Kimyoviy kompyuter modellash




Download 14.25 Mb.
bet11/23
Sana23.12.2019
Hajmi14.25 Mb.
1   ...   7   8   9   10   11   12   13   14   ...   23

Gamess Z-matritsasi


dis6=1.0900

ang6=120.000

dih6=180.000

dis7=1.0900

ng7=120.000

dih7=0.000

dis8=1.0900

ang8=120.000

dih8=0.000

dis9=1.0900

ang9=120.000

dih9=0.000

disl0=1.0900

angl0=120.000

dihl0=180.000 $END

Gaussian Z-matritsasi


!%chk=temp #kalit so’zlar

Winmostarda tuzilgan

0 1

С

С 1 R2



С 2 R3 1 A3

С 3 R4 2 A4 1 D4

Н 1 R5 2 A5 3 D5

Н 1 R6 2 A6 3 D6

Н 2 R7 1А7 2 D7

Н 3 R8 2 А8 1 D8

Н 4 R9 3 А9 2 D9

Н 4 R10 3 A10 2 D10

R2 1.558823529

R3 1.690409033

R4 1.569852463

R5 1.078843504

R6 1.120401994

R7 1.190973517

R8 1.145530658

R9 1.320237706

Gaussian Z matrisasi Winmostar,

Gaussveiw va boshqa interfeyslar

yordamida tuzilishi mumkin.

Kalit so’zlaridan keyin uchta

qatorga kerakli izohlarni yozish

mumkin.


Undan keyin birikma zaryadi (0) va

spin kattaligi (1) bir qatorda

ketma-ket kiritiladi. Butadienning

to’rtta uglerod atomi va vodorod

atomlari chizilgan tartibi bo’yicha

kiritiladi. Bog’ uzunliklari R, valent

burchak A hamda torsion burchak D

raqamlangan harflari bilan belgilab

olinib, ularning kattaliklari atomlar

kiritilib bo’lgandan keyin kiritiladi.



R10 1.179696487 A3 149.3475341 A4 144.9819680 A5 122.8249468 A6 121.9767070 A7 123.4325463 A8 99.3316894 A9 136.5497755 A10 127.8344523 D4 -180.0000000 D5 0.0000000 D6 179.9999991 D7 0.0000000 D8 0.0000000 D9 0.0000000 D10 -180.0000000
Foydalanilgan adabiyotlar:

  1. J.C.Cramer, Essentials ofcomputational chemistry. Theories and Models. Second Edition. John Wiley.2004.

  2. A.G.Eshimbetov, A.X.Xayitboyev, S.A.Maulyanov, H.S.Toshev. Kompyuter kimyosi. O’zMU. 2015. 112 b.

  3. Кларк Т. Компьютерная химия, М., Мир, 1990.

10- MA’RUZA

Zichlik funktsionali nazariyasiga asoslangan gibrid usullar

Reja:


  1. Hisoblashlarda erituvchi ta’sirini inobatga olish usullari

  2. Atom zaryadlarini hisoblash usullari

  3. Birikmalarni reaksion qobilyatini baholash

Bugungi kunda funksional zichlik nazariyasi (DFT-Density Functional Theory) kimyo va fizika sohalaridagi ko’pchilik muammolarni yechishda keng qo’llanilib kelinmoqda. Maxsus, faqat DFT hisoblashlarini amalga oshiradigan majmualar yaratilgan. DFT usullari Firefly/Gamess, Gaussian va boshqa majmualarga kiritilgan.

Bu usul asosida Kon-Shem yondoshuvi yotadi. Bunga, 1964 yilda Xoenberg va Kon tomonidan taklif qilingan teoremalar asos bo’lgandi.

Unga ko’ra molekulaning asosiy elektron holatdagi xossalari asosiy holat elektron zichlik funktsiyasi ρ0(x,y,z) bilan aniqlanadi.

