• Membuat Plot Potensial Elektrostatik
  • Membuat Plot Rapatan Muatan Total dan Rapatan Spin Total
  • Membuat Plot Orbital-orbital Molekular Individual
    		•

    Perhitungan orbital molekuler




    Download 1,08 Mb.
    bet1/10
    Sana25.03.2017
    Hajmi1,08 Mb.
    #2516
      1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

    PERHITUNGAN ORBITAL MOLEKULAR
    Dalam bab ini, molekul air digunakan untuk perhitungan orbital molekular. Karena itu, pertama-tama, buatlah sketsa trimatra dari molekul air. Kemudian putarlah keseluruhan molekul air sedemikian rupa sehingga sumbu inersial sekundernya, yakni sumbu simetri dalam bidang molekul, sejajar dengan sumbu-Y. Caranya, klik-kiri Edit-Align Molecules untuk membuka kotak dialog Align Molecules, lalu pilihlah Secondary pada kotak Align, dan Y Axis pada kotak With (Gambar 106).


    Gambar 106
    Pastikan bahwa Minor Axis dimatikan, karena Anda tidak ingin menentukan suatu penjajaran sekunder, lalu klik-kiri OK, maka molekul air akan terorientasi seperti pada Gambar 107. Simpanlah struktur yang Anda buat dalam arsip h2o.hin pada direktori Latihan.


    Gambar 107
    Menghitung Muatan Atomik (Fungsi Gelombang)

    Mula-mula, klik-kiri Display-Labels-Charge-OK untuk memberi label muatan atom pada molekul air. Akan diperoleh muatan 0.00 untuk semua atom yang menunjukkan bahwa belum ada muatan yang diset untuk molekul itu. Untuk menghitung muatan atomik tersebut, klik-kiri Setup-Semi-empirical, lalu pada kotak dialog Semi-empirical Method (Gambar 108), pilihlah metode CNDO.





    Gambar 108
    Selain Extended Hückel, semua metode mekanika kuantum semiempiris yang disedia-kan oleh HyperChem merupakan metode Self-Consistent Field (SCF). Metode CNDO adalah metode SCF paling sederhana, yang bermanfaat untuk menghitung sifat-sifat elektronik keadaan-dasar dari sistem kulit-terbuka atau -tertutup, optimalisasi geometri, dan energi total. Pembahasan rinci tentang metode-metode itu berada di luar cakupan penuntun ini.

    Klik-kiri Options, maka muncul kotak dialog Semi-empirical Options, lalu masukkan peubah-peubah seperti pada Gambar 109.




    Gambar 109


    1. Muatan total ialah 0, karena air merupakan molekul netral. Kation memiliki muatan total positif, sedangkan muatan total anion negatif.

    2. Nilai multiplisitas spin total (2S+1; S = spin elektron total dari sistem) ialah 1 (singlet) yang mengasumsikan bahwa air merupakan sistem tertutup. Suatu sistem terbuka dapat memiliki multiplisitas 2, 3, 4 (doblet, triplet, kuartet), atau lebih tinggi.

    3. Untuk menghitung interaksi spin, digunakan perhitungan SCF dengan metode Restricted Hartree-Fock (RHF), yang mensyaratkan bahwa sepasang spin elektron menempati orbital ruang (spatial orbital) yang sama, dan bahwa sebuah orbital dapat ditempati oleh elektron tunggal. Jika digunakan metode Unrestricted Hartree-Fock (UHF), setiap jenis spin elektron akan ditempatkan pada orbital-orbital ruang yang terpisah (α dan β).

