ati.

Axborotlar tuzilmasi - ma’lumotlarni tasvirlash va tashkil qilish to’g’risidagi kelishuv.

Axborotni boshqarish tili - xabarlarni izlash, ularni qayta ishlash va axboriy bazaga kirish bilan bog’lik amallarni aniqlashga mo’ljallangan axborot izlash tili.

Axborotni siqish - ma’lum hajmdagi axborotni saqlash uchun undagi bitlar sonini kamaytirish jarayoni.

Bayonnoma (protokol)- axboriy tizimlarni o’zaro faoliyatini ta’minlovchi masalalardan biri bajarilishini ifodalovchi qoida berilgan hujjat.

Bayt - kompyuter tomonidan yaxlit birlik sifatida qabul qilinadigan 8 bitdan iborat axborot. U turli belgilarni kompyuter da tasvirlash, ularni bir-biridan farqlash imko-niyatini beradi.

Bit - axborotning eng kichik biriligi bo’lib, u ikkilik sanoq sistemasidagi raqam. Bitning qiymati 0 yoki 1 ga teng.

Bog’langan fayllar -birinning bosh kaliti-ikkinchisi bosh kalitining katta qismini tashkil qiluvchi ikki ma’lumotlar fayli(DBF).

Bosish qurilmasi (printer)- axborotni qog’ozda akslantiruvchi qurilma.

Bosh kalit - qiymati ma’lumotlar faylidagi yozuvni bir qiymatli aniqlashga imkon beradigan DBF fayl yozuvlaridan iborat maydonlar majmui.

Boshqarish bayonnomasi (tarmoqlararo bayonnoma)- halqaro kompyuter tarmoqlarida ma’lumotlarni almashishni ta’minlovchi kelishuv haqidagi hujjat.

Boshqaruvchi belgi-kodlar jadvalidagi 32 dan kichik o’nli kodga mos keluvchi belgilar. Ulardan kompyuter qurilmalarini boshqarish va axborotlarni uzatish uchun foydalaniladi.

Boshlang’ich yuklash - kompyuter ni tokka ulaganda ishga tayyorlash.

Buyruq - axboriy tizim tomonidan axborotni qayta ishlash jarayoniga bog’lik aniq amal bajarilishini talab qiluvchi son, so’z yoki jumla.

Burash mintaqasi - hujjat yoki ro’yhat oynasining pastki yoki o’ng qismida joylashadi. Oynaga sig’magan hujjat bo’ylab ko’chib yurishga (skroling) xizmat qiladi (ko’rsatkich va bosqich bilan ta’minlangan).

Videoaxborot- turli tasvirlar(fotogarfiya, rasm va boshqalar) yordamida uzatiladigan axborotlar.

Videodisk- metall yoki plastmassadan ishlangan tekis disk.Uning satxiga lazer nuri yordamida o’qiladigan axborot yoziladi.

Vinchester – qattiq diskni programma tuzuvchilar tomonidan nomlanishi.

Virtual voqelik - axborot vositalarining eng dolzarb yo’nalishlaridan biri. Turli voqeliklarga taqlidni tasvirlovchi programmalar.

Grafik muxarrir - grafikli tasvirlarni yaratish va o’zgartirish uchun foydalaniladigan programma vositalari.

Deytagramma - qabul qiluvchi kompyuter ga oldindan xabar qilmasdan uzatilgan axborotlar paketi. Bu usul uncha katta bo’lmagan axborotlarni uzatishda foydalaniladi.

Disk yuritgich (diskovod) - egiluvchan magnitli diskka xizmat qiluvchi elektron-mexanik qurilma.

Drayver(driver) - amaliy programma va tashqi qurilma yoki xotira o’rtasida joylashgan tizim programmasi. U aniq bir vazifani bajaradi (Masalan, klaviatura, "sichqoncha", printer, monitor drayverlari).

Ilova oynasi - amaliy programma bajarilayotgan oyna.

Interfeys (interface)- o’zaro ta’sir, aloqa, birlashish, kelishish vositalari. Programma tuzuvchi, foydalanuvchi, kompyuter operatori interfeyslari bir-biridan farqlanadi. Interfeysning asosiy tushunchalari: menyu va muloqot oynasi.

Ifoda - ma’lum mulohazani yozish shakli. Ifoda operand (tashkil qiluvchilar)dan iborat bo’ladi. Ular bir-biri bilan ifodaning ma’nosini bildiruvchi maxsus belgilar yordamida birlashtiriladi. Amaliy informatikada arifmetik, shartli va mantiqiy ifodalar farqlanadi.

Kengaytma - fayl nomining bir qismi bo’lib, faylda ifodalangan axborot turini aniqlaydi.

Klient (Client) – tarmoqning qaeridadir joylashgan servisdan foydalanuvchi nomidan xizmat oladigan amaliy programma.

Mantiqiy disk - qattiq magnitli disk xotirasining bo’lagi bo’lib, bu bo’laklar S: ,D:, E: va boshqa lotin alifbosi harflari bilan belgilanadi.

