127
2 x CTAB
300ml
100mM Tris pH-8.0
1MTris pH-8.0
30ml
20mM EDTA pH-8.0
0.5M EDTA pH-8.0
12ml
1.4M NaCl
NaCl
24.5448 g
2% CTAB
CTAB
6g
Autoclave
10 x CTAB (CTAB/NaCl)
100ml
0.7M NaCl
NaCl
4.1g
10%CTAB
CTAB
10g
Autoclave
Xloroform : izoamil (24:1)
300ml
Xloroform
Xloroform
288 ml
Izoamil
spirti
Izoamil spirti
12 ml
CTAB precipitation
solution
100ml
50mM Tris pH-8.0
1M Tris pH-8.0
5ml
10mM EDTA pH-8.0
0.5M EDTA pH-8.0
2ml
1% CTAB
CTAB
1g
Autoclave
High salt TE
200ml
10mM Tris pH-8.0
1M Tris pH-8.0
2ml
0.1mM EDTA pH-8.0
0.5 M EDTA pH-8.0
40μl
1M
NaCl
11.68g
Autoclave
RNAase
1 ml disH
2
O ga 10 mg RNKaza qo'shib,
10 daqiqa 100
0
C suvda qaynatiladi. -20 C da
saqlanadi.
*50 ml High salt TE ga 200 mkl
RNKaza qo'shiladi
TE buffer
50 ml
10mM Tris
1M Tris pH 8.0
0.5 ml
1 mM EDTA
0.5M EDTA pH 8.0
0.1 ml
DNKni tekshirish uchun Gel elektroforez
Kerakli reagentlar:
Agaroza
10xTBE
0.5xTBE
BFK (Brom fenol ko’k)
Kerakli asbob-uskunalar:
50 ml flakon
500
ml kolba
Mikroto’lqinli pech
Elektroforez qurilmasi
128
Etidium Bromid
Alpha Imager™
Pepetman ko’p kanalli (10 µl)
Konchiklar (10 µl)
* DNK fragmentlari katta bo’lganligi uchun 0.9 % li Agaroza gelida tekshiriladi.
Kichikroq PZR mahsuloti yoki shu kabi kichik fragmentlar 1.5 % dan 3 % gacha Agarose
for Routine yoki HighRes Agarose gelida tekshiriladi.
*
0.9 % Agaroza geli
200 ml
1. Agarosa for routine
1.8 gr
2. 0.5xTBE
200 ml
* Mikroto’lqinli pechda qaynatiladi
10xTBE
1000 ml
1. dH
2
O
800 ml
2. Tris (Trizma) Base
121 gr
3. Borniy kislota (Boric Acid)
55 gr
4. EDTA
7.44 gr
Magnitli mishalkada aralashtiriladi
0.5xTBE
1000 ml
1 10xTBE
50 ml
2 dH
2
O
950 ml
BFK (Brom fenol ko’k) 10xGel loading Buffer
“Type III”
50 ml
0.42 % Bromfenol ko’k (Bromphenol Blue)
20 mg
49.9 % Glitserin + dH
2
O
5 ml + 5 ml
Etidium Bromid (gelga qo’shish uchun-200ml
gelga 12 µl)
10 ml
1.
Etidium Bromid stock
1 ml
2. disH
2
O
9 ml
Etidium Bromid (Gel bo’yash)
1000 ml
1. Etidium Bromid
1 ml
2. disH
2
O
1000 ml
MikroRNKni Poliakrilamid gelida ko’rish (Vertikal elektroforez)
Kerakli reagentlar:
Urea (mochevina)
40% Akrilamid
10xTBE Steril DEPCda tayyorlangan
Kerakli asbob-uskunalar:
50 ml steril flakon
Elektron tarozi
Vertikal elektroforez qurilmasi
129
1xTBE
Steril DEPCda tayyorlangan
Steril DEPC (Dietil pirokarbonat)
TEMED
PSA
Pepetman
Konchiklar (100, 200 va 1000 mkl)
Probirka (2000 mkl)
Salfetka
* Veritkal elektroforez qismlari hamda qolip uchun oyna, to’sin va gribonkalar (taroq) avval
nosteril DEPCda so’ng steril DEPCda yuvib quritiladi.
* Oynali qolipni gel quyishdan oldin 96% li spirtda yaxshilab tozalanadi (artiladi).
15 % PAG (poleakrilamid gel)
50
ml
3. Urea (mochevina)
21
gr
4. 40% Akrilamide
18.
75 gr
5. steril DEPCda tayyorlangan 10xTBE
5
ml
6. 0.1 % steril DEPC
50
ml
ga
yetqaziladi
7. TEMED
(!!! TEMED kristal hosil qilmasligi uchun gelni
qolipga quyishdan 1-2 daqiqa oldin qo’shiladi)
60
µl
8. PSA
(!!! PSAni qo’shgach gel darhol qotadi, shuning uchun
gelni aralashtirib shu zahoti qolipga quyiladi)
30
0 µl
40 % akrilamid
100 ml
5. Akrilamid
6. Bis akrilamid
7. 0.1 % steril DEPC
38 gr
2 gr
100
ml
ga
yetqaziladi
10xTBE Steril DEPCda tayyorlangan
10
00 ml
5
00 ml
8. 0.1 % Steril DEPC
80
0 ml
3
50 ml
9. Tris (Trizma) Base
12
1 gr
6
0.5 gr
10. Borniy kislota (Boric Acid)
55
gr
2
7.5 gr
11. EDTA
7.4
4 gr
3.