    4. Perhitungan diset dengan limit konvergensi (konvergensi = keadaan menuju satu titik temu) 0,0001 dan limit ulangan (iterasi) 50. Ini berarti perhitungan berakhir apabila sebelum ulangan ke-50, perbedaan energi setelah dua ulangan berurutan kurang dari 0,0001 kkal mol-1, atau jika telah dilakukan 50 ulangan, sekalipun perbedaan energi masih lebih dari 0,0001 kkal mol-1. Apabila saat limit ulangan tercapai, perhitungan masih jauh dari konvergensi, atau jika energi sistem berosilasi, hasilnya dapat menjadi tidak tepat. Semakin kecil limit konvergensi dan semakin besar limit ulangan, fungsi gelombang yang diperoleh akan semakin ajek. Nilai patokan mereka berturut-turut 0,01 kkal mol-1 dan 50, sedangkan kisaran praktisnya berturut-turut 1–10-3 dan 50–200. Nilai limit konvergensi yang kecil dan limit ulangan yang besar diperlukan saat mencari keadaan peralihan.

    5. Perhitungan dilakukan pada keadaan elektronik terendah (Lowest) dari multiplisitas spin yang digunakan, tanpa akselerasi konvergensi khusus. Keadaan yang terendah berikutnya (Next Lowest) ialah keadaan tereksitasi secara elektronik yang pertama.

    Klik-kiri OK dua kali, lalu klik-kiri Compute-Single Point untuk melakukan perhitungan titik tunggal. (Perhatikan munculnya ikon HyperNDO saat berlangsungnya perhitungan mekanika kuantum semi-empiris.) Energi, gradien, dan muatan atomik seharusnya seperti pada Gambar 110. (Nilai energi dan gradien Anda mungkin sangat sedikit berbeda).



    Gambar 110

    Membuat Plot Potensial Elektrostatik


    Setelah menghitung fungsi gelombang, Anda dapat menampilkan peta kontur dari potensial elektrostatik. Membuat plot potensial elektrostatik mungkin memerlukan lebih banyak waktu daripada menghitung fungsi gelombang. Ini disebabkan nilai-nilai harus dihitung pada sejumlah besar titik grid untuk memperoleh kontur.

    Mula-mula Anda hilangkan label atom, lalu klik-kiri Compute-Plot Molecular Graphs untuk membuka kotak dialog Plot Molecular Graphs Options (Gambar 111).




    Gambar 111

    Pilihlah Electrostatic Potensial sebagai jenis grafik yang hendak Anda tampilkan, dengan gambaran 2D Contours. Kemudian klik-kiri ‘tab’ Contour Grid; pada lembar sifat (property sheet) Contour Grid, masukkan peubah-peubah seperti pada Gambar 112.




    Gambar 112


    1. Nilai 60 untuk Horizontal- dan Vertical grid points berarti setiap garis kontur horizontal maupun vertikal merupakan hasil interpolasi nilai-nilai potensial elektrostatik dari 60 titik grid. Dengan kata lain, resolusi garis kontur horizontal maupun vertikal adalah 60. Nilai patokan ialah 45, sedangkan kisarannya 2 sampai dengan 8,172.

    2. Nilai 30 untuk Contour levels artinya peta kontur potensial elektrostatik disusun oleh 30 garis kontur. Nilai patokan ialah 15, sedangkan kisarannya 1 sampai dengan 32,767.

    3. Plane offset sebesar 0,5 Å berarti bidang patokan tempat membuat peta kontur, yang terletak sejajar dengan ruang kerja (bidang-XY), digerakkan 0,5 Å sepanjang sumbu-Z dari pusat massa atom atau ikatan yang dipilih, atau jika tidak ada pilihan aktif, dari pusat massa sistem keseluruhan, menuju pengamat. Jika digerakkan sepanjang sumbu-Z men-jauhi pengamat, maka plane offset bernilai negatif.

    Klik-kiri OK, dan dihasilkan peta kontur potensial elektrostatik seperti pada Gambar 113.


    Gambar 113
    Jumlah garis kontur yang ditampilkan akan beragam terhadap Starting Value dan Increment yang digunakan; tampilan Anda mungkin agak berbeda dari Gambar 113.

    Untuk mengubahnya menjadi kontur isosurface trimatra, buka kembali kotak dialog Plot Molecular Properties Options, lalu pilihlah gambaran 3D Isosurface sebagai pengganti 2D Contours. Kemudian klik-kiri ‘tab’ Isosurface Rendering; pada lembar sifat Isosurface Rendering, masukkan peubah-peubah seperti pada Gambar 114.




