|
-Mavzu. Zamonaviy bioinformatsion ma'lumot bazalari. Oqsil ketma-ketligi ma’lumot bazalari
|
| bet | 5/50 | | Sana | 24.03.2024 | | Hajmi | 271.56 Kb. | | #176114 |
Bog'liq 1-Mavzu. Kirish-www.fayllar.org Kurs ishi. Toshpo\'lato\'va M, Qarshi davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti zoologiya va -fayllar.org, I bob. Bioinformatika (1)3-Mavzu. Zamonaviy bioinformatsion ma'lumot bazalari. Oqsil ketma-ketligi ma’lumot bazalari .
Reja:
Bioinformatsion ma’lumot bazalari
Zamonaviy ma’lumot bazalari bian ishlash
Ma'lumotlar bazalari va dasturlar. NCBI
GenBank
EMBL- Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi
DDBJ- Yaponiya DNK ma'lumotlar bazasi
Entrez - bu NCBI-ning qidiruv va qidiruv tizimi bo'lib, foydalanuvchilarga ketma-ketlik, xaritalash, taksonomiya va tarkibiy ma'lumotlarga yaxlit kirishni ta'minlaydi.
Zamonaviy ma'lumotlar bazalari jadval ma'lumotlari bilan ishlashga moslashtirilgan relyatsion ma'lumotlar bazalari asosida yaratiladi, shuning uchun oson rasmiylashtiriladigan ma'lumotlar (jadval ko'rinishida taqdim etiladi) ma'lumotlar bazasiga kiritiladi. Murakkab biologik tizimlar to'g'risida ma'lumotni to'liq rasmiylashtirish deyarli mumkin emas; - Ma'lumotlar bazasi to'liq qayta tuzilishga imkon beradigan darajada moslashuvchan bo'lishi kerak, chunki dinamik ravishda to'ldiriladigan ma'lumotlar bazasining batafsil tuzilishini oldindan tuzish mumkin emas. Ushbu talab molekulyar biologiya sohasidagi bilimlarning dinamik ravishda rivojlanib borayotganligidan kelib chiqadi va uni kompyuterda ishlash uchun qulay bo'lgan har qanday oldindan ishlab chiqilgan qattiq tizimda tasvirlash juda qiyin: - chunki maxsus xalqaro ma'lumotlar bazalarida turli xil xalqaro ma'lumotlar bazalarida taqdim etilgan ma'lumotlar ma'lumotlar bazasiga birlashtirilishi kerak. formatlar, ma'lumotlar bazasi nafaqat standart multimedia formatlarini, balki bir qator maxsus formatlarni (fazoviy molekulyar tuzilmalar, kimyoviy struktura) qo'llab-quvvatlaydigan gipermedia muhitida yaratilishi kerak. e formula boshqalar) .; - ma'lumotlar bazasini ishlashi va to'ldirishi kompyuter tarmoqlari orqali o'qimagan foydalanuvchilarga (biologlar, shifokorlar) kompyuter tarmoqlari orqali osonlikcha kirishi kerak.
Ushbu xususiyatlardan foydalangan holda biz ba'zi bir ma'lumotlar bazalarini taqqoslaymiz: HEFalMP (http://sonorus.princeton.edu/hefalmp) "+" a) qidiruvlarning bir nechta turlari (garchi bu ko'pgina ma'lumotlar bazalari uchun odatiy bo'lsa); b) genlarning grafik funktsional aloqalarini quradi; c) qidiruv parametrlarini o'rnatishning qulay va oson usuli; "-" bu natijalarni chiqarish uchun noqulay format. GAD (Genetik assotsiatsiya ma'lumotlar bazasi) (http://geneticassociationdb.nih.gov) "+" a) so'rov bo'yicha batafsil ma'lumotni ko'rsatish (ba'zan hatto ortiqcha); b) boshqa ma'lumotlar bazalariga qaraganda (20 kasallik kasalliklari) juda katta ro'yxatdagi kasalliklar sinfini tanlash imkoniyati; v) namunaning hajmi va kelib chiqishi hisobga olingan holda; d) natija = matnli tavsif + faol havolalarga ega jadval; e) atrof-muhit omillarining ta'sirini hisobga olish (boshqa hech qanday ma'lumotlar bazasida mavjud emas); "-" oddiy qidiruvda faqat bitta "kalit so'zlar" so'rov formati mavjud (ma'lumotlar bazasidan foydalanuvchi shifokorlar uchun bu "+" bo'lishi mumkin).
Genbankda turli organizm DNK va RNk ning ketma-ketligi mavjud.
|
| |