Mantiqiy ma’lumot - "Haqiqat" yoki "Yolg’on"(1 yoki 0) qiymatlaridan birini qabul qiluvchi ma’lumot.

Matn muxarriri - matnli fayl va matnli hujjatlarni kiritish va o’zgartirishga mo’ljallangan programma vositalari.

Matnli fayl - o’zgaruvchan uzunlikdagi qatorlardan iborat fayl bo’lib, har bir satri kodlar jadvalidagi ixtiyoriy belgilar majmui. Ma’lum amalni bajarishga, vazifani bajarish yo’nalishini o’zgartiruvchi, tanlash maydoni turidagi bandlardan iborat. Asosiy, gorzontal, vertikal menyular bir-biridan farqlanadi.

Ma’lumot -ob’ektning muayyan xususiyatini belgilovchi ko’rsatkich bo’lib, u ko’rilayotgan ob’ektni aniq bir nusxasi uchun ma’lum sonli, matnli yoki boshqa qiymat qabul qiladi.

Ma’lumotlar ombori (MO)-qaralayotgan sohadagi ob’ektlar holatini va ular o’rtasidagi munosabatlarni aniqlovchi nomlan-gan ma’lumotlar majmuidir. Relyatsion, shajarasimon va to’rsi-mon tuzilishdagi MO farqlanadi.

Ma’lumotlar ombori tizimi (MOT)- MO bilan to’ldirilgan MOBT ma’lumotlar banki (MB). Markaz-lashtirilgan yig’ish va jamoa bo’lib foydalanishga mo’ljallangan ma’lumotlarning MO texnologiyasiga asoslangan programma, til, tashkiliy va texnik vositalari. Ma’lumotlar tuzilishini normallashtirish - shajarasimon daraxt shoxlari orqali bargni mos shoxga va tugunga joylashtirish jarayoni. Bosh kalit - MO dagi ixtiyoriy yozuvni tanlab olish imkonini beruvchi yozuv bo’lib, u ob’ektni bir nusxasidan boshqasini farqlay oladi.

Ma’lumotlar omborini boshqarish tizimi (MOBT) MO ni yaratish, yuritish va ko’p foydalanuvchilar tomonidan birgalikda qo’llanishga mo’ljallangan til va programma vositalarining majmui.

Menyu - tanlash mumkin bo’lgan ob’ekt (narsa) lar ro’yhati.

Mikroprotsessor - kompyuter ning "miya" si. Unga tushadigan buyruqlarni bajaradi va boshqa qurilmalar ishini boshqaradi.

Modem (Modulyator, Demodulyator)- kompyuter ni axborot uzatish tizimi bilan o’lchovchi qurilma.

Monitor (displey) - elektron nurli truba asosida ishlaydigan televizor ekrani bo’lib axborotlarni o’zida akslantiradi.

Muloqot oynasi – aniq ma’lumotni kiritishga so’rov beriladigan joy.

Mulьtimedia (mulьti-ko’p, media-vosita) -axborotlarni akslantirish ko’p axboriy vositalar (ovoz, rasm, fotografiya, musiqa va boshqalar)dan foydalanish.

Oyna - ekranni to’rtburchak hoshiya bilan chegaralangan bo’lagi.

Operativ xotira - har biri bir baytni saqlashga mo’ljallangan elektron uyachalar majmui. Bu uyachalar 0,1,2,... 35000, 35001,..sonlar bilan tartiblanadi. Uyachaning tartib soni unga shu paytda yozilgan baytning adresi deyiladi.

Pereklyuchatelь - menyu bandi, uskunalar panelidagi piktogramma, muloqot oynasidagi maydon.

Piksel - videoadapter tomonidan (monitor ekranida) yaratilgan tasvirning minimal elementi (Picture Element - pel).

Piktogramma (ikonka)- programma yoki programmalar gu-ruxini ifodalovchi belgi.

Programma guruxi - hujjat oynasiga ochiladigan u yoki bu ma’noda bir xil turdagi programma bilan beriladi.

Punkt - shrift o’lchami (balandligi) ning birligi bo’lib, uning qiymati 1 72 dyuymga teng(1 dyuymq 2,54 sm).

Relyatsion yondoshuv - ixtiyoriy tuzilishdagi ma’lumotlarni sodda ikki o’lchovli jadval ko’rinishda tasvirlash.

Sichqoncha-ekran koordinatorlarini ko’rsatish va sodda buyruqlarni bajarishga mo’ljallangan qurilma (manipulyator).

Takrorlanuvchi gurux - ob’ektning har bir nusxasiga mos holda turli hajmda mos keladigan axborot.

Tanlash maydonlari guruxi - menyuning bitta va faqat bittasi tanlanadigan bandlari (Masalan, piktogramma, muloqot oynasi maydonlari). Tanlangan maydon bajariladigan vazifani mumkin bo’lgan hollaridan birini amalga oshirishni ta’minlaydi.