    Gambar 114


    1. Nilai 0.1 untuk Electrostatic potential contour value berarti permukaan menunjukkan posisi dalam ruang trimatra yang memiliki potensial elektrostatik sebesar 0,1e/ao.

    2. Dengan memilih ‘Shaded surface’ sebagai Rendering, digambarkan permukaan yang berbayangan dan padat, serta dibagi menjadi segmen-segmen kecil untuk pewarnaan sehingga memberi tampilan trimatra yang cukup baik pada kecepatan sedang.

    Setelah itu, klik-kiri ‘tab’ Isosurface Grid untuk membuka lembar sifat Isosurface Grid (Gambar 115).


    Gambar 115
    Lembar ini memungkinkan Anda memilih apakah permukaan sebaiknya digambarkan dengan sedikit titik (untuk gambar kasar yang digambarkan dengan cepat) atau banyak titik (untuk gambar halus yang memerlukan waktu lebih lama untuk menggambarnya). Pilihlah grid dengan ukuran mesh Medium, lalu klik-kiri Close untuk memulai perhitungan. Setelah beberapa saat, diperoleh isosurface potensial elektrostatik seperti pada Gambar 116.



    Gambar 116
    Untuk mengubahnya menjadi kontur isosurface terpetakan trimatra, buka kembali kotak dialog Plot Molecular Properties Options, lalu pilihlah 3D Mapped Isosurface sebagai pengganti 3D Isosurface. Dengan gambaran ini, akan ditampilkan permukaan trimatra yang digambarkan dengan suatu nilai yang ditentukan oleh Total Charge Density (lihat subbab berikut), tetapi diwarnai menurut nilai potensial elektrostatik.

    Selanjutnya, bukalah kembali lembar sifat Isosurface Rendering:



    1. Pada kotak teks Electrostatic potential contour value isikan 0.1, maka permukaan menun-jukkan posisi dalam ruang trimatra yang memiliki rapatan muatan total sebesar 0,1e/ao3.

    2. Pilihlah ‘Gouraud shaded surface’ sebagai Rendering untuk menggambarkan permukaan berbayangan dan halus. Permukaan yang tak tembus-cahaya ini memberikan penampilan trimatra yang optimal, tetapi perlu waktu lama untuk menghitung dan menampilkannya.

    Sesudah itu, klik-kiri ‘tab’ Mapped Function Options; pada lembar sifat Mapped Function Options, masukkan peubah-peubah seperti pada Gambar 117.


    Gambar 117


    1. Dengan nilai minimum sebesar –1.0 dan nilai maksimum sebesar 1.0, permukaan akan diwarnai berdasarkan potensial elektrostatik, mulai dari satu warna untuk nilai 1,0e/ao sampai satu warna lainnya untuk nilai –1,0e/ao.

    2. Pengaktifan pilihan Display range legend berarti akan digambarkan suatu legenda yang menunjukkan bagaimana warna-warna permukaan menunjukkan nilai-nilai yang berbeda.

    Klik-kiri OK, dan setelah beberapa saat, diperoleh isosurface-terpetakan potensial elektro-statik seperti pada Gambar 118.


    Gambar 118

    Membuat Plot Rapatan Muatan Total dan Rapatan Spin Total


    Anda juga dapat menampilkan peta kontur dari rapatan muatan (elektron) total. Karena CNDO dan metode-metode semi-empiris lainnya yang tersedia pada HyperChem tidak mencakup elektron-elektron kulit-sebelah-dalam (misalnya elektron 1s dari oksigen dalam air), rapatan muatan yang ditampilkan hanya rapatan muatan valensi. Untuk membuat kontur dwimatra, pada kotak dialog Plot Molecular Properties, pilihlah Total Charge Density sebagai jenis plot, dengan gambaran 2D Contours, lalu klik-kiri OK. Setelah beberapa saat, plot rapatan muatan total muncul seperti pada Gambar 119.


