|
Mundarija: I. Bo’lim
|
| bet | 7/50 | | Sana | 24.03.2024 | | Hajmi | 271.56 Kb. | | #176114 |
Bog'liq 1-Mavzu. Kirish-www.fayllar.org Kurs ishi. Toshpo\'lato\'va M, Qarshi davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti zoologiya va -fayllar.org, I bob. Bioinformatika (1)Genbankning tuzilshi
- Locus- nomi nukleotid ketma-ketligi uzuligi, va uning tuzilishi halqali yoki chiziqli
-Definition –gen haqida qisqacha ma’lumot
- Accession- identifikator nomeri obyektning
- Version-
- Keywords- atamalar ro’yxati;
- Sourse- organizmning to’liq nomlanishi,
-Organism- o’rganiayotgan organizmning to’liq toksonomik identifikatsiyasi
-Reference- adabiyotlar
- Comment- komentariya
Nazorat savollari:
NCBI nima va qachon tashkil etilgan?
Entrez nima?
EMBL haqida ma’lumot bering
Genbank nima va uning tuzilishi?
4-Ma’ruza. Biologik ketma-ketlikni taqqoslash
Reja
Biologik ketma, ketlikni taqqoslash asoslari
Juft va ko’plik taqqoslanishlar
Fazoviy taqqoslash-ikki yoki undan ortiq molekulalarni ma'lum uch o'lchamli tuzilmalar bilan taqqoslash imkonini beradi, ularning tajriba ishlab chiqarishi rentgen struktura tahlilidan va NMR spektroskopiya usullaridan foydalanishga asoslangan.
Global taqqoslash- ketma-ketliklar butun uzunlik bo'ylab gomolog ekanligini anglatadi
Ketma-ketikni taqqoslash bu DNK, RNK yoki oqsil monomerlarining ikki yoki undan ortiq ketma-ketligini bir-birining ostiga qo'yishga asoslangan bioinformatik usul bo'lib, ushbu ketma-ketliklarda o'xshash mintaqalarni osongina ko'rishingiz mumkin. Ikki molekulaning birlamchi tuzilishlarining o'xshashligi ularning funktsional, strukturaviy yoki evolyutsion aloqalarini aks ettirishi mumkin. Taqqoslashda nukleotid yoki aminokislotalar asoslari ketma-ketligi odatda matritsa qatorlari shaklida taqdim etiladi. Poydevorlar orasidagi bo'shliqlar bir xil yoki o'xshash elementlar matritsaning ketma-ket ustunlarida joylashgan bo'lishi uchun qo'shiladi. Grafik va matn taqdimoti
Taqqoslash natijasini aks ettirishda ketma-ketliklar mos keladigan elementlar (nukleotidlar yoki aminokislotalar) bir-biridan pastda (xuddi shu ustunda) shunday joylashtirilgan. "Bo'shliqlar" "(") belgi bilan almashtiriladi, bo'shliq deb ataladi (inglizcha "bo'shliq" dan) va indel [en], ya'ni kiritilishi yoki o'chirilishi mumkin bo'lgan joyni bildiradi Matnni ifodalash
Matnni namoyish qilish bilan ketma-ketliklar bo'shliqlar bilan yozilgan va bir xil uzunlikka ega bo'lganda, shunchaki fasta formatida yozish mumkin bo'ladi. Ushbu turdagi yozuvlar ko'pincha dasturlar tomonidan qo'llaniladi va mashinalarni qayta ishlash uchun qulaydir. Matn taqdimotining yana bir turi - foydalanuvchiga qulaylik uchun (quyida uchta xil misol keltirilgan). Unda ketma-ketliklar bir-birining ostiga yoziladi va ular orasidagi qatorda turli xil belgilar aminokislotalar o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikni ko'rsatadi. Bo'shliq (belgining yo'qligi) gomologiyada ham, funktsiyada ham aminokislotalar o'rtasida bog'liqlik yo'qligini anglatadi: "*", "|" belgilar. yoki harf bilan (BLAST) - bir xil aminokislotalar; ":" Yoki "+" - xususiyatlarga o'xshash; "." - xususiyatlariga o'xshash.
Juft yo'nalishda taqqolash
Ikkala ketma-ketlikda o'xshashlikni topish uchun juft yo'nalishda taqqoslash qo'llaniladi. Global va mahalliy taqqoslashga farqlanadi. Global taqqoslash ketma-ketliklar butun uzunlik bo'ylab homolog ekanligini anglatadi. Ikkala kirish ketma-ketligi ham global taqqoslashga kiritilgan. Agar ketma-ketliklarda bog'liq (gomologik) va bir-biriga bog'liq bo'lmagan mintaqalar mavjud bo'lsa, mahalliy tekislash qo'llaniladi.Mahalliy taqqoslashning natijasi har bir ketma-ketlikda saytni tanlash va ushbu saytlar orasidagi taqqoslashdir Ikkala yo'nalish bo'yicha taqqoslash uchun dinamik dasturlash usulining o'zgarishlari qo'llaniladi. Xususan, ushbu algoritmlar Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasida (Pairwise Sequence Align. EMBL-EBI.) Xizmatlarida qo'llaniladi. Masalan, Global taqqoslash algoritmi bilan igna. Uunleman-Vunsch algoritmi va, Mahalliy taqqoslash algoritmi Smit - Waterman algoritmidan foydalanadi
Ko’plik taqqoslash
Ko’plik taqqoslash - bu uch yoki undan ortiq ketma-ketlikning taqqoslashidir. Bu homolog ketma-ketlikda saqlangan hududlarni topish uchun ishlatiladi. Ko'pgina hollarda, bir nechta tekisliklarni qurish filogenetik daraxtlarni tiklashda zarur bosqichdir. Dinamik dasturlash orqali eng maqbul taqqoslashni topish juda ko'p vaqt talab etadi, shuning uchun bir nechta taqqoslash turli xil evristikaga asoslangan. Bir nechta tekislashni amalga oshiradigan eng taniqli dasturlar Clustal (klustal.), T-COFFEE (inglizcha) (kofe.), MUSCLE (inglizcha) (mushak.) va MAFFT (inglizcha) (mafft)). Shuningdek, bir nechta taqqoslashlarni ko'rish va tahrirlash dasturlari mavjud, masalan, Jalview (inglizcha) yoki rus tilidagi UGENE
Fazoviy taqqoslash, ikki yoki undan ortiq molekulalarni ma'lum uch o'lchamli tuzilmalar bilan taqqoslash imkonini beradi, ularning tajriba ishlab chiqarishi rentgen struktura tahlilidan va NMR spektroskopiya usullaridan foydalanishga asoslangan. Fazoviy taqqoslash uchun protein tarkibini bashorat qilish usullari bilan olingan tuzilmalardan ham foydalanish mumkin. Bundan tashqari, bunday bashoratlarning sifatini baholash ko'pincha tuzilgan model va oqsilning tuzilishini bevosita eksperiment natijasida olingan oqsilning fazoviy dan foydalanishga asoslangan. Turli protein molekulalarining uch o'lchovli tuzilmalarini tahlil qilish uchun kichik burchakli rentgen nurlanishidan foydalanish to'g'risidagi ma'lumotlar ham mavjud
|
| |