Tarmoq grafigi - tarmoqning aloqa kanallari orqali vaqt birligi ichida o’tuvchi axborot hajmi. U muhim ko’rsatkich bo’lib tarmoqning qanchalik bandligini va holatini ko’rsatadi.

Telekommunikatsiya - axbortni uzatishga telealoqa vositalarini qo’llash.

Uskunalar paneli - foydalanuvchi grafik interfeysi elementlari. Uning yordamida uskunaviy vazifalar va programma boshqaruvi bajariladi.

Fayl adresi - faylning to’la nomi bo’lib, u fayl joylashgan diskning mantiqiy nomi, unga yo’l va nomi hamda kengaytmasini ko’rsatadi. Masalan: S: -kafedra-kitob-bob1.txt.

Fayllarni arxivliash - diskdagi joyni tejash maqsadida fayllar guruxini bitta arxiv faylga joylashtirish amali.

Faylni chetlatish - diskda shu fayl joylashgan qismni boshqa fayllar joylashishi uchun ochiq deb e’lon qilish.

Hujjat - amaliy programma yordamida qayta ishlanadigan ob’ekt.

Egiluvchan disk - axborotlarni doimiy saqlash uchun ishlatiladigan magnitli axborot to’plagich.

Elektron jadvallar - jadval ma’lumotlarini qayta ishlash uchun mo’ljallangan programma vositalari.



Elektron nashr – maqola va kitoblarni kompyuter da tashkil qilish va undan foydalanish tizimi.


















"Kimyoda kompyuter modellashtirish" fanining ishchi o`quv dasturi tuzilmasi va mazmuni.


Kirish

“Kimyoda kompyuter modellashtirish” fani kompyutеr kimyo yoki molеkulyar modеllash – kompyutеr vositalari yordamida kimyoviy birikmalarning xususiyatlari va tuzilishini modеllashtirishi, turli xil birikmalarni ularning xususiyatlariga qarab kеng skrining qilish, ularning sintеz yo’llarini, ba'zi kimyoviy rеaktsiyalar va jarayonlarni matеmatik modеllash, ularning tuzilishi va biologik faolliklarini bashorat qilish imkonini bеradi.


O`quv fanining maqsadi va vazifalari

Fanning maqsadi - talabalarda kimyoviy birikmalarning tuzilishi va xossalarini o’rganishni matеmatik nuqtai nazardan tasavvur xosil qilish va bеrilgan masalalarni kompyutеr sistеmasi yordamida еchim usullarini o’zlashtirishdan iborat.

Fanning vazifasi - kimyoviy birikmalarning tuzilishi va xossalarini matеmatik modеllash usullari matеmatik nisbatlar (modеllar) ni kompyutеr vositasi yordamida analiz (taxlil) qilishga asoslangan.

Fan bo`yicha bilim, ko`nikma va malakaga qo`yiladigan talablar


“Kimyoda kompyuter modellashtirish” o`quv fanini o`zlashtirish jarayonida amalga oshiriladigan masalalar doirasida bakalavr:

- zamonaviy kompyutеr sistеmasi imkoniyatlaridan xabardor bo’lish va unda ishlashni bilish;

- kompyutеr sistеmasida qabul qilingan formatda aniq bir kimyoviy masalani qo’yishni bilish;

- matеmatik modеllash (o’ta muxim bilim) va qisob-kitob natijalarini tushunish uchun nazariy kimеning asosiy qoidalarini bilish va tushuntirish ko`nikmalariga ega bo`lishi kerak;

- zamonaviy dasturlar paketi yordamida molekulalarning miqdoriy ko`rsatkichlarini ҳisoblash malakalariga ega bo`lishi kerak.
Fanning o`quv rejadagi boshqa fanlar bilan o`zaro bog’liqligi va uslubiy jixatdan uzviy ketma-ketligi

Dasturni amalga oshirish o`quv rejasida nazarda tutilgan matematik va tabiiy, umumkasbiy va ixtisoslik fanlaridan etarli bilim va ko`nikmalarga ega bo`lishlik talab etiladi.

Fanning ishlab chiqarishdagi o`rni

“Kimyoda kompyuter modellashtirish” umumiy kursi kimyoviy birikmalarning xususiyatlari va tuzilishini modеllashtirishi, turli xil birikmalarni ularning xususiyatlariga qarab kеng skrining qilish, kimyoviy rеaktsiyalar va jarayonlarni matеmatik modеllash, ularning tuzilishi va biologik faolliklarini bashorat qilish imkonini beradi, reaktsion qobiliyati, sintez jarayonlari oldindan aytib beradi.


ASOSIY QISM

Umumiy va o`quv ishlari turlari bo`yicha qajmi

Fanga umumiy 140 soat ajratilgan bo’lib, shundan auditoriiya mashg’ulotlari 84 soat bo’lib, ikki semester davomida haftasiga 4 soatdan o’tiladi.
Semestr bo’yicha mashg’ulotlarga ajratilgan soatlar taqsimoti



Download 12.13 Mb.
1   2   3   4   5   6




Download 12.13 Mb.