Matematika kursidan ma’lumki, funksiya biron bir sonni xuddi shunday songa yoki boshqasiga o’girish xususiyatidir. Buni kalkulyatorda amallarni bajarishga o’xshatish mumkin. Masalan, 2 sonini yozib x3 funksiyasini bajarsak 8



soni chiqadi.


Xoenberg-Kon teoremasiga ko’ra, molekulaning asosiy holatdagi xossasi asosiy holat zichligining funksiyasidir. Masalan, sistema energiyasi E0 zichlik funksiyasi natijasida topilishi mumkin: p0(x,y,z) - E0.

Funksiyani F[p0] bilan belgilasak, E0 = F[p0] = E[p0] (11).

Kon va Shem tomonidan orbitallarni hisoblash sxemasining kiritilishi DFT-ning kompyuter kimyoda keng miqyosda qo’llanilishiga olib keldi. Kon-Shem nazariyasining asosiy g’oyasi kinetik energiya funksionalini ikki qismga (Ts va Tc) bo’lishdan iborat.

1-chisi (Ts), ta’sirlashmayotgan elektronlar sistemasi hisoblanishini, 2-chisi

(Tc) toTdiruvchi (korreksiya) qismni ifodalaydi (correction).

T[p] = Ts[p] + Tc[p] (12),



Bu yondoshuv asosida molekulyar sistemalarni xuddi XFR usulidek o’rganish imkoniyati tug’ildi, yani orbitallarni tuzish MO AOChK usulida olib boriladi va atom orbitallarni ifodalash basis to’plamlari yordamida olib boriladi, yana shuningdek, orbitallar va ularning energiyalari MMU bilan aniqlanadi.



Zichlik funksionali nazariyasida xuddi XFR tenglamasidek Kon-Shem tenglamasi mavjud:

DFT yondoshuvida K,v- matritsasi Fok matritsasiga o’xshash. Kon-Shem



orbitallarining energiyasi quyidagi asriy tenglamadan topiladi:

Umumiy energiya XFR usulida quyidagicha topilishini inobatga olsak:

ETotal=T + Ene + J + K+Enn (16)

DFT usulida ham xuddi shunga o’xshash:

EDFT [p]=Ts[p] + Ene [p] + J[p]} + Exc[p] (17)

16 tenglamada Ene- elektronlarning yadroga tortishish energiyasi, J-elektronlarning o’zaro itarishish kulon energiyasi, K-almashinuv energiyasi, Enn-yadrolararo ta’sirlashuv, Born-oppengeymer yaqinlashuviga ko’ra Enn=const.

17 tenglamadagi kinetik energiys Ts Kon-Shem orbitallaridan tashkil topgan Sleyter determinant yordamida topiladi. Exc - korrelyasion-almashinuv funksionali.

Yarim empirik hisoblashlarda (Mopac) ELECTRONIC ENERGY 16 tenglamadagi T, Ene, J va К energiyalar summasini ifodalaydi. CORE-CORE REPULSION esa Enn-ni ifodalaydi:




Firefly/Gamess programmasida ab initio va DFT hisoblashlarda bir elektronli va ikki elektronli integrallar energiyalari (hartrida, lhartri=627.51 kkal/mol) alohida ko’rsatiladi. Undan tashqari potensial energiya tarkibiy qismlari ham ko’rsatilgan bo’ladi.

17 tenglamadagi tenglamadagi EXC qiymatini topish orqali ko’p elektronli sistemalarning umumiy energiyasini aniqlash mumkin. Ammo, amaliyotda uning aniq qiymati ma’lum emas. Ma’lum bo’lgan DFT usullari parametrlash natijasida topilgan Exc[ρ] funksionali bilan farq qiladi.



Download 14.25 Mb.
1   ...   7   8   9   10   11   12   13   14   ...   23




Download 14.25 Mb.

Bosh sahifa
Aloqalar

    Bosh sahifa



Kimyoviy kompyuter modellash

Download 14.25 Mb.