    Gambar 119
    Rapatan muatan total juga dapat digambarkan sebagai 3D Isosurface, tetapi tidak sebagai 3D Mapped Isosurface.

    Rapatan spin total dapat diplot dengan cara yang sama seperti rapatan muatan total. Akan tetapi, dalam kasus molekul air (dan semua sistem lain yang semua elektronnya berpasangan), nilai rapatan spin total 0 di mana-mana, dan tidak ada yang dapat diplot. Rapatan spin dapat dihitung dan ditampilkan untuk sistem-sistem kimiawi dengan elektron-elektron yang tidak berpasangan.


    Membuat Plot Orbital-orbital Molekular Individual


    HyperChem juga memungkinkan Anda membuat plot orbital molekular individual apapun – baik orbital itu sendiri, yang menunjukkan peluang menemukan elektron, maupun nilai kuadratnya, yang menunjukkan rapatan atau distribusi peluang menemukan elektron – untuk sebuah elektron dalam orbital itu. Orbital ditentukan relatif terhadap orbital molekular tertinggi yang ditempati (HOMO) dan orbital molekular terendah yang tidak ditempati (LUMO).

    Dalam latihan ini, Anda membuat plot orbital molekular dalam urutan meningkatnya energi. Untuk air, CNDO menggunakan kelompok dasar dari 6 orbital atomik (2s, 2p pada oksigen dan 1s pada kedua hidrogen), dan menghitung 6 orbital molekular. Orbital 1b1 menjadi HOMO, dan tiga orbital (3a1, 1b2, dan 2a1) berturut-turut berenergi lebih rendah daripadanya. Orbital 4a1 menjadi LUMO, dan di atasnya terdapat orbital 2b2. Jadi, ada empat orbital molekular yang ditempati, sedangkan dua lainnya tidak ditempati. Hilangnya kulit sebelah-dalam dari elektron-elektron 1s oksigen menerangkan hilangnya orbital 1a1.

    Pertama-tama, Anda diminta membuat plot orbital 2a1, yaitu orbital berenergi terendah yang dihitung untuk molekul air, dengan prosedur berikut.


    1. Klik-kanan kursor Selection tool pada daerah kosong untuk membersihkan ruang kerja.

    2. Bukalah kotak dialog Orbitals (Gambar 120) dengan cara klik-kiri Compute-Orbitals.




    Gambar 120


    1. Orbital 2a1 berenergi tiga tingkat lebih rendah daripada HOMO (HOMO-3), maka pilihlah HOMO-, lalu ketik 3 pada kotak teks Number. Anda juga dapat memilih orbital 2a1 dengan mengklik-kiri tingkat energi orbital tersebut pada diagram tingkat energi.

    2. Pilihlah 3D Isosurface dan nonaktifkan Orbital squared sehingga diperoleh plot isosurface trimatra dari orbital terpilih. Jika memilih 2D Contours, diperoleh plot kontur dwimatra, sedangkan jika Orbital squared aktif, diperoleh plot kuadrat dari orbital terpilih.

    3. Klik-kiri Options untuk membuka kotak dialog Plot Orbital Options (Gambar 121), lalu klik-kiri ‘tab’ Isosurface Rendering. Pilihlah Wire mesh sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05.




    Gambar 121


    1. Klik-kiri OK, lalu Close, maka HyperChem menampilkan orbital ikatan 2a1 yang simetrik dari air sebagai permukaan transparan dari garis-garis yang bersilangan (Gambar 122).




    Gambar 122
    (Sebagai cara alternatif untuk langkah 5–6, Anda klik-kiri OK untuk menutup kotak dialog Orbitals, lalu klik-kiri Display-Isosurface atau tekan F4 untuk membuka kotak dialog Plot Molecular Properties. Pada lembar sifat Isosurface Rendering, pilihlah Wire Mesh sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05, lalu klik-kiri OK.)
    Latihan 11:

    Buatlah orbital ikatan 3a1 (orbital HOMO-1) dari molekul air menggunakan Jorgensen-Salem sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05. Hasil yang akan Anda peroleh ditunjukkan pada Gambar 123.