72 gr
0.1 % Steril DEPC suvi bilan 1000 ml (500 ml) ga yetkaziladi.
0.1 % DEPC
1000 ml
dH
2
O
1000 ml
DEPC
1 ml
AVTOKLAV
PSA (Persulfat ammoniy)
1 ml
130
PSA
50 mg (0.05
gr)
0.1 % Steril DEPC
1 ml
1xTBE Steril DEPCda tayyorlangan
1000 ml
10xTBE
100 ml
0.1 % Steril DEPC
900 ml
* Gel qotgandan so’ng 2 soat 270V dapreforez qilinadi.
* RNKni forezga qo’yish uchun 100
0
C suvda 1
minut ushlanadi,
* keyin miks qilinib,
* Striplarga 25 µl RNA Loading buffer
* va 50 µl RNK qo’shib
* vorteks qilinadi.
* PZR aparatida 5 minut denaturatsiya qilinadi.
*
(!!!Nanisena qilishdan oldin gel lumkalari tuz cho’kmalaridan tozalanadi)
* 15% PAG (Poliakrilamid gel) ga 2 tadan lumkaga 37.5 µldan marker esa 5 µl nanisena
qilinadi.
* O’rtadagi simplga 1 µl miSpike qo’shiladi
. (!!! Gelda mikroRNK ko’rinmaganligi uchun
miSpike qo’shiladi va shunga qarab geldan kesib olinadi).
* Forez 4-4.5 soat davom etadi.
* miSpikega qarab mikroRNK kesib olinadi.
*
Polimeraza Zanjir Reaksiyasi genomdagi ma’lum bir uchastkani ko’paytirish uchun
qilinadi.
PZR uchun odatda 10 µl Master Mix tayyorlanadi.
10X PCR Buffer
100ml
1.
dH
2
0
60ml
2.
10mM Tris
1.21 g
3.
2mM –1.5mM MgCl
2
0.305 g
4.
50mM
KCl
3.728 g
* dH
2
0 bilan 100 ml ga yetkaziladi
** pH 8.3
ga keltiriladi
*** Autoclave va-20 Cda saqlanadi
Reagentlar
Miqdori
Simpll
ar
55
ta
simplga miqdori
1. dH
2
O
6.32 µl
55 ta
347.6 µl
2. 10xPSR buffer
1 µl
55 µl
3. BSA
0.2 µl
11 µl
4. dNTPs
0.08 µl
4.4 µl
5. Pr F (Primer)
0.6 µl
33µl
6. Pr R (Primer)
0.6 µl
33µl
7. Taq Pol
0.2 µl
11µl
8. DNK
1 µl
1µl
133
“GENETIKA VA GENOMIKA ASOSLARI” FANIDAN MUAMMOLI
SAVOLLAR
1. Molekulyar biologiya fani nimani o‘rganadi?
Molekulyar biologiya fani hayotni paydo bo‘lishini molekulyar darajada o‘rganadi,
ya’ni tirik organizmlarning
asosiy xossalari, o‘sishi va rivojlanishi, ko‘payish va
differensiyalanish, irsiyat va immunitet, harakatlanish va tashqi muhitga moslashish va boshqa
juda ko‘p biologik makromolekulalarning molekulyar asosini o‘rganishga va tushuntirishga
qaratilgan fan.
2. Molekulyar biologiya fani qachon paydo bo‘ldi ?
Molekulyar biologiya fani XX asrning 2-yarmida dunyoga keldi. Bu davrda umuman
biologiya fanida juda ko‘p ilmiy tadqiqotlar yaratildi, ba’zan XX asrni «Biologiya asri» deb ham
ataladi.
3. DNK ning qo‘sh spiralligi qachon va kim tomonidan aniqlangan ?
Jeyms Uotson bilan Jeyms Krikning DNK molekulasi qo‘sh
spiral tuzilishga ega
ekanligini isbot qildilar (1953). Bu kashfiyot irsiy belgilar qanday saqlanadi va avloddan-
avlodga qanday o‘tadi, degan muammolarni ham hal qilish imkoniyatini berdi.
4. Genetik kodning rivojlanish tarixi qanday ?
1953 yilda Gamov (AQSH) genetik kod 3 ta nukleotid to‘plamdan (tripletli koddan)
tashkil topgan bo‘lishi kerak, degan g‘oyani ilgari surdi. Haqiqatan ham, bunda 4 xil nukleotid
yordamida 64 ta kombinatsiya hosil qilish mumkin. 1961 yil boshlarida ingliz olimi Krik genetik
kod muammosining matematik analiziga asoslanib, kod haqiqatda ham tripletli xarakterga ega,
degan xulosaga kelgan. Triplet Krik ifodasiga ko‘ra kodon deb nomlangan.
5. Molekulyar biologiya fanida qanday metodlar qo‘llaniladi?
Molekulyar biologiyaning ilmiy tadqiqot ishlarida keng qo‘llaniladigan metodlari va
asboblari:
elektron mikroskop, ultratsentrifuga, rentgen-struktura analizi, xromatografiya,
elektroforez, nishonlangan atomlar va xakazo
6.Membrana tuzilishini qanday modellari bor?
Hujayra membranasituzilishining bir necha modellari mavjud. Ko‘pchilik olimlar tomonidan
taklif etilgan membrananing umumiy strukturaviy tuzilishi modellarida, oqsillar va
lipidlarning o‘zaro munosabatlarida gidrofoblik roli muhim
ahamiyatga ega ekanligini
tasdiqlaydilar (Mozaika modeli).