    Gambar 123
    Model Jorgensen-Salem juga menggambarkan permukaan transparan dari garis-garis yang bersilangan seperti pada model Wire mesh, tetapi bagian yang dekat dengan pengamat dapat menutupi bagian lain yang terletak lebih jauh. Untuk menunjukkan hal ini, putarlah struktur yang Anda buat di Latihan 11 sehingga salah satu cuping menutupi cuping lainnya. Jika warna ruang kerja diatur ke putih dan warna ikatan diatur ke hitam, (yang berguna untuk cetakan hitam-putih,) orbital akan digambarkan dengan garis-garis utuh untuk cuping positif, dan garis-garis putus-putus untuk cuping negatif (lihat Gambar 123).
    Latihan 12:

    Buatlah orbital ikatan 1b2 (orbital HOMO-2) dari molekul air menggunakan Lines sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05. Hasil yang akan Anda peroleh ditunjukkan pada Gambar 124.




    Gambar 124
    Model Lines serupa dengan model Jorgensen-Salem, kecuali dalam hal tidak tampak-nya struktur molekular. Dengan memutar struktur yang Anda buat di Latihan 12 mengelilingi sumbu-Y, juga akan ditemukan bahwa salah satu cuping orbital dapat menutupi lainnya.


    Latihan 13:

    1. Buatlah orbital ikatan 1b1 (orbital HOMO-0) dari molekul air menggunakan Flat Surface sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05, sehingga dihasilkan permukaan padat tidak berbayangan. Perhatikan bahwa orbital itu memiliki sebuah simpul pada bidang-XY.

    2. Untuk menampilkannya secara utuh, putarlah molekul air 90o mengelilingi sumbu-X sehingga berada pada bidang-XZ (molekul tampak sebagai sebuah garis). Caranya, klik-kiri Edit-Rotate, lalu pilihlah Rotate About: X Axis dengan Angle: 90, Apply To: Viewer, dan klik-kiri OK. Hasil yang akan Anda peroleh ditunjukkan pada Gambar 125.




    Gambar 125
    (Saat memutar molekul air, Anda dapat menyembunyikan isosurface terlebih dahulu dengan menonaktifkan item Show Isosurface pada menu Display, atau menekan F3. Untuk menampil-kannya kembali, tekan F3 sekali lagi.)
    Latihan 14:

    1. Kembalikan orientasi molekul seperti semula dengan mengubah Angle pada kotak dialog Rotate menjadi –90o.

    2. Buatlah orbital ikatan 4a1 (orbital LUMO+0) dari molekul air menggunakan Shaded surface sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05. Hasil yang akan Anda peroleh ditunjukkan pada Gambar 126.




    Gambar 126

    1. Buatlah orbital ikatan 2b2 (orbital LUMO+1) dari molekul air menggunakan Translucent surface sebagai Rendering, dengan Orbital contour value: 0.05, lalu ubahlah model molekul ke Balls and Cylinders.

    2. Ubahlah warna cuping positif menjadi merah dan cuping negatif menjadi biru dengan cara mengklik-kiri File-Preferences, lalu memilih warna-warna yang diinginkan pada lembar sifat Isosurface Colors. Hasil yang akan Anda peroleh ditunjukkan pada Gambar 127.




    Gambar 127
    Uji Mandiri:

    Siklopropana ialah molekul organik yang terikan. Buatlah struktur trimatranya diawali dengan menggambar segitiga atom karbon. Panjang ikatan eksperimental untuk siklopropana adalah 1,510 Å (ikatan C-C) dan 1,089 Å (ikatan C-H). Lakukan optimalisasi RHF dari struktur yang dibangun oleh model menggunakan kriteria konvergensi patokan, dan bandingkan hasil-hasilnya dengan percobaan.






    Download 1,08 Mb.
      1   2   3   4   5   6   7   8   9   10




    Download 1,08 Mb.